[發明專利]用于同步檢測APOE基因的兩個SNP位點的基因多態性的方法

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• 申請號: 202010369738.0
• 申請日: 2020-04-30
• 公開（公告）號: CN111518888A
• 公開（公告）日: 2020-08-11
• 發明（設計）人: 趙方圓;佟洪梅;智慧芳;倪君君
• 申請（專利權）人: 北京和合醫學診斷技術股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6883
• 分類號: C12Q1/6883;C12Q1/686;C12N15/11
• 代理公司: 北京雙收知識產權代理有限公司 11241
• 代理人: 解政文

本發明提供一種同步檢測APOE基因兩個SNP位點的引物對及檢測方法，有益于檢測通量的提高。本發明?提供用于同步檢測APOE基因的兩個SNP位點的基因多態性的引物對，包含一對引物，上游引物的核苷酸序列由SEQ ID NO.1所示，下游引物的核苷酸序列由SEQ ID NO.2所示。使用該引物對進行PCR擴增反應時，APOE基因的rs429358和rs7412位點同時進行擴增，即同時擴增包含2個SNP位點的基因片段。本發明通過一次反應可以對APOE基因的rs429358和rs7412位點的基因多態性進行檢測。如此，可以同時檢測90多例樣本，不僅提高了檢測效率，也很大程度的節約了成本費用。

技術領域

本發明涉及基因檢測技術領域，尤其是涉及用于同步檢測APOE(載脂蛋白)的兩個SNP位點的基因多態性的引物對及檢測方法。

背景技術

APOE(載脂蛋白)基因位于19q13.2，全長3.7kb，含4個外顯子，它產生的APOE功能蛋白是低密度脂蛋白、極低密度脂蛋白和乳糜微粒受體的配基。APOE基因在正常人群中呈多態性表現，由兩個SNP位點形成6種不同的基因型：E4/E4型：少見，與老年性癡呆、冠心病猝死、頑固性高血壓、腦缺血、IV型高血脂癥、高膽固醇血癥及其遺傳有關；E4/E3：少見，與老年性癡呆、高膽固醇血癥、心梗及高遺傳易感性有關；E4/E2型：少見，呈中等頻率的腦復發出血梗死率，及糖尿病腎病綜合征發生率；E3/E3：多見，心腦缺血低發但可能復發出血致死，高血壓內臟損害遲，老年癡呆率低；E3/E2：較多見，與長壽有關，老年性癡呆率低，也可能患心臟缺血疾病，女性更年期激素替代治療可升高總膽固醇；E2/E2型：罕見，表現為III型高脂血癥，早期動脈硬化，但對心臟有保護，糖尿病低發。即人群中有不同的APOE類型，從而表現出不同的致病狀態，導致人類發病種類和危險頻率呈明顯的差異性。

PCR(Polymerase Chain Reaction，聚合酶鏈式反應)已被廣泛應用于醫學、遺傳學、微生物學乃至整個生命科學中。目前，可針對APOE基因的兩個多態性位點rs429358和rs7412分別設計PCR檢測試驗，以進行基因突變情況的檢測。由于每個PCR反應只針對一個SNP位點，故檢測通量較低。

發明內容

為了解決上述缺陷，本發明的技術目的是提供一種同步檢測APOE基因兩個SNP位點的引物對及檢測方法，有益于檢測通量的提高。

為了達到上述目的，本發明是通過如下技術方案實現的：

首先提供一種用于同步檢測APOE基因的兩個SNP位點的基因多態性的引物對，包含一對引物，上游引物的核苷酸序列由SEQ ID NO.1所示，下游引物的核苷酸序列由SEQ IDNO.2所示。本發明的引物對尤其是針對APOE的包含rs429358和rs7412位點的基因特異性擴增所特別設計的，可以同時同步、高效率、高特異性、準確地擴增出所述基因在所述位點的特異性基因片段，再通過測序，檢測其基因多態性。使用該引物對進行PCR擴增反應時，APOE基因的rs429358和rs7412位點同時進行擴增，即同時擴增包含2個SNP位點的基因片段。可以最大程度地提高檢測通量。

經過多次試驗證明，本發明提供的引物對具有較好的特異性和擴增準確性，可以應用于制備同步檢測APOE基因的兩個SNP位點的基因多態性的試劑盒，通過制備成成品試劑盒，可以在采集了樣品試驗后，快速準確地得出APOE基因在兩個位點的基因多態性的結果。

所述試劑盒，主要是包括本發明提供的引物對，其中引物的終濃度優選為20-300nM。其他PCR試劑可以根據常規技術選擇，例如優選的技術方案是，還包含DNA聚合酶、PCR緩沖液、4種dNTP(deoxy-ribonucleoside triphosphate，脫氧核糖核苷三磷酸)的混合物和超純水。其中DNA聚合酶的用量為0.5-5U，每種dNTP的終濃度均為50-500μM。