[發明專利]一種棉花葉蜜腺相關的分子標記InDel-GaNEC1、引物對及其應用

在審

• 申請號: 202010149636.8
• 申請日: 2020-03-06
• 公開（公告）號: CN111197103A
• 公開（公告）日: 2020-05-26
• 發明（設計）人: 楊召恩;胡偉;秦文強;李付廣;王鵬
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院棉花研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 鄭州中鼎萬策專利代理事務所(普通合伙) 41179
• 代理人: 徐文婷

本發明公開了一種棉花葉蜜腺相關的分子標記InDel?GaNEC1、引物對及其應用，該分子標記的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示。通過檢測棉花種子或者幼苗植株是否具有上述分子標記，能夠有效地在早期確定其是否具有葉蜜腺，為選育無蜜腺抗蟲棉花提供有力的手段。具體地，具有InDel?GaNEC1所示核苷酸序列且在分子標記位點純合的個體，表現為棉花具有正常的葉蜜腺；缺失InDel?GaNEC1所示核苷酸序列且在分子標記位點純合的個體，表現為棉花的葉蜜腺的缺失；具有InDel?GaNEC1所示核苷酸序列且在分子標記位點雜合的個體，表現為棉花具有正常的葉蜜腺。由此，本發明的分子標記與棉花葉蜜腺性狀緊密相關，能夠有效用于棉花的分子標記輔助育種。

技術領域

本發明涉及一種棉花葉蜜腺相關的分子標記INDEL-GaNEC1、引物對及其應用，屬于基因工程領域。

背景技術

DNA分子標記與其他標記相比較，具有明顯的優越性：①直接以DNA的形式表現，在植物體的各個組織、各發育時期均可檢測到，不受季節、環境限制、不存在是否表達的問題；②數量多、遍及整個基因組，檢測位點近于無限；③多態性高、自然存在著許多等位變異，不需要專門創造特殊的遺傳材料；④表現為“中性”，即不影響目標性狀的表達，與不良性狀況無必然的連鎖；⑤有許多分子標記表現為共顯性，能夠鑒別出純合基因型與雜合基因型，提供完整的遺傳信息。

InDel標記，指的是兩種親本中在全基因組中的差異，相對另一個親本而言，其中一個親本的基因組中有一定數量的核苷酸插入或缺失，根據基因組中插入缺失位點，設計一些擴增這些插入缺失位點的PCR引物。

InDel在基因組中分布廣泛、密度大、數目眾多。InDel多態性分子標記是基于插入/缺失位點兩側的序列設計特異引物進行PCR擴增的標記，其本質仍屬于長度多態性標記，可利用便捷的電泳平臺進行分型。InDel標記準確性高、穩定性好，避免了由于特異性和復雜性導致的后續分析模糊。此外，InDel標記能擴增混合DNA樣品和高度降解的微量DNA樣品，并進行有效分型。InDel標記目前已開始應用于動植物群體遺傳分析、分子輔助育種以及人類法醫遺傳學、醫學診斷等領域。隨著位于功能基因上InDel標記的開發，結合染色體步移和基因精細定位，可將這些標記應用于相關物種經濟性狀的功能基因的篩選，有利于優良基因的進一步開發和利用。

棉葉背面葉脈上有凹窩，即蜜腺，窩內有許多棒狀突起，分泌蜜汁。觀察發現，亞洲棉有蜜腺材料的葉片背面中脈上，離葉基約1cm處有一蜂窩狀凹陷，即為蜜腺所在，窩內有許多乳頭狀突起，可分泌蜜汁，最多時在5條葉脈上可生5個蜜腺。有蜜腺材料葉蜜腺顏色在形成初期呈淡綠色，成熟期呈白色，隨著葉片的長大和成熟，蜜腺逐漸變為黑色；無蜜腺材料在葉背面葉脈上缺少蜂窩狀的凹陷蜜腺，因而葉片的主脈光滑，無蜜腺材料的葉片除了缺少葉蜜腺外，葉片的其他結構與有蜜腺材料基本一致。棉花由于蜜腺多，蜜期長，蜜物多，易發生蟲害。因此挖掘與棉花葉蜜腺性狀相關的分子標記具有重要意義。

發明內容

針對現有技術的不足，本發明的目的是提供一種棉花葉蜜腺相關的分子標記INDEL-GaNEC1、引物對及其應用。

為了實現上述目的，本發明的技術方案是：

一種棉花葉蜜腺性狀相關的分子標記InDel-GaNEC1，其核苷酸序列如SEQ IDNO.7所示。

一種上述分子標記InDel-GaNEC1在棉花分子標記輔助育種中的應用。

一種上述分子標記InDel-GaNEC1在選育棉花有無葉蜜腺品種中的應用。

一種檢測上述分子標記InDel-GaNEC1的引物對，由正向引物InDel-GaNEC1-F和反向引物InDel-GaNEC1-R組成。

正向引物InDel-GaNEC1-F的核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示，反向引物InDel-GaNEC1-R的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示。