[發明專利]檢測水稻香味基因特定突變的專用引物及應用

有效

• 申請號: 202010421472.X
• 申請日: 2020-05-18
• 公開（公告）號: CN111705151B
• 公開（公告）日: 2023-04-25
• 發明（設計）人: 曾躍輝;韋新宇;黃建鴻;張銳;尚偉;候新坡
• 申請（專利權）人: 三明市農業科學研究院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 泉州市博一專利事務所(普通合伙) 35213
• 代理人: 方傳榜;呂森裕

本發明涉及公開了檢測水稻香味基因特定突變的專用引物及應用，該水稻香味基因特定突變為水稻Badh2基因編碼區第7外顯子處存在8?bp缺失和3個單核苷酸位點多態性突變，共涉及由FMbadh2?E7A?F/R和FMbadh2?E7B?F/R組成的專用引物，引物序列如SEQ?ID?NO:1?4所示。本發明的專用引物特異性強，檢測效率高。方案中電泳時不僅遷移速率快，且條帶差異明顯，無雜帶。利用這些標記可快速、簡便、準確的對香味基因bahd2?E7進行基因型鑒定和分析，能夠更加清晰地鑒別出香型與非香型之間的擴增片段大小和差異，可很好的應用于香型水稻品種的選育及香型水稻資源的篩選。

技術領域

本發明涉及基因的檢測及應用領域，具體涉及檢測水稻香味基因特定突變的專用引物及應用。

背景技術

水稻是世界上最重要的糧食作物之一，為全世界約50%以上的人口提供了主要的食物來源，而香味被認為是稻米品質的一項重要指標。

水稻中香味物質遺傳基礎和調控網絡比較復雜，前期研究認為其香味是由一個或多個顯性或隱性基因甚至是多個QTL控制（Yellari?et?al.,?2008;?張濤等,?2008;?王春萍等,?2017）。但是近期越來越多的研究表明，水稻中的香味特性主要是由位于第8號染色體上的單個細胞核隱性基因控制，目前該基因已被成功分離和克隆（Bradbury?et?al.,2005;?Chen?et?al.,?2006;?Chen?et?al.,?2008），其基因全長1509-bp，包含15個外顯子和14個內含子，編碼503個氨基酸（Chen?et?al.,?2008;?Shan?et?al.,?2015）。且進一步研究顯示，該基因編碼甜菜堿脫氫酶（Betaine?aldehyde?dehydrogenase?homologue?2,Badh2），其基因突變或被敲除均可導致Badh2功能缺失，從而造成水稻香味物質2-AP的含量增加，進而使水稻產生香味（Niu?et?al.,?2008;?Shan?et?al.,?2013;?邵高能等,?2017）。

目前已經通過基因組測序和比對分析的方法在不同的香稻材料中發現并鑒定了多個 Badh2基因的突變類型。且相應的特異性功能分子標記也被相繼開發并用于等位基因的鑒定和水稻分子標記輔助選擇育種（陸艷婷等,?2008;?Shao?et?al.,?2013）。其中最常見的是 Badh2基因在第7外顯子處存在8-bp缺失和3個單核苷酸位點突變（ badh2-E7,Bradbury?et?al.,?2005）以及 Badh2基因在第2外顯子處存在1個7-bp的缺失位點突變（ badh2-E2,?Shi?et?al.,?2008）。且進一步研究發現，在不同的香稻品種中 Badh2基因還在第4和第5外顯子之間存在1個803-bp片段的缺失突變（ bahd2-E4-5,?Shao?et?al.,?2011）以及 Badh2基因在啟動子區和5’UTR區分別存在8-bp插入和3-bp缺失突變（ badh2-p-5’UTR,Shi?et?al.,?2014）。因此， Badh2基因的編碼區或調控區的突變均可導致該基因的功能缺失，從而使水稻產生濃郁的香味。