[發明專利]非診斷治療目的的多個腫瘤相關基因的檢測方法

有效

• 申請號: 202010031664.X
• 申請日: 2018-12-24
• 公開（公告）號: CN111187810B
• 公開（公告）日: 2020-09-29
• 發明（設計）人: 許明炎;陳實富;張曉妮;屈宏越
• 申請（專利權）人: 深圳市海普洛斯生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;C12Q1/6886;C12Q1/6806
• 代理公司: 深圳舍穆專利代理事務所(特殊普通合伙) 44398
• 代理人: 黃賢炬

本發明提供了一種非診斷治療目的的多個腫瘤相關基因的檢測方法，其包括(a)從樣本中提取DNA；基于步驟(a)的DNA構建DNA文庫；將所述DNA文庫與特制的探針庫進行雜交，并對雜交后的文庫進行純化，特質的探針庫至少包括針對與化療藥物相關的單核苷酸多態鏈所在的基因、靶向藥物相關基因、用于免疫治療的微衛星穩定性相關的基因和病毒基因所設計的多條捕獲探針；(d)將步驟(c)所獲得的DNA結果進行測序，檢測基因變異。在本發明中，多基因富集的探針庫可以一次性富集并檢測到多種癌癥相關基因，并提供相關的生物學信息，為多種癌種患者提供包括化療、靶向治療和免疫治療在內的多種臨床治療病程管理方案的參考。

技術領域

本發明屬于基因檢測領域，特別涉及非診斷治療目的的多種腫瘤相關的多個基因的檢測方法。

背景技術

腫瘤是嚴重危害人類健康的疾病之一，是導致人類死亡的最主要原因之一。在中國，1/4的死亡者死于腫瘤，居死亡原因之首。根據2017年2月，國家癌癥中心發布的中國最新癌癥數據顯示，2013年我國新發病例368萬例，占世界癌癥新發病例的1/4，發病率186/10萬人，死亡率109/10萬人。

選擇正確的治療方式和藥物對于腫瘤的治療十分關鍵。美國國立綜合癌癥網絡（National Comprehensive Cancer Network, NCCN）每年都會發布各種惡性腫瘤臨床實踐指南，得到了全球臨床醫師的認可和遵循。癌癥的治療手段主要包括手術、放療、化療、中醫中藥治療等傳統治療手段，以及靶向治療、免疫治療等最新的治療手段。靶向治療，是在細胞分子水平上，針對已經明確的致癌位點（該位點可以是腫瘤細胞內部的一個蛋白分子，也可以是一個基因片段），來設計相應的治療藥物，藥物進入體內特異性地與致癌位點相結合發生作用，使腫瘤細胞特異性死亡，而不會波及腫瘤周圍的正常組織細胞。免疫治療（immunotherapy）是指針對機體低下或亢進的免疫狀態，人為地增強或抑制機體的免疫功能以達到治療疾病目的的治療方法。無論是靶向治療還是免疫治療，治療方案的選擇和預后，都與腫瘤患者基因變異的情況有顯著關聯。如NCCN發布的2018年第1版結腸癌治療指南指出，患者具有已知的KRAS突變（外顯子2, 3, 4）或NRAS突變（外顯子2, 3, 4）對西妥昔單抗和帕尼單抗無效。免疫治療藥物Keytruda（帕姆單抗）可以用于治療具有微衛星不穩定性高（MSI-H）或錯配修復缺陷（dMMR）的不可切除或轉移性實體瘤的成人和兒童患者，是美國食品和藥物管理局（FDA）批準的首款不依照腫瘤來源，而是依照生物標志物進行區分的抗腫瘤療法。除了靶向治療和免疫治療等最新的腫瘤治療手段，腫瘤患者基因變異的情況同樣影響化療的治療效果。通過癌癥患者單核苷酸多態性（Single NucleotidePolymorphisms, SNP）的狀態對于判斷化療藥物的效果及毒副反應的程度具有一定的參考價值，如ERCC1基因中的SNP，C/C基因型患者對鉑類化療敏感性高于C/T或T/T型。因此，檢測腫瘤患者基因變異情況有利于實現腫瘤精準治療。

二代測序（Next-generation sequencing，NGS），也稱為高通量測序，可以一次對幾十萬到幾百萬條核酸分子進行序列測定，可同步獲得腫瘤患者個體樣本中全部序列信息。利用二代測序技術可以更快捷、準確的了解腫瘤患者分子層面上基因變異的情況，從而進行精準治療。隨著精準治療在腫瘤治療中顯示的優勢，開發基于二代測序技術的用于泛癌種臨床治療指導的多基因富集和檢測方法顯得尤為重要。該方法可以通過一次檢測，判斷患者的基因變異情況，提供相關的生物學信息，為多種癌種患者提供包括化療、靶向治療和免疫治療在內的多種臨床治療病程管理方案的參考，最大化提高治療效果，延長患者生存期，提高患者生活質量。

發明內容

本公開有鑒于上述現有技術的狀況而完成，其目的在于提供一種多基因富集探針庫及其應用，利用此探針庫可以僅通過一次檢測，評估多種病程管理方案，為多種癌種患者提供臨床治療的指導。