[發(fā)明專利]一種測序模糊序列分析的方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202010525787.9
• 申請(qǐng)日: 2016-12-01
• 公開（公告）號(hào): CN111575355B
• 公開（公告）日: 2023-03-10
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 周文雄;陳子天;康力;喬朔;段海峰;黃巖誼
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 賽納生物科技(北京)有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/6858
• 分類號(hào): C12Q1/6858
• 代理公司: 北京嘉途睿知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11793
• 代理人: 彭成

本發(fā)明提供一種測序模糊序列分析的方法：將待測的核苷酸片段固定，通過測序反應(yīng)，獲得模糊序列信息；模糊序列信息和參考基因組進(jìn)行比對(duì)；同時(shí)可以對(duì)于變異進(jìn)行鑒定。本發(fā)明提供的方法不需要完整的核酸堿基序列，僅通過多堿基反應(yīng)液測序獲得的模糊信息就可以進(jìn)行比對(duì)和發(fā)現(xiàn)變異，不僅節(jié)省了測序的費(fèi)用，還加快了比對(duì)的速度，降低了成本。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及一種測序模糊序列分析的方法和系統(tǒng)，屬于基因測序領(lǐng)域。

背景技術(shù)

高通量測序技術(shù)又被稱為下一代測序技術(shù)(NGS)，是近年發(fā)展起來的新型測序技術(shù)。高通量測序技術(shù)是對(duì)于傳統(tǒng)的測序技術(shù)的一次革命性改變，同時(shí)對(duì)幾萬到幾百萬的核酸分子進(jìn)行同時(shí)測序。高通量測序中會(huì)產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)的處理和利用是高通量測序的重要組成部分。

高通量測序技術(shù)可以發(fā)現(xiàn)基因變異，為臨床診斷、篩查等提供依據(jù)。基因變異包括單核苷酸變異(SNV)、拷貝數(shù)變異(CNV)、染色體倍數(shù)變異、DNA修飾的變異(如DNA甲基化)等。臨床診斷上要求能夠以較低廉的價(jià)格，快速準(zhǔn)確地檢測基因變異。然而現(xiàn)有基于高通量測序技術(shù)的基因變異檢測方法均需要先得到完整的DNA序列，然后尋找變異，從而提高了時(shí)間和價(jià)格成本。本發(fā)明提供一種模糊分析的方法，可以利用模糊的核酸序列快速的進(jìn)行比對(duì)并且尋找變異。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明提供一種獲得DNA序列的部分信息，將該部分信息比對(duì)到參考基因組上，并利用該部分信息發(fā)現(xiàn)/鑒定基因變異的方法。

本發(fā)明提供一種測序模糊序列分析的方法，其特征在于，

將待測的核苷酸片段固定，通過測序反應(yīng)，獲得模糊序列信息；

模糊序列信息和參考核酸序列進(jìn)行比對(duì)；

其中，所述的測序反應(yīng)的反應(yīng)液中包含兩種或者兩種以上不同堿基的核苷酸底物分子；

其中，所述的測序指的是利用5’端在多磷酸上修飾有熒光切換性質(zhì)的熒光團(tuán)的核苷酸底物分子進(jìn)行測序；

所述的熒光切換性質(zhì)指的是測序后熒光信號(hào)相比測序反應(yīng)前有明顯改變。

根據(jù)優(yōu)選的實(shí)施方式，所述的模糊序列信息和參考核酸序列進(jìn)行比對(duì)包括以下步驟：

(1)對(duì)測序結(jié)果和參考基因組用相同的方法進(jìn)行編碼；

(2)將編碼后的測序結(jié)果比對(duì)到編碼后的參考基因組上；

(3)比對(duì)結(jié)果中發(fā)現(xiàn)基因變異。

根據(jù)優(yōu)選的實(shí)施方式，編碼的過程中，如果兩條DNA序列的理論測序信號(hào)是相同的，那么編碼結(jié)果也相同。

根據(jù)優(yōu)選的實(shí)施方式，還包括對(duì)任意一條DNA序列先編碼、再作反向互補(bǔ)操作；或者先作反向互補(bǔ)操作、再編碼；這兩種情況下得到的結(jié)果均相同。

根據(jù)優(yōu)選的實(shí)施方式，編碼的過程中，不滿足編碼與反向互補(bǔ)可交換，則步驟(1)中，需要要同時(shí)對(duì)參考基因組及其反向互補(bǔ)序列都進(jìn)行編碼，并在步驟(2)中同時(shí)將每條DNA分子的測序結(jié)果比對(duì)到其參考基因組及其反向互補(bǔ)序列的編碼結(jié)果上，并從中選擇一個(gè)較好的比對(duì)結(jié)果；其中所述的編碼與反向互補(bǔ)可交換指的是：對(duì)任意一條DNA序列先編碼、再作反向互補(bǔ)操作，或者先作反向互補(bǔ)操作、再編碼，這兩種情況下得到的結(jié)果均相同。

根據(jù)優(yōu)選的實(shí)施方式，所述的模糊序列信息進(jìn)行編碼以及參考核酸序列進(jìn)行編碼得到的是相同表示方式的編碼。

根據(jù)優(yōu)選的實(shí)施方式，所述的反應(yīng)液是一套反應(yīng)液組，每套反應(yīng)液中包含兩種或者三種的反應(yīng)液。

根據(jù)優(yōu)選的實(shí)施方式，將測序獲得的模糊序列信息，編碼成其可能的堿基序列信息中的一種。