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[發明專利]一種快速檢測綿羊LRRFIP1基因CNV標記的方法及其應用有效

專利信息
申請號: 202010006026.2 申請日: 2020-01-03
公開(公告)號: CN110964838B 公開(公告)日: 2022-07-22
發明(設計)人: 黃永震;文逸凡;蔡雯雯;劉賢;張子敬;于翔;賀花;王獻偉;李志明;呂世杰;施巧婷;胡沈榮;陳宏 申請(專利權)人: 西北農林科技大學
主分類號: C12Q1/6888 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/686;C12N15/11
代理公司: 西安通大專利代理有限責任公司 61200 代理人: 范巍
地址: 712100 陜*** 國省代碼: 陜西;61
權利要求書: 查看更多 說明書: 查看更多
摘要:
搜索關鍵詞: 一種 快速 檢測 綿羊 lrrfip1 基因 cnv 標記 方法 及其 應用
【權利要求書】:

1.一種檢測綿羊LRRFIP1基因拷貝數變異的方法在綿羊分子標記輔助選擇育種中的應用,其特征在于:檢測綿羊LRRFIP1基因拷貝數變異的方法,包括以下步驟:

以綿羊基因組DNA為模板,以引物對P1和P2為引物,分別通過實時熒光定量PCR擴增LRRFIP1基因的拷貝數變異區域和作為內參的ANKRD1基因的部分片段,然后根據定量結果鑒定綿羊LRRFIP1基因的拷貝數變異類型;所述綿羊為茶卡羊;

所述的LRRFIP1基因的拷貝數變異區域位于綿羊LRRFIP1基因參考基因組序列NC_019458.2的3239601bp至3242400bp;

所述的拷貝數變異類型是根據2*2-ΔCt將定量結果分為的三類:多拷貝型,2*2-ΔCt 2;缺失型,2*2-ΔCt 2;正常型,2*2-?Ct =2;

所述的引物對P1為:

上游引物F1:5’- CGCTGAGCTGTCCCAATACA -3’

下游引物R1:5’- GGGAAAGACTCCCTGTAAACACT-3’ ;

所述的引物對P2為:

上游引物F2:5’- TGGGCACCACGAAATTCTCA -3’

下游引物R2:5’-TGGCAGAAATGTGCGAACG -3’ ;

具有多拷貝型拷貝數變異類型的個體在胸圍和體重上優于具有正常型和缺失型拷貝數變異類型的個體。

2.如權利要求1所述的應用,其特征在于:所述的實時熒光定量PCR的擴增體系包括:10ng/μL模板DNA 1 μL及10 pmol/L的引物對P1或引物對P2所對應的上、下游引物各0.5 μL。

3.如權利要求1所述的應用,其特征在于:所述的實時熒光定量PCR的反應程序為: 95℃預變性10 min; 95℃變性15 s,60℃退火1min,共40個循環。

4.如權利要求1所述的應用,其特征在于:基于引物對P1擴增的PCR產物片段大小為127bp,基于引物對P2擴增的PCR產物片段大小為143 bp。

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