[發(fā)明專利]與豬肌內(nèi)脂肪含量性狀相關(guān)的分子標(biāo)記及其應(yīng)用

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• 申請?zhí)枺?/td>: 202010047313.8
• 申請日: 2020-01-16
• 公開（公告）號: CN111041110A
• 公開（公告）日: 2020-04-21
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 馬云龍;趙書紅;彭夏;楊翔;付川珂;張凱麗;李新云;劉向東;施亮;趙云翔;李家連
• 申請（專利權(quán)）人: 廣西揚(yáng)翔股份有限公司;華中農(nóng)業(yè)大學(xué)
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11;G16B20/00
• 代理公司: 廣西中知科創(chuàng)知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 45130
• 代理人: 牙斐穎

本發(fā)明涉及分子標(biāo)記技術(shù)領(lǐng)域，特別涉及與豬肌內(nèi)脂肪含量性狀相關(guān)的分子標(biāo)記及其應(yīng)用，具體涉及兩個(gè)分別位于USF1基因和IGSF8基因中與豬肌內(nèi)脂肪含量性狀相關(guān)的分子標(biāo)記以及位于豬4號染色體上兩段與該性狀相關(guān)的選擇信號區(qū)域及其應(yīng)用。通過應(yīng)對豬的DNA數(shù)據(jù)進(jìn)行基因分型，獲得SNP分型數(shù)據(jù)；基于F_ST和XPEHH選擇信號檢測方法，通過構(gòu)建梯度變化群體對，鑒別出兩段位于豬4號染色體上與肌內(nèi)脂肪含量性狀相關(guān)的選擇信號區(qū)域，篩選出兩個(gè)與該性狀相關(guān)的分子標(biāo)記，利用該標(biāo)記能針對豬的肌內(nèi)脂肪含量性狀開展標(biāo)記輔助選擇。

【技術(shù)領(lǐng)域】

本發(fā)明涉及豬分子標(biāo)記篩選技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及與豬肌內(nèi)脂肪含量性狀相關(guān)的分子標(biāo)記及其應(yīng)用。

【背景技術(shù)】

豬肉質(zhì)性狀是一項(xiàng)重要的經(jīng)濟(jì)性狀，一直是育種工作者關(guān)注的重點(diǎn)。肌內(nèi)脂肪含量作為重要的肉質(zhì)性狀，在很大程度上決定了豬肉的口感、風(fēng)味與品質(zhì)，具有重要的經(jīng)濟(jì)價(jià)值(Zhang et al.2019)。在長期追求瘦肉型豬的育種過程中，通過背膘厚性狀的選擇使得豬瘦肉率得到極大的提高，然而在商業(yè)豬品種中豬肉的口感、風(fēng)味與品質(zhì)均出現(xiàn)不同程度的降低。如何提高豬肉品質(zhì)，生產(chǎn)肌內(nèi)脂肪含量高、優(yōu)質(zhì)美味的豬肉是當(dāng)前市場的需求，也是育種工作的重要目標(biāo)。然而，肉質(zhì)性狀需要屠宰后測定，屬于難于度量的性狀范疇，在遺傳改良中具有較大的難度(Ma et al.2018)?，F(xiàn)階段主要的思路是：通過標(biāo)記輔助選擇或基因組選擇方法對肌內(nèi)脂肪含量等肉質(zhì)性狀進(jìn)行遺傳改良，但目前與豬肌內(nèi)脂肪含量性狀相關(guān)的分子標(biāo)記依然十分有限。

本發(fā)明利用F_ST(Weir et al.1984)和XPEHH(Sabtebi et al.2007)兩個(gè)群體間選擇信號的檢測方法，針對大白豬肌內(nèi)脂肪含量性狀，通過構(gòu)建3個(gè)表型梯度變化群體對，準(zhǔn)確定位出肌內(nèi)脂肪含量性狀特異的選擇信號關(guān)聯(lián)位點(diǎn)，確定潛在的性狀特異選擇信號候選區(qū)域，結(jié)合數(shù)據(jù)庫挖掘等生物信息分析手段準(zhǔn)確定位了位于4號染色體上兩個(gè)重要的SNP標(biāo)記與兩個(gè)基因片段與肌內(nèi)脂肪含量性狀密切相關(guān)。目前上述成果尚未見報(bào)道，因此該標(biāo)記的發(fā)現(xiàn)對于豬肉質(zhì)性狀的遺傳改良具有潛在的重要價(jià)值。

【發(fā)明內(nèi)容】

鑒于上述內(nèi)容，有必要提供與豬肌內(nèi)脂肪含量性狀相關(guān)的分子標(biāo)記及其應(yīng)用，該分子標(biāo)記能應(yīng)用于篩選肌內(nèi)脂肪含量高/低的豬，為豬的肌內(nèi)脂肪含量選擇和提高提供了新的分子標(biāo)記基礎(chǔ)。

為達(dá)到上述目的，本發(fā)明所采用的技術(shù)方案是：

與豬肌內(nèi)脂肪含量相關(guān)的分子遺傳標(biāo)記，，所述的分子遺傳標(biāo)記至少包括以下標(biāo)記之一：

標(biāo)記一：位于豬第4號染色體第89398587位核苷酸，該位點(diǎn)的堿基為G或A，對應(yīng)核苷酸序列表SEQ ID NO.1的第51位堿基；(rs55617884)

標(biāo)記二：位于豬第4號染色體第90378144位核苷酸，該位點(diǎn)的堿基為T或C，對應(yīng)核苷酸序列表SEQ ID NO.2的第51位堿基。(rs80782100)

進(jìn)一步的，所述豬第4號染色體的第89398587位堿基為G的純合體時(shí)，為GG型；所述豬第4號染色體的第89398587位堿基為A的純合體時(shí)，為AA型；所述豬第4號染色體的第89398587位堿基為G和A的雜合體時(shí)，為GA型；所述豬第4號染色體的第90378144位堿基為C的純合體時(shí)，為CC型；所述豬第4號染色體的第90378144位堿基為T的純合體時(shí)，為TT型；所述豬第4號染色體的第90378144位堿基為C和T的雜合體時(shí)，為TC型。

進(jìn)一步的，所述AA型基因的豬其肌內(nèi)脂肪含量高于GA型和GG型；所述TC型基因的豬其肌內(nèi)脂肪含量高于TT型和CC型。

用于擴(kuò)增所述分子遺傳標(biāo)記的引物或鑒定所述分子遺傳標(biāo)記的探針。

含有所述引物或探針的試劑盒。

本發(fā)明還包括所述分子遺傳標(biāo)記在高或低豬肌內(nèi)脂肪含量品種或品系選育中的用途。