[發(fā)明專利]人NPAS2突變基因及其在肝癌行FOLFOX4方案化療耐藥評(píng)估中的應(yīng)用

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202010539082.2
• 申請(qǐng)日: 2020-06-13
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN111593125A
• 公開(kāi)（公告）日: 2020-08-28
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 陳平;黃志清
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 陳平
• 主分類號(hào): C12Q1/6886
• 分類號(hào): C12Q1/6886;C12N15/11
• 代理公司: 暫無(wú)信息
• 代理人: 暫無(wú)信息

本發(fā)明提供了一種人NPAS2基因的g.[105054insGCCTA]突變形式，突變所在片段序列如SEQ ID NO：2所示；NPAS2基因發(fā)生g.[105054insGCCTA]突變的肝癌患者對(duì)FOLFOX4化療方案耐藥。可以采用含有5’?TCACAAAGCCTTTGTGACGT?3’和5’?ACACGGTGGTTTTGTCCATT?3’引物以及5’?VIC?AATGCCTAGTTCTCA?MGB?NFQ?3’探針的試劑盒或用其構(gòu)建基于數(shù)字PCR或?qū)崟r(shí)熒光定量PCR的方法對(duì)發(fā)生g.[105054insGCCTA]突變的NPAS2突變基因片段進(jìn)行擴(kuò)增和突變檢測(cè)。本發(fā)明提供的NPAS2基因的g.[105054insGCCTA]突變形式目前尚未見(jiàn)報(bào)道，這種突變可以做為肝癌行FOLFOX4方案化療耐藥的基因標(biāo)志物，可以應(yīng)用于耐藥的預(yù)測(cè)和評(píng)估中，具有準(zhǔn)確特異和及時(shí)有效的優(yōu)點(diǎn)。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于醫(yī)學(xué)分子生物學(xué)領(lǐng)域，具體涉及人NPAS2突變基因及其在肝癌行FOLFOX4方案化療耐藥評(píng)估中的應(yīng)用。

背景技術(shù)

肝癌是中國(guó)人最常罹患和最易致死的主要癌癥，根據(jù)國(guó)家癌癥中心發(fā)布的全國(guó)最新癌癥報(bào)告（2019年版），肝癌發(fā)病率位列惡性腫瘤第四位，死亡率則高居惡性腫瘤第二位，目前國(guó)內(nèi)新發(fā)肝癌病例和死亡病例均占世界的一半以上。肝癌早期癥狀不明顯，60%以上的患者確診時(shí)已是中晚期了，往往失去了手術(shù)治療的最佳機(jī)會(huì)。化療是中晚期肝癌的重要治療方式，然而肝癌患者對(duì)化療藥物的敏感性存在差異，對(duì)化療耐藥的肝癌患者的預(yù)后非常差；此外，肝癌癌灶存在異質(zhì)性且在化療過(guò)程中容易發(fā)生新的耐藥突變，因此化療過(guò)程中常常會(huì)出現(xiàn)繼發(fā)性耐藥，需要及時(shí)變更治療方案。目前臨床上還無(wú)法及時(shí)準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)和評(píng)估肝癌患者對(duì)化療藥物的反應(yīng)，導(dǎo)致大多數(shù)肝癌化療患者不斷進(jìn)行試驗(yàn)性化療，既耽誤病情又承受了不必要的藥物毒副反應(yīng)。因此，如何在化療前有效探知原發(fā)性耐藥以及在化療過(guò)程中及時(shí)監(jiān)測(cè)是否發(fā)生繼發(fā)性耐藥十分重要。目前臨床上對(duì)于肝癌化療療效評(píng)估主要依靠的是影像學(xué)手段和血清學(xué)指標(biāo)，然而影像學(xué)手段往往存在一定的滯后，血清標(biāo)記物（如血清甲胎蛋白即AFP）則普遍特異性不強(qiáng)，且這兩者均無(wú)法有效準(zhǔn)確地反映癌灶的分子本質(zhì)，從而難以分析和預(yù)測(cè)其變化趨勢(shì)，對(duì)治療的指導(dǎo)價(jià)值比較有限。為此，亟需尋找特異準(zhǔn)確的肝癌化療分子標(biāo)志物，預(yù)測(cè)和評(píng)估化療療效，及時(shí)發(fā)現(xiàn)耐藥人群和耐藥時(shí)間節(jié)點(diǎn)，以便有效指導(dǎo)化療方案的選擇和及時(shí)變更。

目前臨床上在癌癥治療中使用的結(jié)合了氟尿嘧啶、奧沙利鉑等常用化療藥物優(yōu)點(diǎn)的FOLFOX4化療方案，由于其在整體反應(yīng)率、疾病控制率、無(wú)進(jìn)展生存期、總生存期方面，均優(yōu)于傳統(tǒng)化療藥物（如阿霉素），且耐受性和安全性較好，因此自2011年起FOLFOX4方案就被原國(guó)家衛(wèi)生部頒發(fā)的《原發(fā)性肝癌診療規(guī)范》所收錄，推薦用于治療晚期原發(fā)性肝癌。本發(fā)明針對(duì)接受FOLFOX4方案化療治療的原發(fā)性肝癌（下文簡(jiǎn)稱肝癌）患者，采集其化療前和化療過(guò)程中的血樣并提取其細(xì)胞外游離DNA（cell-free DNA，即cfDNA），通過(guò)二代DNA測(cè)序技術(shù)解析其中的循環(huán)腫瘤DNA（circulating tumor DNA即ctDNA）來(lái)監(jiān)測(cè)癌灶突變變動(dòng)信息，并結(jié)合臨床療效評(píng)估信息分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)NPAS2（Neuronal PAS domain protein 2）基因的兩種特定突變以及CNOT1（CCR4-NOT transcription complex subunit 1）基因的兩種特定突變可以做為肝癌行FOLFOX4方案化療耐藥的標(biāo)志物，而缺乏有效特異的化療療效和耐藥評(píng)估分子標(biāo)志物正是FOLFOX4方案在肝癌化療上面臨的一大棘手難題，導(dǎo)致其難以實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)化療。