[發(fā)明專利]CHARGE綜合征致病基因CHD7突變檢測試劑盒

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202010060189.9
• 申請日: 2020-01-19
• 公開（公告）號: CN111057761A
• 公開（公告）日: 2020-04-24
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 查定軍;陳俊;梁鵬飛;王淑娟;李瓊;李薇
• 申請（專利權(quán)）人: 中國人民解放軍第四軍醫(yī)大學(xué)
• 主分類號: C12Q1/6883
• 分類號: C12Q1/6883
• 代理公司: 西安通大專利代理有限責任公司 61200
• 代理人: 范巍

本發(fā)明公開了一種CHARGE綜合征致病基因CHD7突變檢測試劑盒。試劑盒包括從待測樣品中提取DNA的試劑、用于擴增樣本DNA的PCR反應(yīng)試劑、對PCR擴增產(chǎn)物進行測序的試劑；所述擴增樣本DNA的PCR反應(yīng)試劑包括PCR引物。使用本發(fā)明所述試劑盒檢測患者是否存在CHD7基因NM_017780:c.6756?6757delAG突變，從而診斷CHARGE綜合征發(fā)生的原因，該試劑盒將有利于臨床上開展CHARGE綜合征患者的CHD7基因突變篩查工作，為CHARGE綜合征患者的診斷提供依據(jù)。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及基因檢測領(lǐng)域，具體涉及在臨床診斷CHARGE綜合征中應(yīng)用的CHD7基因缺失突變(c.6756-6757delAG)的分型檢測試劑盒。

背景技術(shù)

CHARGE綜合征是一類累及多器官的罕見先天性缺陷，其表現(xiàn)具有高度多樣性。CHARGE綜合征的診斷主要依據(jù)臨床癥狀，最早由Blake等提出，之后由Verloes修正，主要標準包括：1、眼畸形；2、后鼻孔閉鎖；3、半規(guī)管發(fā)育不良；次要標準包括：1、顱神經(jīng)及腦干病變；2、下丘腦一垂體功能異常；3、耳畸形及聽力障礙；4、縱膈器官發(fā)育不良；5、智力低下。具備上述3個主要標準癥狀，或2個主要標準癥狀及2個次要標準癥狀，即為典型的CHARGE綜合征；具備2個主要標準癥狀及1個次要標準癥狀，為部分型；具備2個主要標準癥狀，或1個主要標準癥狀及2個次要標準癥狀，為非典型。CH ARGE綜合征發(fā)病率為1/8000到1/10000，30％的患者在五歲前死亡。

2004年Vissers等首次報道了CHD7基因在CHARGE綜合征發(fā)病中的重要作用。目前CHD7是CHARGE綜合征的主要致病基因，60％以上患者存在CHD7基因突變。其中無義突變占44％，移碼突變占34％，剪接位點突變占11％，錯義突變占8％，CHD7基因外顯子缺失或包含CHD7在內(nèi)的8ql2.1微缺失少于5％。由于大多數(shù)突變都會產(chǎn)生提前終止的截短蛋白，所以單倍劑量不足最有可能是其致病機制。人CHD7基因位于染色體8q12.1，基因組全長189kb，編碼的CHD7蛋白由2997個氨基酸構(gòu)成，相對分子質(zhì)量約340kD。CHARGE綜合征的典型畸形主要發(fā)生于胚胎發(fā)育的第4～9周，為視網(wǎng)膜發(fā)育、口咽膜破裂、心管形成、耳蝸形成的關(guān)鍵時期。胎兒胚胎發(fā)育早期，CHD7基因于神經(jīng)管、未分化的神經(jīng)上皮和神經(jīng)嵴起源的間質(zhì)中等多處組織器官中高度表達，之后只在眼、耳及嗅覺系統(tǒng)等處表達，這也是CHARGE綜合征常見的畸形部位。CHD7基因突變被認為是兒童半規(guī)管未發(fā)育的主要原因。

CHARGE綜合征的小鼠模型Whirligig小鼠(Chd7whi/+)，在CHD7的第11外顯子發(fā)生雜合無義變異，Chd7whi/+小鼠胚胎表現(xiàn)有心血管缺陷、腭裂和鼻后孔缺陷等；成年Chd7whi/+小鼠表現(xiàn)有明顯的轉(zhuǎn)圈行為，可觀察到體重顯著低于對照組，干性角膜結(jié)膜炎、外陰發(fā)育異常及陰蒂異常等。由于CHD7基因的突變種類多樣，每個位點變異后對蛋白的功能影響不同，患者的臨床表型會出現(xiàn)差異。目前尚未見關(guān)于CHD7基因c.6756-6757delAG突變信息的報道。該位點的檢測對于患者病因的明確具有重要的臨床意義。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于提供一種CHARGE綜合征致病基因CHD7突變檢測試劑盒。

為達到上述目的，本發(fā)明采用了以下技術(shù)方案：

一種用于檢測CHD7基因c.6756-6757delAG突變的試劑盒，該試劑盒包括用于擴增DNA片段的PCR反應(yīng)試劑，所述PCR反應(yīng)試劑包括PCR引物，該PCR引物擴增的目標片段包含人CHD7基因第31號外顯子NM_017780:c.6756-6757對應(yīng)的堿基。

優(yōu)選的，所述試劑盒還包括用于從待測個體中提取PCR擴增所需的模板DNA的試劑。

優(yōu)選的，所述試劑盒還包括用于對PCR擴增的目標片段進行測序的試劑。

優(yōu)選的，所述PCR引物選自引物對P1，引物對P1的序列為：