[發(fā)明專利]一種基于高通量測序的擬桿菌快速檢測方法及應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202010423475.7
• 申請日: 2020-05-19
• 公開（公告）號: CN111534622B
• 公開（公告）日: 2021-07-27
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 翟齊嘯;陳衛(wèi);王晨;陸文偉;于雷雷;田豐偉;趙建新;張灝
• 申請（專利權(quán)）人: 江南大學(xué)
• 主分類號: C12Q1/689
• 分類號: C12Q1/689;C12Q1/6869;C12Q1/04;C12R1/01
• 代理公司: 哈爾濱市陽光惠遠(yuǎn)知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 23211
• 代理人: 林娟

1.一種鑒定擬桿菌的方法，所述方法不用于疾病的診斷和治療，其特征在于，以rpsD基因?yàn)闃?biāo)記物，以SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示序列為引物，擴(kuò)增獲得標(biāo)記物基因片段的菌株為擬桿菌；所述標(biāo)記物的基因片段大小為400~600 bp。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述的擴(kuò)增是以含有微生物基因組的樣品為模板，進(jìn)行擴(kuò)增。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其特征在于，所述樣品包括基因組DNA提取物、菌懸液或單菌落。

4.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其特征在于，所述擴(kuò)增是以含待測混合物的基因組DNA為模板進(jìn)行擴(kuò)增。

5.一種鑒定復(fù)雜樣品中擬桿菌種水平組成的方法，所述方法不用于疾病的診斷和治療，其特征在于，所述方法包括：（1）構(gòu)建擬桿菌rpsD基因標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)庫；（2）以SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示序列為引物，對復(fù)雜樣品基因組中rpsD基因序列進(jìn)行擴(kuò)增；（3）將步驟（2）擴(kuò)增結(jié)果回收、建庫、測序；（4）將測序結(jié)果與步驟（1）構(gòu)建的擬桿菌rpsD基因標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)庫比對，鑒定、分析復(fù)雜樣品中擬桿菌種水平的組成特征；

所述擬桿菌rpsD基因標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)庫含有Genbank數(shù)據(jù)庫中可檢索到的擬桿菌rpsD序列。

6.一種篩選擬桿菌的方法，其特征在于，將待篩選的樣品制成菌懸液，將菌懸液稀釋、涂布于固體培養(yǎng)基上培養(yǎng)至形成單菌落，對長出的單菌落進(jìn)行搖瓶得到菌液，再以SEQ IDNO.1和SEQ ID NO.2所示序列為引物，利用菌液對rpsD基因的序列進(jìn)行擴(kuò)增，擴(kuò)增獲得大小為400~600 bp基因片段的菌株為擬桿菌。

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其特征在于，所述固體培養(yǎng)基為MRS培養(yǎng)基、BHI培養(yǎng)基、TSB培養(yǎng)基或以胃粘膜素為唯一碳源的厭氧培養(yǎng)基。