[發(fā)明專(zhuān)利]一種鑒定豬背膘厚和達(dá)100kg體重日齡的SNP標(biāo)記及其應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202010152951.6
• 申請(qǐng)日: 2020-03-06
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN113355429B
• 公開(kāi)（公告）日: 2022-09-09
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 唐中林;盧丹;易國(guó)強(qiáng);楊亞嵐
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)基因組研究所
• 主分類(lèi)號(hào): C12Q1/6888
• 分類(lèi)號(hào): C12Q1/6888;C12Q1/6809;C12N15/11
• 代理公司: 北京康思博達(dá)知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11426
• 代理人: 劉冬梅;范國(guó)鋒

1.一種與豬背膘厚和達(dá)100kg體重日齡相關(guān)的SNP標(biāo)記在篩選低背膘厚和達(dá)100kg體重日齡短的豬群體中的應(yīng)用，其特征在于，

所述與豬背膘厚和達(dá)100kg體重日齡相關(guān)的SNP標(biāo)記位于國(guó)際豬基因組11.1版本參考序列1號(hào)染色體第13,937,363個(gè)核苷酸處，具有T/C多態(tài)性；

所述應(yīng)用包括以下步驟：

步驟i，提取待測(cè)豬的基因組DNA；

步驟ii，檢測(cè)待測(cè)豬個(gè)體位于國(guó)際豬基因組11.1版本參考序列1號(hào)染色體第13,937,363個(gè)核苷酸處的SNP標(biāo)記的基因型；

步驟iii，根據(jù)基因型篩選低背膘厚和達(dá)100kg體重日齡短的豬群體；

所述位于國(guó)際豬基因組11.1版本參考序列1號(hào)染色體第13,937,363個(gè)核苷酸處的SNP位點(diǎn)的基因型為CC的豬，相較于基因型為CT的豬，具有較低的背膘厚和較短的達(dá)100kg體重日齡；

所述豬為約克夏純種豬。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的應(yīng)用，其特征在于，所述SNP標(biāo)記的獲取方法包括以下步驟：

步驟I，選取豬群體，提取個(gè)體的基因組DNA，并測(cè)定表型數(shù)據(jù)；

步驟II，進(jìn)行基因型檢測(cè)；

步驟III，進(jìn)行基因型數(shù)據(jù)和表型數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)分析。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的應(yīng)用，其特征在于，步驟I中，對(duì)獲得的表型數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量控制，所述質(zhì)量控制包括清除表型值缺失的個(gè)體以及清除與平均值的偏差大于3倍標(biāo)準(zhǔn)差的個(gè)體。

4.根據(jù)權(quán)利要求2所述的應(yīng)用，其特征在于，所述步驟II包括以下子步驟：

步驟II-1，對(duì)基因組DNA進(jìn)行擴(kuò)增；

步驟II-2，對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行SAP消化處理；

步驟II-3，對(duì)消化處理后的產(chǎn)物進(jìn)行單堿基延伸反應(yīng)；

步驟II-4，將延伸產(chǎn)物進(jìn)行質(zhì)譜檢測(cè)。

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的應(yīng)用，其特征在于，步驟II-2中，所述消化處理的反應(yīng)條件為：首先37℃孵育40min，然后85℃孵育5min。

6.根據(jù)權(quán)利要求2所述的應(yīng)用，其特征在于，所述關(guān)聯(lián)分析采用的分析模型為：

y＝Wa+xβ+μ+ε

其中：y代表個(gè)體表型值；W代表協(xié)變量；a代表對(duì)應(yīng)系數(shù)；x代表SNP基因型；β代表對(duì)應(yīng)的SNP效應(yīng)；μ代表剩余多基因效應(yīng)；ε代表剩余殘差效應(yīng)。