[發(fā)明專利]一種羅非魚及其遺傳多樣性的微衛(wèi)星鑒別引物和方法

在審

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• 申請日: 2020-03-26
• 公開（公告）號: CN111286547A
• 公開（公告）日: 2020-06-16
• 發(fā)明（設計）人: 簡偉業(yè);趙金良;唐首杰
• 申請（專利權）人: 茂名市偉業(yè)羅非魚良種場;上海海洋大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/686;C12N15/11
• 代理公司: 廣州浩泰知識產(chǎn)權代理有限公司 44476
• 代理人: 李巍

本發(fā)明提供了一種羅非魚及其遺傳多樣性的微衛(wèi)星鑒別引物和方法，包括微衛(wèi)星鑒別引物和方法，方法包括以下步驟：材料選取、基因組DNA的提取、微衛(wèi)星引物篩選、微衛(wèi)星引物PCR反應、電泳檢測和染色、數(shù)據(jù)分析；以“新吉富”羅非魚選育后期世代(F13、F14、F15)群體為研究對象，利用微衛(wèi)星標記技術對選育后期世代群體的遺傳變異進行跟蹤監(jiān)測，一方面，比較不同選育世代群體遺傳多樣性水平，分析選育過程對選育群體遺傳結構的影響，另一方面，尋找能夠區(qū)分不同選育世代群體的微衛(wèi)星鑒別標記，通過以上兩個方面的綜合分析，為“新吉富”羅非魚選育后期世代的持續(xù)選育和保種工作提供科學依據(jù)。

技術領域

本發(fā)明涉及魚類育種技術領域，尤其是一種羅非魚及其遺傳多樣性的微衛(wèi)星鑒別引物和方法。

背景技術

“新吉富”羅非魚是上海水產(chǎn)大學以1994年引入的尼羅羅非魚“GIFT”品系第三代為基礎群體(F0)(李思發(fā),2001)，從1996年開始經(jīng)10年系統(tǒng)選育而成的新品種，其F8于2006年1月經(jīng)全國水產(chǎn)原種和良種審定委員會審定、命名(登記號GS01-001-2005)，農(nóng)業(yè)部公告(第631號)為全國推廣的優(yōu)良品種(李思發(fā)等,2008)。鑒于沒有永遠的良種的理念和推陳出新的時代要求，在選育系F8的基礎上，課題組堅持“新吉富”羅非魚的持續(xù)選育，至2011年已選育至第15代(F15)。但是伴隨人工選育過程，封閉的選育群體易受到非隨機交配、遺傳漂變、人工定向選擇壓力等因素的影響而導致有效群體數(shù)目減少、近交機率增加，如不及時采取人工干預手段，久而久之，勢必降低每代選擇反應，影響選育效果，甚至誘發(fā)近交衰退和瓶頸效應。因此，在育種過程中，有必要對選育群體遺傳變異進行跟蹤監(jiān)測，及時了解其遺傳結構的變化，從而制訂相應的科學措施保證育種工作順利進行。與此同時，人工選育是一個長期而復雜的過程，在此過程中，保存每代選育群體的種質資源庫是一項艱巨任務，因各個世代的選育群體在體型特征上是極為相似的，易因隔離措施不到位等因素而導致群體間種質混雜現(xiàn)象發(fā)生，因此，有必要采用科學手段(如分子遺傳標記技術)從基因型的層面對連續(xù)的選育世代群體進行種質鑒別，從根本上杜絕群體間的種質混雜。

發(fā)明內(nèi)容

針對上述的問題，本發(fā)明提供了一種羅非魚及其遺傳多樣性的微衛(wèi)星鑒別引物和方法。

為了實現(xiàn)以上目的，本發(fā)明是通過如下技術方案來實現(xiàn)：

本發(fā)明的第一目的在于提一種羅非魚及其遺傳多樣性的微衛(wèi)星鑒別引物，所述微衛(wèi)星鑒別引物有15對，分別為：UNH904、GM532、UNH846、UNH1007、HM370073、HM370078、HM370085、HM370111、UNH878、UNH896、UNH901、GM047、GM294、GM323、GM578，所述微衛(wèi)星鑒別引物是從GenBank數(shù)據(jù)庫中檢索已發(fā)布的尼羅羅非魚微衛(wèi)星位點50個中使用Primer5.0軟件設計引物篩選出來的。

本發(fā)明的第二目的在于提供一種羅非魚及其遺傳多樣性的微衛(wèi)星鑒別方法，包括以下步驟：

(1)材料選?。悍謩e選取“新吉富”羅非魚選育系F13、F14和F15，其中F13樣本數(shù)為29尾，F(xiàn)14、F15樣本數(shù)均為30尾，剪取每尾標本尾鰭，編號后于95％乙醇中保存?zhèn)溆茫?/p>

(2)基因組DNA的提取：使用組織/細胞基因組DNA快速提取試劑盒提取步驟(1)中每尾標本尾鰭的基因組DNA，并通過瓊脂糖凝膠電泳檢測DNA的濃度和純度，對通過檢測的DNA提取物進行編號，于-40℃冰箱中保存?zhèn)溆茫?/p>

(3)微衛(wèi)星引物篩選：從GenBank數(shù)據(jù)庫中檢索已發(fā)布的尼羅羅非魚微衛(wèi)星位點50個中使用Primer5.0軟件設計引物篩選15對有效擴增的微衛(wèi)星引物，分別為：UNH904、GM532、UNH846、UNH1007、HM370073、HM370078、HM370085、HM370111、UNH878、UNH896、UNH901、GM047、GM294、GM323、GM578；