[發明專利]一種快速檢測綿羊LRRFIP1基因CNV標記的方法及其應用

有效

• 申請號: 202010006026.2
• 申請日: 2020-01-03
• 公開（公告）號: CN110964838B
• 公開（公告）日: 2022-07-22
• 發明（設計）人: 黃永震;文逸凡;蔡雯雯;劉賢;張子敬;于翔;賀花;王獻偉;李志明;呂世杰;施巧婷;胡沈榮;陳宏
• 申請（專利權）人: 西北農林科技大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/686;C12N15/11
• 代理公司: 西安通大專利代理有限責任公司 61200
• 代理人: 范巍

本發明公開了一種快速檢測綿羊LRRFIP1基因CNV標記的方法及其應用：基于實時熒光定量PCR技術，以綿羊血樣全基因組DNA為模板，利用一對特異引物擴增綿羊LRRFIP1基因的拷貝數變異區域的部分片段，利用另外一對特異性引物擴增綿羊ANKRD1基因部分片段作為對照，然后利用2*2^?ΔCt的方法計算并判定個體的拷貝數變異類型，基于綿羊LRRFIP1基因拷貝數變異與生長性狀之間的關聯，本發明提供的方法可用于快速建立茶卡羊等地方綿羊品種的遺傳資源優勢種群，有利于加快茶卡羊等的分子標記輔助選擇育種工作，該方法簡單、快速，便于推廣應用。

技術領域

本發明屬于分子遺傳育種領域，具體涉及一種檢測綿羊LRRFIP1基因拷貝數變異的方法，該方法利用實時定量PCR技術，以基因組DNA為模板，以ANKRD1基因為參照，根據2*2^-ΔCt值從而確定個體的拷貝數變異類型。

背景技術

DNA分子標記(DNAmolecular marker)是反映個體和種群間基因組特異性的DNA片段。分子標記包括限制性片段長度多態性標記(Restriction Fragment LengthPolymorphism，RFLP)、隨機擴增基因組DNA多態性標記(Random Amplified PolymorphicDNA，RAPD、擴增片段長度多態性標記(Amplified Fragment Length Polymorphism，AFLP)、微衛星DNA(Microsatellite，MS)、單核苷酸多態性標記(Single NucleotidePolymorphisms，SNP)、插入/缺失多態性(Indels)等。而拷貝數變異(CNVs)是指長度為1kb至數Mb的有關DNA片段拷貝數突變，包括DNA單一片段的擴增、缺失、插入、倒置等，也包括復雜的染色體擴增、缺失和插入的各種組合，由于CNVs比SNPs和Indels覆蓋范圍更廣，因此，遺傳效應更大，可用作分子育種標記。

富亮氨酸重復序列(Fli-1)相互作用蛋白-1(leucine-rich repeat(inflightless I)interacting protein-1,LRRFIP1)蛋白是一種轉錄抑制因子，能夠作為Toll樣受體(Toll-like receptor，TLR)信號通路的一個調節器發揮重要的作用，參與調節炎癥反應。LRRFIP1基因還參與調節肥胖患者血漿CRP、IL-6表達水平，但相關變異在家畜中的影響還未見報道。

發明內容

本發明的目的在于提供一種快速檢測綿羊LRRFIP1基因CNV標記的方法及其應用。

為達到上述目的，本發明采用了以下技術方案：

一種檢測綿羊LRRFIP1基因拷貝數變異的方法，包括以下步驟：以待測綿羊(例如，茶卡羊等地方綿羊品種)個體血樣全基因組DNA為模板，以引物對P1及引物對P2為引物，分別通過實時熒光定量PCR擴增LRRFIP1基因的拷貝數變異區域及作為內參的ANKRD1基因的部分片段，然后根據定量結果鑒定待測綿羊個體LRRFIP1基因的拷貝數變異類型。

優選的，所述的LRRFIP1基因的拷貝數變異區域位于綿羊LRRFIP1基因參考基因組序列NC_019458.2的3239601位至3242400位，共2800bp。

優選的，所述的拷貝數變異類型是根據2*2^-ΔCt將定量結果分為的三類：多拷貝型，2*2^-ΔCt2；缺失型，2*2^-ΔCt2；正常型，2*2^-ΔCt＝2。

優選的，所述的引物對P1為：

上游引物F1：5’-CGCTGAGCTGTCCCAATACA-3’

下游引物R1：5’-GGGAAAGACTCCCTGTAAACACT-3’；

所述的引物對P2為：