[發明專利]檢測目標區域CNV的方法及裝置

有效

• 申請號: 202010319303.5
• 申請日: 2020-04-21
• 公開（公告）號: CN111508559B
• 公開（公告）日: 2021-08-13
• 發明（設計）人: 曹善柏;陳利斌;郭璟;樓峰
• 申請（專利權）人: 北京橡鑫生物科技有限公司;天津橡鑫生物科技有限公司;北京橡鑫醫學科技有限公司
• 主分類號: G16B20/20
• 分類號: G16B20/20;G16B50/00
• 代理公司: 北京康信知識產權代理有限責任公司 11240
• 代理人: 路秀麗

1.一種檢測目標區域CNV的方法，其特征在于，所述方法包括：

獲取多個對照樣本的目標區域的測序數據記為對照數據，同時獲取待測樣本的所述目標區域的測序數據，記為待測數據；

從多個所述對照樣本的所述對照數據中篩選出測序深度的大小關系全部保持一致的兩個外顯子，記作參照成對外顯子，所述參照成對外顯子的所述測序深度的大小關系記作參照關系，所有所述參照成對外顯子及所述參照成對外顯子的所述參照關系構成了參照關系譜；

按照所述參照關系譜，檢測所述待測數據中所述參照成對外顯子的測序深度的大小關系，記為待測關系；

檢測所述待測關系與所述參照關系不一致的次數是否存在顯著多次，若存在顯著多次，則判定所述待測樣本的所述目標區域發生CNV，反之，不發生，

其中，獲取多個對照樣本的目標區域的測序數據記為對照數據，同時獲取待測樣本的所述目標區域的測序數據，記為待測數據包括：

獲取多個對照樣本的目標區域的測序數據，并將所述測序數據與參考基因組序列進行比對，得到唯一比對序列，記為所述對照數據；

獲取待測樣本的所述目標區域的測序數據，并將所述測序數據與所述參考基因組序列進行比對，得到唯一比對序列，記為所述待測數據；

其中，利用二項分布檢測所述待測關系與所述參照關系不一致的次數是否存在顯著多次。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，在獲得所述對照數據之后，以及從多個所述對照樣本的所述對照數據中篩選出所述測序深度的大小關系全部保持一致的兩個外顯子之前，所述方法還包括：利用所述對照數據計算各所述外顯子的測序深度，所述測序深度為覆蓋所述外顯子的堿基數與所述外顯子長度的比值。

3.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，在判定所述待測樣本的所述目標區域發生CNV之后，所述方法還包括：根據所述待測關系與所述參照關系的變化方向，確定所述CNV為擴增還是缺失。

4.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，在篩選所述參照成對外顯子并保留所述參照關系時，同時檢測所述參照成對外顯子的所述測序深度的比值的平均值或中位數，記為參照深度比值，

在檢測所述待測關系時，同時檢測所述待測數據中所述參照成對外顯子的測序深度的比值的平均值或中位數，記為待測深度比值，

在判斷所述待測樣本的所述目標區域發生CNV之后，所述方法還包括確定拷貝數值，所述拷貝數值為所述待測深度比值/所述參照深度比值*倍體數。

5.一種檢測目標區域CNV的裝置，其特征在于，所述裝置包括：

獲取模塊，用于獲取多個對照樣本的目標區域的測序數據記為對照數據，同時獲取待測樣本的所述目標區域的測序數據，記為待測數據；

參照關系譜構建模塊，用于從多個所述對照樣本的所述對照數據中篩選出測序深度的大小關系全部保持一致的兩個外顯子，記作參照成對外顯子，所述參照成對外顯子的所述測序深度的大小關系記作參照關系，所有所述參照成對外顯子及所述參照成對外顯子的所述參照關系構成了參照關系譜；

第一檢測模塊，用于按照所述參照關系譜，檢測所述待測數據中所述參照成對外顯子的測序深度的大小關系，記為待測關系；

第二檢測模塊，用于檢測所述待測關系與所述參照關系不一致的次數是否存在顯著多次，若存在顯著多次，則判定所述待測樣本的所述目標區域發生CNV，反之，不發生，

其中，所述獲取模塊包括：

第一獲取比對模塊，用于獲取多個對照樣本的目標區域的測序數據，并將所述測序數據與參考基因組序列進行比對，得到唯一比對序列，記為所述對照數據；

第二獲取比對模塊，用于獲取待測樣本的所述目標區域的測序數據，并將所述測序數據與所述參考基因組序列進行比對，得到唯一比對序列，記為所述待測數據；

所述第二檢測模塊為二項分布檢測模塊。

6.根據權利要求5所述的裝置，其特征在于，所述裝置還包括：測序深度計算模塊，用于利用所述對照數據計算各所述外顯子的測序深度，所述測序深度為覆蓋所述外顯子的堿基數與所述外顯子長度的比值。