[發(fā)明專利]基于新轉(zhuǎn)錄本組裝的腫瘤特異轉(zhuǎn)錄區(qū)域提取免疫治療新抗原的方法和應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202010426721.4
• 申請日: 2020-05-19
• 公開（公告）號: CN111627497B
• 公開（公告）日: 2023-06-13
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 萬季;劉鵬;夏迪;潘有東;王奕;宋麒
• 申請（專利權(quán)）人: 深圳市新合生物醫(yī)療科技有限公司
• 主分類號: G16B20/30
• 分類號: G16B20/30;G16B30/10;G16B35/00;G16B50/00
• 代理公司: 北京冠和權(quán)律師事務(wù)所 11399
• 代理人: 陳國軍

1.基于新轉(zhuǎn)錄本組裝的腫瘤特異轉(zhuǎn)錄區(qū)域提取免疫治療新抗原的方法，包括以下步驟：

S01，轉(zhuǎn)錄組深度測序數(shù)據(jù)比對；

S02，轉(zhuǎn)錄本組裝；

S03，轉(zhuǎn)錄本過濾；

S04，預測翻譯起始密碼子；

S05，翻譯轉(zhuǎn)錄本；

S06，獲取腫瘤特有全長新轉(zhuǎn)錄本蛋白序列；

S07，獲取腫瘤特有部分序列差異新轉(zhuǎn)錄本蛋白序列；

S08，合并蛋白片段；

S09，蛋白片段分割；

S10，人類白細胞抗原基因分型；

S11，肽段親和力預測；

S01中，包括以下步驟：

S101，獲取腫瘤樣品和正常對照樣品的包含編碼RNA和非編碼RNA的全轉(zhuǎn)錄組深度測序數(shù)據(jù)；

S102，過濾腫瘤樣品和正常對照樣品全轉(zhuǎn)錄組深度測序數(shù)據(jù)；

S103，對參考基因組構(gòu)建索引；

S104，將S102得到的過濾之后的數(shù)據(jù)對S103得到的參考基因組進行比對；

S02中，將已經(jīng)將短讀序列定位到參考基因組的全轉(zhuǎn)錄組深度測序數(shù)據(jù)對比結(jié)果組裝為轉(zhuǎn)錄本；

S06中，對比腫瘤樣品以及正常對照樣品翻譯得到的蛋白序列，遍歷腫瘤樣品蛋白序列，獲取不能在正常對照中搜尋得到的腫瘤樣品特有蛋白序列；

S07中，包括以下步驟：

S701，過濾腫瘤樣品特有蛋白；

S702，將所有過濾得到的新轉(zhuǎn)錄蛋白和正常對照樣品對應(yīng)的所有轉(zhuǎn)錄本蛋白序列進行比對，比對結(jié)果中與正常對照樣本不一致的序列將被定義為腫瘤特有部分序列差異新轉(zhuǎn)錄本蛋白序列；

S08中，將S06得到的腫瘤特有全長新轉(zhuǎn)錄本蛋白序列以及S07得到的腫瘤特有部分序列差異新轉(zhuǎn)錄本蛋白序列進行合并，并過濾長度小于9的序列。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，還包括，S12，質(zhì)譜驗證。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，S101中，采用去核糖體鏈特異性建庫方法和小片段富集篩選建庫方法建庫測序。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，S101中，樣本數(shù)據(jù)中包括多個重疊或部分重疊的短讀序列，腫瘤樣品以及正常對照樣品測序數(shù)據(jù)均不小于30G。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，S102中，去除其中平均堿基質(zhì)量低于20或者包含測序引物接頭的短讀序列。

6.根據(jù)權(quán)利要求1-5任一所述的方法，其特征在于，S03中，去除組裝得到的轉(zhuǎn)錄本中存在的已知人類全長轉(zhuǎn)錄本和重復序列。

7.根據(jù)權(quán)利要求1-5任一所述的方法，其特征在于，S04中，包括以下步驟：

S401，計算腫瘤樣品和正常對照樣品的新轉(zhuǎn)錄本編碼能力，根據(jù)編碼能力的強弱分為蛋白編碼轉(zhuǎn)錄本和非蛋白編碼轉(zhuǎn)錄本；

S402，預測腫瘤樣品和正常對照樣品中蛋白編碼轉(zhuǎn)錄本的翻譯起始密碼子。

8.根據(jù)權(quán)利要求1-5任一所述的方法，其特征在于，S05中，根據(jù)預測的翻譯起始密碼子對腫瘤樣品和正常對照樣品中有編碼能力的新轉(zhuǎn)錄本進行翻譯，得到蛋白序列。

9.根據(jù)權(quán)利要求1-5任一所述的方法，其特征在于，S09中，將S08得到的蛋白序列分割；

和/或，S11中，預測S09分割之后的k-mer殘基肽段與HLA分子的親和力，選取親和力大于閾值的為候選新抗原；

和/或，S12中，將腫瘤樣品進行質(zhì)譜實驗分析，將產(chǎn)生的數(shù)據(jù)導入MaxQuant軟件，添加候選新抗原為搜索庫，最終能成功鑒定得到的肽段即為新抗原。

10.根據(jù)權(quán)利要求9所述的方法，其特征在于，S09中，將S08得到的蛋白序列分割，分割成長度為9到12個氨基酸的k-mer殘基肽段。

11.根據(jù)權(quán)利要求1-10任一所述的方法在制備提取免疫治療新抗原的藥品或醫(yī)療器械中的應(yīng)用。