[發(fā)明專利]用于臨床癌癥評(píng)估的SRM和DIA測(cè)定法

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202010024974.9
• 申請(qǐng)日: 2020-01-10
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN111435130A
• 公開(kāi)（公告）日: 2020-07-21
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 托德·A·哈姆布拉夫;法比奧拉·切基;K·M·斯科特
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 南坦生物組學(xué)有限責(zé)任公司
• 主分類號(hào): G01N30/06
• 分類號(hào): G01N30/06;G01N30/72;G01N30/88
• 代理公司: 北京潤(rùn)平知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11283
• 代理人: 喬雪微;劉依云

本發(fā)明提供了定量福爾馬林固定組織/細(xì)胞的生物樣品中的CBL、FPGS、HSP90A、HSP90B、INSR、MCL1和/或TrkA蛋白的方法。定量可以通過(guò)使用質(zhì)譜測(cè)定法定量蛋白質(zhì)消化物中來(lái)源于蛋白質(zhì)的一種或多種片段肽的含量來(lái)進(jìn)行。

相關(guān)專利申請(qǐng)的交叉引用

本專利申請(qǐng)要求在2019年1月11日提交的美國(guó)臨時(shí)專利申請(qǐng)第62/791,495號(hào)的權(quán)益，其全部?jī)?nèi)容通過(guò)引用并入本文。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明提供了定量福爾馬林固定組織/細(xì)胞的生物樣品中的CBL、FPGS、HSP90A、HSP90B、INSR、MCL1和/或TrkA蛋白的方法。定量可以通過(guò)使用質(zhì)譜測(cè)定法定量蛋白質(zhì)消化物中來(lái)源于蛋白質(zhì)的一種或多種片段肽的含量來(lái)進(jìn)行。

背景技術(shù)

通過(guò)定量從每個(gè)全長(zhǎng)蛋白的子序列源的特定肽，測(cè)定患者腫瘤組織中選自CBL、FPGS、HSP90A、HSP90B、INSR、MCL1和TrkA的一種或多種蛋白的蛋白表達(dá)水平。使用基于質(zhì)譜的選擇反應(yīng)監(jiān)測(cè)(SRM)(也稱為多重反應(yīng)監(jiān)測(cè)(MRM)(本發(fā)明稱為SRM測(cè)定))或通過(guò)數(shù)據(jù)無(wú)關(guān)采集(Data Independent Acquisition)(DIA)檢測(cè)每種肽。SRM測(cè)定用于直接在獲自癌癥患者組織的細(xì)胞中，例如福爾馬林固定的癌癥組織中檢測(cè)特定片段肽的存在并定量測(cè)量其含量。

用于開(kāi)發(fā)單個(gè)蛋白質(zhì)的單一SRM/MRM測(cè)定的候選肽理論上可以是由完全蛋白酶消化，例如用胰蛋白酶消化完整全長(zhǎng)蛋白質(zhì)而產(chǎn)生的任何單個(gè)肽。然而，令人驚訝的是，許多肽不適合用于任何給定蛋白質(zhì)的可靠檢測(cè)和定量——實(shí)際上，對(duì)于一些蛋白質(zhì)，尚未發(fā)現(xiàn)合適的肽。因此，不可能預(yù)測(cè)對(duì)于給定的蛋白質(zhì)，哪個(gè)肽是通過(guò)SRM/MRM測(cè)定最有利的，因此必須憑經(jīng)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)和確定關(guān)于每種肽的具體定義的測(cè)定特征。當(dāng)鑒定用于在蛋白質(zhì)裂解物如來(lái)自福爾馬林固定的石蠟包埋的組織的液體裂解物中分析的最佳SRM/MRM肽時(shí)，尤其如此。本發(fā)明所述的SRM/MRM測(cè)定對(duì)每種蛋白質(zhì)指定一種或多種蛋白酶消化的肽(胰蛋白酶消化的肽)，由此發(fā)現(xiàn)每種肽是SRM/MRM測(cè)定的有利肽，特別是從福爾馬林固定的患者組織制備的肽。所述肽還可用于數(shù)據(jù)無(wú)關(guān)采集(DIA)分析，以相對(duì)定量檢測(cè)表達(dá)。

定量是相對(duì)的或絕對(duì)的。當(dāng)需要絕對(duì)定量時(shí)，將每種肽的測(cè)量水平與已知量的具有與測(cè)量的肽相同的氨基酸序列的標(biāo)記的參照肽進(jìn)行比較。所述肽對(duì)于特定蛋白質(zhì)是獨(dú)特的，因此一個(gè)肽分子來(lái)源于一個(gè)蛋白質(zhì)分子，因此肽的定量水平允許定量肽所來(lái)源于的完整蛋白質(zhì)。蛋白質(zhì)表達(dá)的測(cè)量可以用于癌癥的診斷、癌癥的分期、癌癥進(jìn)展的預(yù)后、預(yù)測(cè)對(duì)各種癌癥治療和療法的臨床反應(yīng)的可能性等。

發(fā)明內(nèi)容

提供了SRM/MRM和DIA測(cè)定，其可用于檢測(cè)和定量直接從癌癥患者腫瘤組織制備的蛋白質(zhì)組裂解物中特定蛋白質(zhì)的水平。這些蛋白質(zhì)可用于通知癌癥治療的選擇并作為治療方案的一部分。本發(fā)明所述的SRM/MRM和DIA測(cè)定可用于直接在患者腫瘤組織中開(kāi)發(fā)腫瘤細(xì)胞的個(gè)性化分子譜。一旦確定了這些蛋白質(zhì)的表達(dá)狀態(tài)，就可以給患者施用特定的治療劑，由此這些試劑可以與通過(guò)本發(fā)明所述的測(cè)定檢測(cè)和測(cè)量的蛋白質(zhì)相互作用，并且抑制或增強(qiáng)這些蛋白質(zhì)殺傷腫瘤細(xì)胞的功能。此外，可將誘導(dǎo)癌癥患者自身免疫系統(tǒng)以殺死患者自身腫瘤細(xì)胞的治療劑作為該治療方案的一部分施用給癌癥患者。特異性靶向腫瘤相關(guān)蛋白的治療劑和免疫系統(tǒng)導(dǎo)向的治療劑都可以直接與癌癥患者的分子譜匹配，如通過(guò)本發(fā)明所述確定的，提供了靶向和基于免疫的癌癥治療的個(gè)性化策略。

提供了直接在患者組織中檢測(cè)和/或定量來(lái)自一種或多種蛋白質(zhì)的特定片段肽的方法。所述一種或多種蛋白質(zhì)選自CBL、FPGS、HSP90A、HSP90B、INSR、MCL1和TrkA。提供了改進(jìn)的治療方法，其中向獲得生物樣品的患者或受試者施用治療有效量的癌癥治療劑，其中癌癥治療劑和/或癌癥治療劑的施用量基于一種或多種蛋白質(zhì)的任何一種或多種(多重)片段肽的檢測(cè)和/或含量，其中癌癥治療劑是免疫調(diào)節(jié)癌癥治療劑，其功能是啟動(dòng)、增強(qiáng)、操縱和/或以其他方式調(diào)節(jié)患者對(duì)攻擊和殺死患者中腫瘤細(xì)胞的免疫應(yīng)答。片段肽可以是，例如，SEQ ID NO1-7所示的肽。