[發明專利]菌群宏基因組基因功能分析方法、裝置和存儲裝置

在審

• 申請號: 202010106754.0
• 申請日: 2020-02-20
• 公開（公告）號: CN111304307A
• 公開（公告）日: 2020-06-19
• 發明（設計）人: 譚驗;胡函
• 申請（專利權）人: 深圳未知君生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;C12Q1/689;G16B30/20
• 代理公司: 深圳國新南方知識產權代理有限公司 44374
• 代理人: 周雷

本發明提供了一種菌群宏基因組基因功能分析方法、裝置和存儲裝置，該方法包括：獲取菌群測序序列；根據所述測序序列，進行序列拼接，以獲取拼接序列；根據所述拼接序列，進行基因功能預測。通過上述方法，能夠通過導入菌群測序序列數據，對人腸道中的菌群DNA高通量測序序列進行低質量過濾、序列拼接、功能基因預測，不需要經過實驗室的細菌分類培養，能快速且高效地對原生態的腸道菌群的功能基因進行預測。

技術領域

本發明及微生物領域，具體涉及一種菌群宏基因組基因功能分析方法、裝置和存儲裝置。

背景技術

人體腸道微生物組的物種組成復雜，是一座天然的基因功能“寶庫”。目前雖然對于人體腸道微生物組的研究和認識日益加深，但由于影響其組成結構和代謝功能的影響因素眾多，尚未能對這些影響因素進行全面系統的定量研究。

基于高通量測序的宏基因組學研究是近年來的研究熱點之一。宏基因組的生物信息分析正在逐漸完善成熟，各種分析軟件和流程的開發與應用，極大地促進了宏基因組研究的發展，特別是在遺傳與進化、基因發現、宏基因組和人類疾病的相關研究等方面取得了顯著成果。基于此，本發明提供了一種菌群宏基因組基因功能分析方法、裝置和存儲裝置。

發明內容

本發明的目的在于針對現有技術的上述缺陷，提供了一種菌群宏基因組基因功能分析方法、裝置和存儲裝置。

本發明的目的可通過以下的技術措施來實現：本發明提供了一種菌群宏基因組基因功能分析方法，所述方法包括：

獲取菌群測序序列；

根據所述測序序列，進行序列拼接，以獲取拼接序列；

根據所述拼接序列，進行基因功能預測。

進一步的，所述獲取菌群測序序列包括：

對菌群DNA進行高通量測序以獲得所述測序序列。

進一步的，所述根據所述測序序列，進行序列拼接，以獲取拼接序列，之前包括：

對所述測序結果進行數據量評估和匯總。

進一步的，所述根據所述測序序列，進行序列拼接，以獲取拼接序列包括：

對所述測序序列進行低質量過濾；

對過濾后的測序序列進行拼接以獲取初始拼接序列；

對所述初始拼接序列進行修飾以獲得所述拼接序列。

進一步的，所述根據所述拼接序列，進行基因功能預測，之前包括：

對所述拼接序列進行數據量評估和匯總。

進一步的，所述根據所述拼接序列，進行基因功能預測包括：

根據所述拼接序列篩選獲得最優拼接序列；

根據最優拼接序列進行基因功能分析，以預測基因功能。

本發明還提供了一種菌群宏基因組基因功能分析裝置，包括：

序列獲取模塊，用于獲取菌群測序序列；

拼接模塊，用于根據所述測序序列，進行序列拼接，以獲取拼接序列；

功能分析模塊，用于根據所述拼接序列，進行基因功能預測。

本發明還提供了一種菌群宏基因組基因功能分析裝置，包括：通信電路、存儲器和處理器，所述通信電路、所述存儲器分別耦接所述處理器；

所述通信電路用于與其他設備通信；

所述處理器用于運行所述存儲器存儲的程序文件，以結合所述通信電路來執行上述所述的方法。