[發(fā)明專利]一種鑒定豬背膘厚和達(dá)100kg體重日齡的SNP標(biāo)記及其應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202010152951.6
• 申請日: 2020-03-06
• 公開（公告）號: CN113355429B
• 公開（公告）日: 2022-09-09
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 唐中林;盧丹;易國強(qiáng);楊亞嵐
• 申請（專利權(quán)）人: 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)基因組研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6809;C12N15/11
• 代理公司: 北京康思博達(dá)知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11426
• 代理人: 劉冬梅;范國鋒

本發(fā)明公開了一種鑒定豬背膘厚和達(dá)100kg體重日齡的SNP標(biāo)記及其應(yīng)用，該標(biāo)記落在SYNE1基因內(nèi)，具體位于國際豬基因組11.1版本參考序列1號染色體第13,937,363個(gè)核苷酸處，具有T/C多態(tài)性。本發(fā)明提供的與豬背膘厚和達(dá)100kg體重日齡相關(guān)的SNP標(biāo)記，豐富了豬育種的分子標(biāo)記，可以通過選擇該位點(diǎn)的基因型為CC的豬來篩選低背膘厚和達(dá)100kg體重日齡短的豬個(gè)體，縮短了豬育種周期，加快了豬優(yōu)良生長性狀育種的步伐，同時(shí)提高了豬養(yǎng)殖業(yè)的經(jīng)濟(jì)效益與社會(huì)價(jià)值。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于豬育種技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及與豬背膘厚和達(dá)100kg體重日齡相關(guān)的SNP標(biāo)記、檢測方法和用途。

背景技術(shù)

豬的生長性狀在豬遺傳改良中占有非常重要的地位，該環(huán)節(jié)成功與否直接影響整個(gè)養(yǎng)豬業(yè)的經(jīng)濟(jì)效益。豬的生長性狀多為數(shù)量性狀，受許多基因的調(diào)控，研究基因與生長性狀之間的關(guān)系對加速生長性狀的遺傳改良非常重要。

傳統(tǒng)的育種方法是通過選擇育種或雜交育種的方式，經(jīng)歷多代選育來不斷改良動(dòng)物的優(yōu)良性狀。由于傳統(tǒng)育種技術(shù)依賴于育種工作者的經(jīng)驗(yàn)，往往存在很大的盲目性和不可預(yù)測性，而且所需育種年限很長，效果甚微。隨著標(biāo)記輔助選擇、遺傳標(biāo)記、全基因組重測序、全基因組高通量SNP(single nucleotide polymorphism)標(biāo)記定位等分子技術(shù)的完善和發(fā)展，將分子育種技術(shù)和常規(guī)育種方法相結(jié)合，可以顯著縮短育種年限，彌補(bǔ)傳統(tǒng)育種中的不足。

豬的生長性狀受到品種、性別、日常管理、營養(yǎng)、疾病控制、遺傳等多種因素的影響。如何提高和改善豬生長性狀一直是國內(nèi)外研究的熱點(diǎn)話題，也是豬育種選擇的目標(biāo)性狀之一。其中，豬背膘厚是遺傳力較高的性狀，容易測量且與其他性狀密切相關(guān)，可直接反映胴體品質(zhì)及瘦肉率的高低；豬達(dá)100kg體重日齡是評估豬生長速度的重要指標(biāo)，屬于中高等遺傳力性狀，可以間接反映飼料利用率。大量研究表明，豬達(dá)100kg體重日齡越短，生長速度越快，可以減少豬場的生產(chǎn)成本，從而提高經(jīng)濟(jì)效益。因此在生產(chǎn)和育種中十分重視對背膘厚和達(dá)100kg體重日齡性狀的選擇。

但是，目前缺少功能明確、效應(yīng)顯著且可直接用于育種的與豬背膘厚和達(dá)100kg體重日齡相關(guān)的SNP標(biāo)記。

發(fā)明內(nèi)容

為了克服上述問題，本發(fā)明人進(jìn)行了銳意研究，首次在SYNE1基因上發(fā)現(xiàn)了與豬背膘厚和達(dá)100kg體重日齡相關(guān)的SNP標(biāo)記，其位于國際豬基因組11.1版本參考序列1號染色體第13,937,363個(gè)核苷酸處，具有T/C多態(tài)性，可以通過選擇該位點(diǎn)的基因型為CC的豬來篩選低背膘厚和達(dá)100kg體重日齡短的豬個(gè)體，縮短豬育種周期，提高養(yǎng)殖業(yè)的經(jīng)濟(jì)效益與社會(huì)價(jià)值，從而完成了本發(fā)明。

具體來說，本發(fā)明的目的在于提供以下方面：

本發(fā)明提供了一種與豬背膘厚和達(dá)100kg體重日齡相關(guān)的SNP標(biāo)記，其中，所述SNP標(biāo)記位于SYNE1基因上。

其中，所述與豬背膘厚和達(dá)100kg體重日齡相關(guān)的SNP標(biāo)記位于國際豬基因組11.1版本參考序列1號染色體第13,937,363個(gè)核苷酸處，具有T/C多態(tài)性。

其中，所述位于國際豬基因組11.1版本參考序列1號染色體第13,937,363個(gè)核苷酸處的SNP位點(diǎn)的基因型為CC的豬，相較于基因型為CT的豬，具有較低的背膘厚和較短的達(dá)100kg體重日齡。

本發(fā)明還提供了一種上述SNP標(biāo)記的獲取方法，其中，所述方法包括以下步驟：

步驟I，選取豬群體，提取個(gè)體的基因組DNA，并測定表型數(shù)據(jù)；

步驟II，進(jìn)行基因型檢測；

步驟III，進(jìn)行基因型數(shù)據(jù)和表型數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)分析。

其中，步驟I中，對獲得的表型數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量控制，所述質(zhì)量控制包括清除表型值缺失的個(gè)體以及清除與平均值的偏差大于3倍標(biāo)準(zhǔn)差的個(gè)體。