[發(fā)明專利]一種帶編碼的凝膠微粒及其制備方法和應(yīng)用

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• 申請?zhí)枺?/td>: 202010047034.1
• 申請日: 2020-01-16
• 公開（公告）號: CN111172257A
• 公開（公告）日: 2020-05-19
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 翟繼先;肖麗丹;莫偉鵬;龍艷萍
• 申請（專利權(quán)）人: 南方科技大學(xué)
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;C12Q1/6806;B01L3/00
• 代理公司: 北京品源專利代理有限公司 11332
• 代理人: 鞏克棟

1.一種帶編碼的凝膠微粒，其特征在于，所述凝膠微粒連接有至少兩種接頭，所述接頭為核苷酸鏈，包括依次相連的配對區(qū)、條碼區(qū)和引物區(qū)；

所述配對區(qū)包括Acrydite修飾的測序引物；

所述配對區(qū)修飾有光敏感基團(tuán)。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的凝膠微粒，其特征在于，所述條碼區(qū)為預(yù)先編碼的堿基序列，所述條碼區(qū)的堿基個數(shù)為8-16個；

優(yōu)選地，所述引物區(qū)與轉(zhuǎn)座酶攜帶的核苷酸鏈互補(bǔ)配對；

優(yōu)選地，所述光敏感基團(tuán)的曝光波長為320-400nm，優(yōu)選為365nm；

優(yōu)選地，所述凝膠微粒的直徑為55-60μm。

3.一種如權(quán)利要求1或2所述的帶編碼的凝膠微粒的制備方法，其特征在于，所述制備方法包括如下步驟：

(1)制備修飾有連接Oligo的凝膠微粒，所述連接Oligo作為所述凝膠微粒接頭的配對區(qū)；

(2)將修飾有連接Oligo的凝膠微粒與第一輪編碼Oligo混合，退火雜交、延伸、變性，混合后除去游離的編碼Oligo；

(3)將步驟(2)所得的凝膠微粒與第二輪編碼Oligo再次混合，退火雜交、延伸、變性，混合后除去游離的編碼Oligo，得到所述帶編碼的凝膠微粒。

4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的制備方法，其特征在于，步驟(1)所述連接Oligo包括Acrydite修飾的測序引物，所述連接Oligo修飾有光敏感基團(tuán)；

優(yōu)選地，步驟(2)所述第一輪編碼Oligo包括96-384種；

優(yōu)選地，步驟(3)所述第二輪編碼Oligo包括96-384種；

優(yōu)選地，步驟(2)和步驟(3)所述編碼Oligo包括一區(qū)、二區(qū)和三區(qū)，所述一區(qū)與接頭的配對區(qū)互補(bǔ)配對，所述二區(qū)與接頭的條碼區(qū)互補(bǔ)配對，所述三區(qū)與接頭的引物區(qū)互補(bǔ)配對。

5.根據(jù)權(quán)利要求3或4所述的制備方法，其特征在于，步驟(1)所述修飾有連接Oligo的凝膠微粒的制備方法包括如下步驟：

將含有兩種連接Oligo的丙烯酰胺混合液和基底油-TEMED混合液分別加入凝膠微粒制備芯片中，得到修飾有連接Oligo的凝膠微粒；

優(yōu)選地，通過蠕動泵控制所述丙烯酰胺混合液和基底油-TEMED混合液在芯片流道中混合的流速；

優(yōu)選地，所述丙烯酰胺混合液的流速為200-500μL/h；

優(yōu)選地，所述基底油-TEMED混合液的流速為240-600μL/h。

6.根據(jù)權(quán)利要求3-5任一項所述的制備方法，其特征在于，步驟(2)和步驟(3)所述編碼Oligo的濃度為3-10μM；

優(yōu)選地，步驟(2)和步驟(3)所述退火雜交的溫度為58-62℃，優(yōu)選為60℃；

優(yōu)選地，步驟(2)和步驟(3)所述退火雜交的時間為15-25min；

優(yōu)選地，步驟(2)和步驟(3)所述退火雜交時使用的溶液中dNTP的濃度為1-3mM，優(yōu)選為2.5mM；

優(yōu)選地，步驟(2)和步驟(3)所述延伸使用的酶包括等溫擴(kuò)增酶；

優(yōu)選地，所述等溫擴(kuò)增酶包括Bst 2.0 DNA Polymerase；

優(yōu)選地，步驟(2)和步驟(3)所述延伸的溫度為58-62℃，優(yōu)選為60℃；

優(yōu)選地，步驟(2)和步驟(3)所述延伸的時間為1-2h；

優(yōu)選地，所述延伸完成后還包括加入終止緩沖液終止延伸的操作；

優(yōu)選地，加入所述終止緩沖液后還包括加入變性緩沖液和中性緩沖液洗滌的操作。