[發明專利]基于新轉錄本組裝的腫瘤特異轉錄區域提取免疫治療新抗原的方法和應用

有效

• 申請號: 202010426721.4
• 申請日: 2020-05-19
• 公開（公告）號: CN111627497B
• 公開（公告）日: 2023-06-13
• 發明（設計）人: 萬季;劉鵬;夏迪;潘有東;王奕;宋麒
• 申請（專利權）人: 深圳市新合生物醫療科技有限公司
• 主分類號: G16B20/30
• 分類號: G16B20/30;G16B30/10;G16B35/00;G16B50/00
• 代理公司: 北京冠和權律師事務所 11399
• 代理人: 陳國軍

本發明公開了基于新轉錄本組裝的腫瘤特異轉錄區域提取免疫治療新抗原的方法和應用。該方法包括以下步驟：S01，轉錄組深度測序數據比對；S02，轉錄本組裝；S03，轉錄本過濾；S04，預測翻譯起始密碼子；S05，翻譯轉錄本；S06，獲取腫瘤特有全長新轉錄本蛋白序列；S07，獲取腫瘤特有部分序列差異新轉錄本蛋白序列；S08，合并蛋白片段；S09，蛋白片段分割；S10，人類白細胞抗原基因分型；S11，肽段親和力預測；和任選的，S12，質譜驗證。通過本發明的方法發現的腫瘤新抗原，不局限于已注釋的編碼區，可以發現更多的新抗原；來自于非突變的高表達轉錄本，在不同腫瘤類型中有一定的通用性；經過質譜實驗驗證，有更高的概率產生免疫應答。

技術領域

本發明涉及腫瘤免疫治療領域，尤其涉及一種基于新轉錄本組裝的腫瘤特異轉錄區域提取免疫治療新抗原的方法和應用。

背景技術

新抗原疫苗腫瘤免疫治療方法以其治療效果顯著、適用癌種廣泛和毒副作用小等特點已成為免疫治療家族重要的成員。該治療方法的效果嚴重依賴于新抗原多肽的選擇，進一步新抗原多肽的選擇又嚴重依賴于數據和預測算法。理論上新抗原的生成可能有多種來源，而在實際臨床上則僅僅聚焦于DNA點突變和插入缺失相關的新抗原。盡管基于DNA點突變和插入缺失的新抗原疫苗展現出了良好的臨床效果，然而有研究表明基于其他生物通路來源生成的新抗原可能具有更強的免疫原性反應。同時對于一些突變負荷較小的惡性腫瘤，僅僅基于少數幾種來源會由于被預測的新抗原數據不足而限制腫瘤新抗原疫苗配方的選擇。因此發掘更多的新抗原來源對于新抗原的研究和臨床應用都具有重要的意義。

發明內容

針對獲取腫瘤新抗原存在的上述問題，本發明充分考慮了腫瘤基因組中存在大量新轉錄本的事實，開發了一套獲取腫瘤特異新抗原的生物信息學方法。

本發明的第一方面在于提供一種基于新轉錄本組裝的腫瘤特異轉錄區域提取免疫治療新抗原的方法，包括以下步驟：

S01，轉錄組深度測序數據比對；

S02，轉錄本組裝；

S03，轉錄本過濾；

S04，預測翻譯起始密碼子；

S05，翻譯轉錄本；

S06，獲取腫瘤特有全長新轉錄本蛋白序列；

S07，獲取腫瘤特有部分序列差異新轉錄本蛋白序列；

S08，合并蛋白片段；

S09，蛋白片段分割；

S10，人類白細胞抗原基因分型；

S11，肽段親和力預測；

和任選的，S12，質譜驗證。

在本發明的一些實施方式中，S01中，包括以下步驟：

S101，獲取腫瘤樣品和正常對照樣品的包含編碼RNA和非編碼RNA的全轉錄組深度測序數據；

S102，過濾腫瘤樣品和正常對照樣品全轉錄組深度測序數據；

S103，對參考基因組構建索引；

S104，將S12得到的過濾之后的數據對S13得到的參考基因組進行比對；

優選地，S101中，采用去核糖體鏈特異性建庫方法和小片段富集篩選建庫方法建庫測序；

優選地，S101中，樣本數據中包括多個重疊或部分重疊的短讀序列，腫瘤樣品以及正常對照樣品測序數據均不小于30G；

優選地，S102中，去除其中平均堿基質量低于20或者包含測序引物接頭的短讀序列。