[發(fā)明專利]COVID-19感染的宿主標志物的應用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202010173346.7
• 申請日: 2020-03-13
• 公開（公告）號: CN111041089B
• 公開（公告）日: 2020-06-19
• 發(fā)明（設計）人: 許騰;楊文嬌;謝淑媚;何福生;楊敏玲;莫茜;李永軍;王小銳;蘇杭
• 申請（專利權）人: 廣州微遠基因科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6883
• 分類號: C12Q1/6883;C12N15/11
• 代理公司: 廣州新諾專利商標事務所有限公司 44100
• 代理人: 李海恬

本發(fā)明涉及一種COVID?19感染的宿主標志物的應用，屬于基因檢測技術領域。該宿主標志物可在制備COVID?19感染檢測試劑或檢測設備中的應用，所述宿主標志物包括RNR1，MFSD11，SYNE3和SLC10A3基因中的至少一種。本發(fā)明通過對COVID?19陽性肺炎組患者和COVID?19陰性肺炎組患者基因表達的差異進行分析，得到上述具有差異表達的基因作為宿主標志物，可用于輔助COVID?19感染診斷，在一定程度上可以彌補病毒核酸檢驗假陰性的缺陷，提高對COVID?19的診斷能力。

技術領域

本發(fā)明涉及基因檢測技術領域，特別是涉及一種COVID-19感染的宿主標志物的應用。

背景技術

COVID-19的傳播方式是空氣與接觸傳播，是易傳播疾病，且COVID-19感染肺炎癥狀為發(fā)熱、干咳、乏力等，與普通肺炎相似，臨床醫(yī)生較難鑒別，所以準確鑒定是否為COVID-19感染對臨床診斷和治療有重要的實際作用。

常規(guī)的COVID-19鑒定方式主要為RT-PCR等針對COVID-19病毒核酸檢測，但由于實驗技術和RNA病毒易變異的問題存在，核酸檢測對COVID-19感染的鑒定存在一定的假陰性，導致部分患者無法迅速確診。

發(fā)明內(nèi)容

基于此，有必要針對上述問題，提供一種COVID-19感染的宿主標志物，通過觀察這些宿主標志物差異化的表達，輔助診斷宿主是否存在COVID-19感染，提高對COVID-19的診斷能力。

一種宿主標志物在制備COVID-19感染檢測試劑或檢測設備中的應用，所述宿主標志物包括RNR1，MFSD11，SYNE3和SLC10A3基因中的至少一種。

本發(fā)明人在工作中發(fā)現(xiàn)，目前對COVID-19病毒的核酸檢測，首先是經(jīng)過前處理提取生物樣本中的RNA進行核酸檢測，而此時得到的RNA中，宿主RNA（人基因組）含量遠遠高于病原RNA，本發(fā)明通過對COVID-19陽性肺炎組患者和COVID-19陰性肺炎（即非COVID-19感染的其它肺炎）組患者基因表達的差異進行分析，得到上述具有差異表達的基因作為宿主標志物，可用于輔助COVID-19感染診斷，在一定程度上可以彌補病毒核酸檢驗假陰性的缺陷，提高對COVID-19的診斷能力，當COVID-19病毒核酸檢測為陰性，而上述宿主標志物表達陽性（按照預設規(guī)則上調或下調），可提示進行復檢等。

在其中一個實施例中，所述宿主標志物中，以基因表達上調為標志的基因為：RNR1；以基因表達下調為標志的基因為：MFSD11、SYNE3、SLC10A3。

在其中一個實施例中，對所述宿主標志物的應用為：檢測生物樣本中所述宿主標志物基因的表達量，與預定的各基因表達預設判定值進行對比，得出檢測結果。

在其中一個實施例中，所述宿主標志物基因的表達量通過以下方法獲得：以高通量測序獲得人基因組測序數(shù)據(jù)，以外顯子作為轉錄本最小區(qū)間，以比對到已知基因的序列數(shù)作為基因表達量。

在其中一個實施例中，所述基因表達預設判定值通過以下方法得到：分別獲取COVID-19陽性肺炎組及COVID-19陰性肺炎組樣本數(shù)據(jù)，根據(jù)兩組樣本數(shù)據(jù)進行差異化分析，以各基因表達量差異倍數(shù)絕對值為1.5倍以上為預設判定值。

在其中一個實施例中，所述差異化分析時，限定P-Value 0.05，且FDR0.1。

在其中一個實施例中，所述檢測試劑用于痰液、鼻咽拭子、咽拭子、肺泡灌洗液樣本的檢測。

本發(fā)明還公開了一種COVID-19感染輔助檢測試劑盒，包括檢測以下至少一個基因表達量的試劑：MFSD11、RNR1、SYNE3、SLC10A3。

可以理解的，上述檢測試劑盒可以針對基于芯片的檢測方法設計，也可以針對基于測序的檢測方法設計、或者基于PCR的檢測方法設計均可，僅需能夠檢測出上述宿主標志物基因的表達量即可。