[發明專利]與豬肌內脂肪含量性狀相關的分子標記及其應用

在審

• 申請號: 202010047313.8
• 申請日: 2020-01-16
• 公開（公告）號: CN111041110A
• 公開（公告）日: 2020-04-21
• 發明（設計）人: 馬云龍;趙書紅;彭夏;楊翔;付川珂;張凱麗;李新云;劉向東;施亮;趙云翔;李家連
• 申請（專利權）人: 廣西揚翔股份有限公司;華中農業大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11;G16B20/00
• 代理公司: 廣西中知科創知識產權代理有限公司 45130
• 代理人: 牙斐穎

1.與豬肌內脂肪含量相關的分子遺傳標記，其特征在于，所述的分子遺傳標記至少包括以下標記之一：

標記一：位于豬第4號染色體第89398587位核苷酸，該位點的堿基為G或A，對應核苷酸序列表SEQ ID NO.1的第51位堿基；

標記二：位于豬第4號染色體第90378144位核苷酸，該位點的堿基為T或C，對應核苷酸序列表SEQ ID NO.2的第51位堿基。

2.根據權利要求1所述與豬肌內脂肪含量相關的分子遺傳標記，其特征在于，所述豬第4號染色體的第89398587位堿基為G的純合體時，為GG型；所述豬第4號染色體的第89398587位堿基為A的純合體時，為AA型；所述豬第4號染色體的第89398587位堿基為G和A的雜合體時，為GA型；所述豬第4號染色體的第90378144位堿基為C的純合體時，為CC型；所述豬第4號染色體的第90378144位堿基為T的純合體時，為TT型；所述豬第4號染色體的第90378144位堿基為C和T的雜合體時，為TC型。

3.根據權利要求2所述與豬肌內脂肪含量相關的分子遺傳標記，其特征在于，所述AA型基因的豬其肌內脂肪含量高于GA型和GG型；所述TC型基因的豬其肌內脂肪含量高于TT型和CC型。

4.用于擴增權利要求1-3所述分子遺傳標記的引物或鑒定權利要求1所述分子遺傳標記的探針。

5.含有權利要求4所述引物或探針的試劑盒。

6.一種如權利要求1-3所述分子遺傳標記在高或低豬肌內脂肪含量品種或品系選育中的用途。

7.利用權利要求1-3所述分子標記在選育或輔助選豬肌內脂肪含量高/低豬的方法，其特征在于，所述方法為：提取目標豬個體的總DNA，檢測豬的第4號染色體的第89398587位核苷酸，判斷豬的基因型為GG型、GA型或AA型；檢測豬的第90378144位核苷酸，判斷豬的基因型為CC型、TC型或TT型；針對需求選擇不同基因型的豬。

8.一種獲取與豬肌內脂肪含量相關的分子遺傳標記的方法，其特征在于，所述方法為：屠宰實驗測定豬肌內脂肪含量，并構建3個表型梯度變化群體對；采用群體間選擇信號檢測方法F_ST和XPEHH分別檢測三對極端表型梯度變化的群體對的選擇信號特征；計算上述顯著選擇信號位點在3組梯度對中的SNP位點選擇信號梯度變化指數；表示為第1指數、第2指數；第1指數為最高差異梯度對計算統計量和中等差異梯度對計算統計量之差，第2指數為普通差異梯度對計算統計量和中等差異梯度對計算統計量之差，呈現統計量大小梯度遞增，即計算選擇位點梯度變化指數第1指數為正值、第2指數為負值的位點被定義為目標性狀關聯位點，具備選擇潛力。基于F_ST方法共檢測到位于SSC4上的4個符合上述條件的SNP分子標記位點；在3組極端表型差異梯度對中分別計算XPEHH統計量，分別對3組極端表型差異對中計算獲得的正負統計量進行秩排序，統計量位于前1％的值定義為選擇信號顯著位點，基于XPEHH方法共檢測到位于SSC4上的14個符合上述條件的SNP分子標記位點，將上述目標性狀關聯的SNP分子位點左右100kb的區域定義為目標性狀選擇信號候選區域，并將有重合的區域進行合并之后得到肌內脂肪含量性狀關聯的特異選擇信號區域。