[發明專利]一種高通量的病原體微生物基因檢測篩查方法

在審

• 申請號: 202010359019.0
• 申請日: 2020-04-29
• 公開（公告）號: CN111549109A
• 公開（公告）日: 2020-08-18
• 發明（設計）人: 楊功達;曾豐波;胡秀弟
• 申請（專利權）人: 蘇州蘇因智啟生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6874
• 分類號: C12Q1/6874;C12Q1/70;G16B20/30;G16B25/20;C12R1/93
• 代理公司: 北京紀凱知識產權代理有限公司 11245
• 代理人: 陸惠中;田歡

1.一種高通量的病原體微生物基因檢測篩查方法，其特征在于，包括：

S1：設計探針；

S2：芯片合成；

S3：提取樣品中的DNA或RNA；

S4：文庫構建；

S5：文庫目標區域雜交捕獲和測序；

S6：采用高通量測序平臺檢測；

S7：進行生信分析，采用Samtools來計算病原體基因組序列每個位點的深度；與探針目標區域重疊的序列被視為“目標序列”；相反，則被視為“非目標序列”。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，選擇目標病原體微生物作為篩查對象，運用生物信息學方法，選擇該病原體基因組上的物種特異序列，并以此區域設計探針序列。

3.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，每種微生物設計1-100條探針，探針合成后，等摩爾體積混合，得到液相檢測芯片。

4.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述樣品為血液樣品，樣品采集和分離后得到cfDNA。

5.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述S4包括：

S41：分別取cfDNA進行QuantiFluor^TM-ST(Promega)定量和Agilent 2100檢測質量；

S42：以cfDNA作為樣本，使用二代構建文庫測序試劑盒分別制備基因組DNA文庫和cfDNA文庫。

6.根據權利要求5所述的方法，其特征在于，所述S42依次包括以下步驟：

末端補平、補平后純化、加A尾、加A尾后純化、加單分子標記接頭、加接頭后磁珠純化、文庫擴增、文庫鑒定和文庫純化步驟。

7.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述高通量測序平臺為illumine X-Ten。

8.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述S7包括：

S71：對下機數據進行數據分析，先進行數據拆分，再對數據進行質量值過濾，去除低質量數據；

S72：將測得序列的K-mers比對到所有參考基因組，將Kraken用作分類學分類器；根據kraken的算法，建立自定義分類，得到數據庫；

S73：采用Samtools來計算病原體基因組序列每個位點的深度；得到目標序和“非目標序列”；

S74：使用自定義腳本來計算探針目標區域的覆蓋范圍以及非目標區域的序列數；如果一個病原體的序列同時出現在目標區域和非目標區域，則認定為陽性。

9.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述病原體為BK病毒。

10.根據權利要求1-9任一項所述的方法在病原體檢測中的應用。