[發(fā)明專利]用于檢測IL28B基因的方法、試劑盒、引物對及探針

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202010141524.8
• 申請日: 2020-03-02
• 公開（公告）號: CN111118150B
• 公開（公告）日: 2023-10-20
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 李洪波;張玉祥;邢軍芬;朱濱
• 申請（專利權(quán)）人: 上海百傲科技股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6883
• 分類號: C12Q1/6883;C12Q1/6827;C12Q1/6837;C12N15/11
• 代理公司: 上海弼興律師事務(wù)所 31283
• 代理人: 薛琦;黃益澍

1.一種用于檢測IL28B基因的試劑盒，其特征在于，其包括PCR反應(yīng)體系和基因芯片，所述PCR反應(yīng)體系包括由一上游引物和一下游引物組成的引物對，所述基因芯片包括探針；其中，所述引物對和所述探針選自以下(1)-(3)的任一種、兩種或三種：

(1)所述引物對和所述探針用于檢測IL28B基因的rs12979860位點(diǎn)，其中，所述上游引物和所述下游引物的核苷酸序列分別如SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示，和/或，所述探針的核苷酸序列如SEQ ID NO:7和/或SEQ ID NO:8所示；

(2)所述引物對和所述探針用于檢測IL28B基因的rs8099917位點(diǎn)，其中，所述上游引物和所述下游引物的核苷酸序列分別如SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4所示，和/或，所述探針的核苷酸序列如SEQ ID NO:9和/或SEQ ID NO:10所示；

(3)所述引物對和所述探針用于檢測IL28B基因的rs12980275位點(diǎn)，其中，所述上游引物和所述下游引物的核苷酸序列分別如SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6所示，和/或，所述探針的核苷酸序列如SEQ ID NO:11和/或SEQ ID NO:12所示。

2.如權(quán)利要求1所述的試劑盒，其特征在于，所述PCR反應(yīng)體系中的引物對的濃度為0.12～0.84μM；較佳地：

所述(1)中，所述引物對的濃度均為0.12～0.72μM，所述上游引物的濃度優(yōu)選0.14μM；和/或，所述下游引物的濃度優(yōu)選0.6μM；

和/或，所述(2)中，所述引物對的濃度均為0.2～0.64μM，所述上游引物的濃度優(yōu)選0.2μM；和/或，所述下游引物的濃度優(yōu)選0.6μM；

和/或，所述(3)中，所述引物對的濃度均為0.2～0.84μM，所述上游引物的濃度優(yōu)選0.22μM；和/或，所述下游引物的濃度優(yōu)選0.84μM。

3.如權(quán)利要求1或2所述的試劑盒，其特征在于，所述基因芯片中的探針的濃度為1.25～5μM；

較佳地，所述用于檢測IL28B基因rs12979860位點(diǎn)的探針的濃度為1.4～5μM，優(yōu)選3μM；和/或，所述用于檢測IL28B基因rs8099917位點(diǎn)的探針的濃度為1.25～2.5μM，優(yōu)選1.67μM；和/或，所述用于檢測IL28B基因rs12980275位點(diǎn)的探針的濃度為1.43～3.3μM，優(yōu)選2.5μM。

4.如權(quán)利要求1～3任一項(xiàng)所述的試劑盒，其特征在于，所述引物對為5’端有生物檢測標(biāo)記物修飾的引物對，所述生物檢測標(biāo)記物優(yōu)選為生物素、地高辛、熒光素、熒光素衍生物、熒光分子、堿性磷酸酶或辣根過氧化物酶；

和/或，所述探針為5’端由一基團(tuán)修飾的探針，所述基團(tuán)與基因芯片的固相支持物相結(jié)合，優(yōu)選由一氨基修飾的探針，更優(yōu)選由一氨基和多個(gè)堿基T修飾的探針，進(jìn)一步更優(yōu)選由一氨基和16個(gè)堿基T修飾的探針；所述固相支持物的修飾物優(yōu)選為醛基；

和/或，所述PCR反應(yīng)體系還包括強(qiáng)耐受性DNA聚合酶，所述強(qiáng)耐受性DNA聚合酶優(yōu)選Direct PCR Mix、Trans Direct^TM PCR Super Mix、Phusion Blood Direct PCR MasterMix中的一種或多種；

和/或，用于所述試劑盒的待測樣品為含基因組DNA的生物樣本，優(yōu)選全血或口腔黏膜脫落細(xì)胞。

5.如權(quán)利要求1～4任一項(xiàng)所述的試劑盒，其特征在于，所述PCR反應(yīng)體系還包括PCR反應(yīng)緩沖液和/或脫氧核苷三磷酸；

和/或，所述試劑盒中還包括IL28B基因rs12979860位點(diǎn)的陰性探針和/或IL28B基因rs8099917位點(diǎn)的陰性探針和/或IL28B基因rs12980275位點(diǎn)的陰性探針；較佳地：

所述IL28B基因rs12979860位點(diǎn)的陰性探針的核苷酸序列如SEQ ID No.13所示；和/或，所述IL28B基因rs8099917位點(diǎn)的陰性探針的核苷酸序列如SEQ ID No.14所示；和/或，所述IL28B基因rs12980275位點(diǎn)的陰性探針的核苷酸序列如SEQ ID No.15所示。