[發(fā)明專利]一種同一樣品的轉(zhuǎn)錄組和基因組同時建立測序文庫的構(gòu)建方法

在審

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• 申請日: 2020-03-16
• 公開（公告）號: CN111454942A
• 公開（公告）日: 2020-07-28
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 張曉魯
• 申請（專利權(quán)）人: 張曉魯
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C40B50/06
• 代理公司: 北京輕創(chuàng)知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11212
• 代理人: 王丹

本發(fā)明屬于生物技術(shù)領(lǐng)域，具體的涉及一種同一樣品的轉(zhuǎn)錄組和基因組同時建立測序文庫的構(gòu)建方法。其中：所述RNA引物的序列為CGATTGAGGCCGGTAATACGACTCACTATAGGG_GTTCAGAGTTCTACAGTCCGACGATC_NNNNNNNN_CATCACGC_TTTTTTTTTV；其中：所述DNA引物的基因序列為CGATTGAGGCCGGTAATACGACTCACTATAGGG_GTTCAGAGTTCTACAGTCCGACGATC_NNNNNNNN_CATCACGC_CATG。本發(fā)明的轉(zhuǎn)錄組和基因組同時建立測序文庫的構(gòu)建方法首次實現(xiàn)了同一樣本的轉(zhuǎn)錄組和基因組同時擴增和測序文庫的構(gòu)建，解決了尚未有方法能夠?qū)崿F(xiàn)同一樣品轉(zhuǎn)錄組和基因組的同時構(gòu)建測序文庫的技術(shù)問題。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于生物技術(shù)領(lǐng)域，具體的涉及一種同一樣品的轉(zhuǎn)錄組和基因組同時建立測序文庫的構(gòu)建方法。

背景技術(shù)

生物體內(nèi)的核酸物質(zhì)主要有兩種：脫氧核糖核酸(DNA)和核糖核酸(RNA)。在人體細胞中，這兩者分別起著遺傳物質(zhì)的儲藏體和載體的功能。隨著人類基因組計劃的實施完成以及測序技術(shù)的迅猛發(fā)展，多種多樣的核酸擴增方法也隨之涌現(xiàn)，并且，其中很多已發(fā)展成熟為商品化試劑盒，應(yīng)用廣泛。測序技術(shù)發(fā)展至今，主要經(jīng)歷了三代。一代的Sanger測序目前已應(yīng)用較少甚至趨于淘汰，但仍被看作驗證新一代測序技術(shù)結(jié)果的“金標準”；二代的短讀長測序是目前應(yīng)用較為廣泛的，主要有羅氏公司的FLX、IIIumina公司的GA和Life公司的Solid測序平臺等。其中，由于IIIumina公司的產(chǎn)品試劑更多樣化更完善而具有更大的市場占有率；三代測序是為了彌補二代短讀長測序的缺陷應(yīng)運而生的長讀長測序，目前比較知名的是OxfordNanopore公司的單納米孔測序和Pacific Biosciences的單分子實時測序兩種平臺，但由于三代測序剛剛起步，加之其通量較低以及費用較高的緣故，尚未在市場廣泛推廣。因此可以說，二代測序仍然是目前乃至今后很長一段時間生命科學(xué)領(lǐng)域的測序主導(dǎo)手段。

RNA擴增主要用于RNA測序(RNAseq)來獲得生物體轉(zhuǎn)錄組信息。RNAseq的發(fā)明出現(xiàn)已有十余年之久。在這十余年間，不斷涌現(xiàn)的RNA擴增及數(shù)據(jù)庫制備技術(shù)已達上百種，大部分應(yīng)用于二代測序平臺，方法絕大多種涉及大組織塊或大量細胞樣本(此處的“大組織塊或大量細胞樣本”應(yīng)至少包括百萬個細胞)。

DNA擴增主要用于DNA測序(DNAseq)來獲得生物體基因組信息。生物體細胞(以人體細胞為例)的基因組信息主要保存在細胞核內(nèi)的染色質(zhì)DNA中，正常人體細胞的基因物質(zhì)是兩個拷貝。與RNAseq類似，DNAseq發(fā)展到目前，也已出現(xiàn)了多種多樣的適用于二代或三代測序平臺的擴增方法，一部分可達到單細胞的分辨率。大組織塊/大樣本的DNAseq方法發(fā)展迅猛，市場上也有多種多樣的試劑盒可供選擇。這些方法一般都遵循同樣的流程：基因組DNA超聲片段化-末端修復(fù)-加poly(A)尾-連接測序引物-PCR擴增。

到目前為止，尚未有方法能夠?qū)崿F(xiàn)同一樣品轉(zhuǎn)錄組和基因組的同時構(gòu)建測序文庫。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明為了解決上述背景技術(shù)中的技術(shù)問題，提供一種構(gòu)建轉(zhuǎn)錄組文庫和基因組文庫的方法。

本發(fā)明采用的技術(shù)方案如下：

本發(fā)明一方面提供了一種RNA引物，所述RNA引物的序列為CGATTGAGGCCGGTAATACGACTCACTATAGGG_GTTCAGAGTTCTACAGTCCGACGATCNNNNNNNN_CATCACGCTTTTTTTTTV，其中：

序列CGATTGAGGCCGGTAATACGACTCACTATAGGG為T7啟動子；

序列GTTCAGAGTTCTACAGTCCGACGATC為RA5即IIIumina測序平臺識別引物二

序列NNNNNNNN為特異分子識別碼(UMI)；