[發(fā)明專利]一種用于鑒定豬背膘厚度的SNP標(biāo)記及其應(yīng)用方法

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202010153558.9
• 申請日: 2020-03-06
• 公開（公告）號: CN113355430A
• 公開（公告）日: 2021-09-07
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 唐中林;袁鵬翔;易國強;楊亞嵐
• 申請（專利權(quán)）人: 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)基因組研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 北京康思博達(dá)知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11426
• 代理人: 劉冬梅;范國鋒

本發(fā)明公開了一種用于鑒定豬背膘厚度的SNP標(biāo)記及其應(yīng)用方法，所述SNP標(biāo)記位于國際豬基因組10.2版本參考序列豬9號染色體上，落于AMOTL1基因內(nèi)部，且具有T/C多態(tài)性，可以通過選擇該位點的基因型為TT的豬來篩選低背膘厚的豬種。本發(fā)明提供的與豬背膘厚相關(guān)的SNP標(biāo)記，豐富了現(xiàn)有檢測手段，提高了優(yōu)良種豬的選育速度，加速了豬產(chǎn)肉性狀的遺傳進(jìn)展。本發(fā)明提供的鑒定豬背膘厚的方法，通過檢測相應(yīng)SNP位點的基因型，進(jìn)而利用不同基因型預(yù)測個體的表型值，提高了選種準(zhǔn)確性。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于豬分子育種技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及用于鑒定豬背膘厚度的SNP標(biāo)記及其應(yīng)用方法。

背景技術(shù)

農(nóng)業(yè)是關(guān)乎國民經(jīng)濟(jì)的基礎(chǔ)產(chǎn)業(yè)，而畜牧業(yè)是農(nóng)業(yè)的重要組成部分，是豐富城鄉(xiāng)居民的“菜籃子”，也是滿足肉蛋奶供應(yīng)的主要載體。現(xiàn)代畜牧業(yè)的發(fā)展程度直接關(guān)系到農(nóng)業(yè)生產(chǎn)能力，是一個國家國民生活水平高低的重要標(biāo)志。生豬養(yǎng)殖業(yè)在我國畜牧業(yè)中占據(jù)著重中之重的位置。養(yǎng)豬業(yè)的穩(wěn)定發(fā)展，對于國民經(jīng)濟(jì)水平的全面提升，滿足人們的日常生活需求具有極其重要的意義。

豬背膘厚度屬于中高等遺傳力性狀，可直接反應(yīng)胴體品質(zhì)及瘦肉率的高低,所以在實際生產(chǎn)和育種過程中都十分重視對背膘厚度性狀的選擇。但實踐證明，即使飼喂同一品種，同一日齡的豬群，不同體重的豬背膘厚度也有所差異。在豬的遺傳育種過程中，為了提高選育的準(zhǔn)確性，須將每頭豬背膘厚度校正到同一水平來進(jìn)行比較。

單核苷酸多態(tài)性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)是基因組中最常見的遺傳變異，在分子育種相關(guān)研究中具有非常重要的作用，如QTL定位、全基因組關(guān)聯(lián)分析(Genome-wide association study，GWAS)、選擇信號分析和基因組選擇育種等。隨著基因組學(xué)的發(fā)展，高密度的SNP芯片越來越多地應(yīng)用到豬育種工作中。通過對約克夏豬群體進(jìn)行候選SNP位點關(guān)聯(lián)分析研究，挖掘影響豬背膘厚性狀的重要候選基因以及相關(guān)功能位點，可在分子水平上為豬進(jìn)一步的遺傳改良工作提供科學(xué)依據(jù)。

因此，有必要挖掘功能明確、效應(yīng)顯著、可直接用于育種的與豬背膘厚性狀顯著相關(guān)的SNP位點，以為實際生產(chǎn)和育種提供參考依據(jù)。

發(fā)明內(nèi)容

為了克服上述問題，本發(fā)明人進(jìn)行了銳意研究，首次在AMOTL1基因內(nèi)發(fā)現(xiàn)了與豬背膘厚顯著相關(guān)的SNP標(biāo)記，該標(biāo)記具體位于國際豬基因組10.2版本參考序列9號染色體上第30,730,577個核苷酸處，存在T/C多態(tài)性，可以通過選擇該位點的基因型為TT的豬來篩選低背膘厚的豬種，以縮短育種周期，提高豬養(yǎng)殖業(yè)的經(jīng)濟(jì)效益與社會價值，從而完成了本發(fā)明。

具體來說，本發(fā)明的目的在于提供以下方面：

本發(fā)明提供了一種用于鑒定豬背膘厚的SNP標(biāo)記，其中，所述SNP標(biāo)記位于國際豬基因組10.2版本參考序列9號染色體上，在AMOTL1基因內(nèi)部。

其中，所述SNP標(biāo)記位于國際豬基因組10.2版本參考序列9號染色體上第30,730,577個核苷酸處，存在T/C多態(tài)性。

其中，所述位于國際豬基因組10.2版本參考序列9號染色體上第30,730,577個核苷酸處的SNP位點的基因型為TT的豬，相較于基因型為TC和CC的豬，具有較低的背膘厚度。

其中，用于檢測所述SNP位點基因型的方法中涉及PCR擴增反應(yīng)和單堿基延伸反應(yīng)，

所述PCR擴增反應(yīng)的擴增引物為P1和P2，其核苷酸序列分別如SEQ ID NO.2和SEQID NO.3所示；

所述單堿基延伸引物為P3、P4和P5，其核苷酸序列分別如SEQ ID NO.4、SEQ IDNO.5和SEQ ID NO.6所示。

本發(fā)明還提供了一種鑒定或輔助鑒定豬背膘厚的方法，其中，所述方法包括確定待測豬個體位于國際豬基因組10.2版本參考序列9號染色體上第30,730,577個核苷酸處SNP標(biāo)記的基因型的步驟。