[發明專利]一組與大豆抗灰斑病7號生理小種性狀相關的SNP標記及其應用

有效

• 申請號: 202010511140.0
• 申請日: 2020-06-08
• 公開（公告）號: CN111560460B
• 公開（公告）日: 2022-08-23
• 發明（設計）人: 董志敏;劉念析;厲志;劉佳;衣志剛;陳亮;劉浩;王博
• 申請（專利權）人: 吉林省農業科學院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京高沃律師事務所 11569
• 代理人: 董大媛

1.一組用于檢測與大豆抗灰斑病7號生理小種性狀相關的SNP標記的KASP引物組，其特征在于，所述SNP標記包括第一SNP標記Gm16_33764982和第二SNP標記Gm16_33879496；所述的第一SNP標記Gm16_33764982在大豆基因組的第16號染色體33764982位置的堿基為A或T；所述第二SNP標記Gm16_33879496在大豆基因組的第16號染色體33879496位置的堿基為A或C；

當所述第一SNP標記Gm16_33764982處堿基和第二SNP標記Gm16_33879496處堿基均為A時，大豆為抗灰斑病7號生理小種；當第一SNP標記Gm16_33764982處堿基為T，且第二SNP標記Gm16_33879496處堿基為C時，大豆為感灰斑病7號生理小種；

所述大豆基因組的全基因組序列版本為大豆基因組v2.0；

檢測所述第一SNP標記Gm16_33764982的引物組包括：FAM1引物、VIC1引物和COM1引物，所述FAM1引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，VIC1引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，COM1引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示；

檢測所述第二SNP標記Gm16_33879496的引物組包括：FAM2引物、VIC2引物和COM2引物，所述FAM2引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示，VIC2引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示，COM2引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示。

2.一組用于檢測大豆抗灰斑病7號生理小種性狀的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒中包括權利要求1所述KASP引物組。

3.權利要求1所述KASP引物組或權利要求2所述試劑盒在大豆抗灰斑病7號生理小種性狀分子標記輔助育種中的應用。

4.一種篩選具有抗灰斑病性狀的大豆材料的方法，其特征在于，包括以下步驟：以待檢測大豆基因組DNA為模板，分別利用權利要求1所述KASP引物組中檢測所述第一SNP標記Gm16_33764982的引物組或檢測所述第二SNP標記Gm16_33879496的引物組進行PCR擴增反應，對PCR擴增產物進行所述SNP標記的基因分型；當所述第一SNP標記Gm16_33764982處堿基和第二SNP標記Gm16_33879496處堿基均為A時，大豆為抗灰斑病7號生理小種；當第一SNP標記Gm16_33764982處堿基為T，且第二SNP標記Gm16_33879496處堿基為C時，大豆為感灰斑病7號生理小種。

5.根據權利要求4所述方法，其特征在于，所述PCR擴增的體系包括：模板DNA 1.5μl，2×KASP Master MIX 緩沖液1.5μl，檢測所述第一SNP標記Gm16_33764982的引物組或檢測所述第二SNP標記Gm16_33879496的引物組 0.025μl，ddH₂O 2.0μl。

6.根據權利要求4或5所述方法，其特征在于，所述PCR擴增的程序包括：94℃預變性15min；94℃變性20s，61℃退火延伸60s，每循環降0.6℃，10個循環；94℃變性20s，55℃退火延伸60s，36個循環；35℃ 2min。