[發明專利]用于處理基因組數據的方法

在審

• 申請號: 202010098891.4
• 申請日: 2012-01-19
• 公開（公告）號: CN111192634A
• 公開（公告）日: 2020-05-22
• 發明（設計）人: V·V·馬卡帕蒂;N·迪米特羅娃;R·辛格;S·K·亞格蘭
• 申請（專利權）人: 皇家飛利浦電子股份有限公司
• 主分類號: G16B20/40
• 分類號: G16B20/40;G16B25/00;G16B30/10
• 代理公司: 永新專利商標代理有限公司 72002
• 代理人: 王健;林曉紅

1.一種用于處理受試者的基因組數據的方法，包括：

(a)使用下一代測序方法獲得受試者的基因組序列信息，其中所述基因組序列信息具有至少90％的覆蓋；

(b)減小所述基因組序列信息的復雜性和量，其包括剪切除特異于疾病或失調的遺傳或基因組變化的特征數據之外的所述基因組序列信息；并且

(c)以能夠快速檢索的形式存儲步驟(b)的所述基因組序列信息；

其中所述特征數據包括從如下項的組中選擇的兩種或更多種：錯義突變、無義突變、單核甘酸多態性(SNP)、拷貝數變化(CNV)、剪接變化、調控序列的變化、小缺失、小插入、小插入缺失、總缺失、總插入、復雜遺傳重排、染色體間重排、染色體內重排、雜合性缺失、重復序列插入和重復序列缺失。

2.根據權利要求1所述的方法，其中，所述基因組序列獲得自受試者的樣品，優選地獲得自組織、器官、細胞和/或它們的碎片的混合物，或者獲得自組織或器官特異性的樣品，例如獲得自陰道組織、舌頭、胰腺、肝臟、脾臟、卵巢、肌肉、關節組織、神經組織、胃腸組織、腫瘤組織、體液、血液、血清、唾液或尿液的組織活檢。

3.根據權利要求1或2所述的方法，其中，步驟(a)包括受試者的基因組序列的重復采集，并且其中，執行初始采集中獲得的基因組序列信息和第二次或進一步采集中獲得的基因組序列信息之間的比較。

4.根據權利要求3所述的方法，其中，在額外的步驟中，以能夠快速檢索的形式存儲增量數據，所述增量數據包括在初始獲得的基因組序列信息和第二次或進一步采集中獲得的基因組序列信息之間不同的信息。

5.根據權利要求1或2所述的方法，其中，通過將受試者的基因組序列與參考序列比對來執行步驟(b)，其中所述參考序列包括特異于疾病或失調的遺傳或基因組變化的特征數據，并且其中，所述比對通過使用反向互補序列來執行。

6.根據權利要求1至5中任一項所述的方法，其中，所述方法還包括步驟：(d)獲得所述受試者的功能遺傳信息，(e)減小這種信息的復雜性和/或量，以及(f)以能夠快速檢索的形式存儲所述功能遺傳信息，其中，減小所述功能基因信息的復雜性和/或量的所述步驟通過剪切除特異于疾病或失調的遺傳或基因組變化的特征數據之外的所述功能遺傳信息來執行。

7.根據權利要求6所述的方法，其中，所述功能遺傳信息包括(i)關于基因表達的信息，優選地是關于一種或多種RNA種類、一種或多種蛋白質種類、所述受試者的轉錄組或其部分、所述受試者的蛋白質組或其部分、或它們的混合物的存在的信息；和/或(ii)甲基化測序信息，優選地是針對每個個體核甘酸(C或A)的甲基化測序信息；和/或(iii)指示活性基因和/或沉默基因的組蛋白標記的信息，所述信息優選地是H3K4甲基化和/或H3K27甲基化的信息。

8.根據權利要求1或7所述的方法，其中，將基因組信息和/或功能遺傳信息的變化編碼為矩陣，并且其中，基于馬爾可夫鏈過程對與基因、基因組區域、調控區、啟動子、外顯子或通路的狀態相關的信息進行解碼和表示，優選地，所述狀態是在疾病或失調背景下的狀態。

9.根據權利要求1至8獲得和/或存儲的基因組序列信息的用途，所述基因組序列信息任選地與基因表達信息組合，所述用途為制備受試者的分子歷史，優選地通過在定義的一段時間內捕獲完整基因組的功能方面，調控物組的功能方面，或以下項的調控狀態的功能方面：基因組、基因組區域、基因、啟動子、內含子、外顯子、通路、通路成員或甲基化狀態。

10.根據權利要求5至8中任一項所述的方法，或根據權利要求9所述的用途，其中，所述疾病是癌癥疾病，優選地是乳腺癌、卵巢癌或前列腺癌。