[發(fā)明專利]作物膠孢炭疽病菌特異性SSR標(biāo)記及其檢測(cè)試劑盒

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202010434257.3
• 申請(qǐng)日: 2020-05-21
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN111676306A
• 公開(kāi)（公告）日: 2020-09-18
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 譚新球;張卓;陳岳;鄭立敏;劉勇;張德詠;歐陽(yáng)超;劉思珍;李成剛;史曉斌;朱春暉;曾泉
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 湖南省植物保護(hù)研究所
• 主分類號(hào): C12Q1/6895
• 分類號(hào): C12Q1/6895;C12Q1/686;C12N15/11
• 代理公司: 北京商專永信知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11400
• 代理人: 歐陽(yáng)石文

本發(fā)明公開(kāi)一種用于作物膠孢炭疽病菌特異性SSR標(biāo)記，是基于微衛(wèi)星DNA序列重復(fù)標(biāo)記(Simple sequence repeat)的標(biāo)記，其特異性SSR標(biāo)記的引物選自S1、S3、S4、S6、S7、S8、S12 7對(duì)引物之一，擴(kuò)增獲得的片段即為SSR標(biāo)記。本發(fā)明的7對(duì)SSR標(biāo)記具有很好的特異性，可廣泛用于作物膠孢炭疽病菌種群內(nèi)部遺傳多樣性分析，也可以用于膠孢炭疽病菌與其他炭疽病菌的區(qū)分，對(duì)作物抗性育種、指導(dǎo)抗性品種合理布局和田間綜合防控具有重要意義。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于生物技術(shù)和微生物檢測(cè)領(lǐng)域，具體涉及一種作物膠孢炭疽病菌特異性SSR標(biāo)記及其檢測(cè)試劑盒。

背景技術(shù)

作物炭疽病是作物生產(chǎn)過(guò)程中重要的真菌病害，也是世界上第三大類真菌病害，嚴(yán)重威脅作物安全生產(chǎn)。 由于遺傳復(fù)雜多樣，種群分化變異快，對(duì)化學(xué)藥劑敏感性存在顯著差異，如何快速鑒定和診斷到種或者小種成 為病原真菌防控重要基礎(chǔ)和理論依據(jù)；其次，生產(chǎn)實(shí)際中，田間抗性品種經(jīng)常抗性喪失，同一田塊抗性品種差 異比較明顯，其抗性喪失或者田間抗性差異的原因是品種退化還是病原菌致病變異，或者是種群結(jié)構(gòu)遺傳多樣性差異變化等，目前相關(guān)問(wèn)題研究不多。第三，盡管國(guó)內(nèi)外有相關(guān)研究主要集中在單一種群內(nèi)部的遺傳多樣性， 發(fā)現(xiàn)遺傳多樣性比較復(fù)雜，但是到目前為止，關(guān)于同一寄主來(lái)源單一種群內(nèi)的遺傳多樣性和結(jié)構(gòu)是否存在分化， 同時(shí)是否是田間抗性喪失的主要原因等許多問(wèn)題，未見(jiàn)相關(guān)報(bào)道。

目前研究植物病原真菌遺傳多樣性研究均應(yīng)用到許多分子標(biāo)記技術(shù)，主要有RFLP(DNA限制性酶切片段 長(zhǎng)度多態(tài)性)、RAPD(隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性DNA標(biāo)記)、SSR(簡(jiǎn)單序列重復(fù)標(biāo)記)或者SSLP(簡(jiǎn)單序列長(zhǎng)度 多態(tài)性)、AFLP(擴(kuò)增片段長(zhǎng)度多態(tài)性標(biāo)記)等多種，而且每一種技術(shù)都存在不同的優(yōu)缺點(diǎn)，因而在實(shí)際應(yīng)用 中存在不同程度的限制。特別是對(duì)于同一寄主來(lái)源的單一種群的檢測(cè)技術(shù)和試劑盒很少有報(bào)道，目前關(guān)于炭疽 病菌的檢測(cè)技術(shù)由于受到基因組和生物信息學(xué)分析限制，主要限制常用分類鑒定ITS、TuB2、GSH、ACT、GPDH、HIS3和CAL 7個(gè)基因(Diao et al,Colletotrichum species causing anthracnosedisease of chili in China，Persoonia, 2017,(38):20–37)；其他高通量精準(zhǔn)檢測(cè)技術(shù)發(fā)展比較緩慢，盡管(Nikita et al.,Development of a High-Resolution Multi-LocusMicrosatellite Typing Method for Colletotrichum gloeosporioides,Mycobiology,2017,45(4):401-408)針 對(duì)作物膠孢炭疽菌發(fā)展了一種高通量的微衛(wèi)星DNA檢測(cè)技術(shù)，不同寄主來(lái)源的膠孢炭疽病菌聚集在一起，對(duì)于 同一寄主來(lái)源的膠孢病菌無(wú)法區(qū)分；Vieira(et al.,Optimal markers for the identification of Colletotrichum species,Molecular Phylogenetics and Evolution,https://doi.org/10.1016/j.ympev.2019.106694)針對(duì)膠孢炭疽病菌建立了 APN2/MAT-IGS,GAP2-IGS和APN2組合檢測(cè)體系，明顯優(yōu)于傳統(tǒng)7個(gè)基因的分類，但是仍然無(wú)法對(duì)同一寄主 來(lái)源的膠孢炭疽病菌明顯區(qū)分。

目前國(guó)際上已經(jīng)報(bào)道的辣椒炭疽病病原菌主要包括16個(gè)種，其中C.fioriniae(果生炭疽病菌)、C.fructicola (松針炭疽病菌)、C.scovillei(斯高維爾炭疽病菌)、C.truncatum(平頭炭疽病菌)、C.gloeosporioides(膠 孢炭疽病菌)、C.acutatum(尖孢炭疽病菌)等為不同生產(chǎn)區(qū)域的主要流行優(yōu)勢(shì)病原菌。且田間取樣檢測(cè)證實(shí)多 為復(fù)合侵染，復(fù)合侵染率達(dá)到60％，不同地域炭疽病種群存在明顯差異。盡管常用分類鑒定基因把我國(guó)辣椒炭 疽病菌包括15個(gè)菌群，但是種群內(nèi)部、種群之間與其他作物炭疽菌存在復(fù)雜的遺傳關(guān)系，表明辣椒炭疽病菌的 種群間具有豐富的遺傳多樣性。根據(jù)前期研究表明，我國(guó)辣椒產(chǎn)區(qū)危害優(yōu)勢(shì)種群為膠孢炭疽病菌，但是膠孢炭 疽病菌種群內(nèi)部的遺傳多樣性并不清楚。