[發明專利]快速非整倍性檢測

在審

• 申請號: 202010003298.7
• 申請日: 2013-03-22
• 公開（公告）號: CN111073962A
• 公開（公告）日: 2020-04-28
• 發明（設計）人: B·沃戈爾斯滕;K·W·金澤勒;N·派帕多普勒斯;伊薩克·金德
• 申請（專利權）人: 約翰霍普金斯大學
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;C12Q1/6811;C12Q1/6883
• 代理公司: 北京安信方達知識產權代理有限公司 11262
• 代理人: 李敏春;鄭霞

1.一種檢測人類非整倍性的方法，所述方法包括：

將來自人類的DNA樣品中的多個染色體序列用與所述染色體序列互補的單引物對擴增以形成多個擴增子，其中所述多個擴增子不相同，并且其中所述多個擴增子包括查詢染色體上的序列和多個參考染色體上的序列；

進行反應以確定所述多個擴增子的至少3nt的核苷酸序列；

經電腦模擬，將擴增子核苷酸序列與基因組基因座上的基因組序列匹配；

計數個體基因組基因座上匹配的擴增子數目；

比較匹配到所述查詢染色體上的基因組基因座的擴增子數目與匹配到所述參考染色體上的基因組基因座的擴增子數目。

2.如權利要求1所述的方法，其中所述擴增子是180個堿基對或更少。

3.如權利要求1或2所述的方法，其中所述引物對包括第一引物和第二引物，其中所述第一引物包含SEQ ID NO：1且所述第二引物包含SEQ ID NO：2。

4.如權利要求1至3中任一項所述的方法，其中所述DNA樣品來自血漿或血清。

5.一種檢測人類DNA拷貝數變化的方法，包括：

將來自人類的DNA樣品中的多個染色體序列用與所述染色體序列互補的單引物對擴增以形成多個擴增子，其中所述多個擴增子不相同，并且其中所述多個擴增子包括查詢染色體區域中的序列和多個參考染色體區域中的序列；

進行反應以確定所述多個擴增子的至少3nt的核苷酸序列；

經電腦模擬，將擴增子的核苷酸序列與基因組基因座上的基因組序列匹配；

計數個體基因組基因座上匹配的擴增子數目；

比較匹配到所述查詢染色體區域中的基因組基因座的擴增子數目與匹配到所述參考染色體區域中的基因組基因座的擴增子數目。

6.如權利要求5所述的方法，其中所述擴增子是180個堿基對或更少。

7.如權利要求5或6所述的方法，其中所述引物對包括第一引物和第二引物，其中所述第一引物包含SEQ ID NO：1且所述第二引物包含SEQ ID NO：2。

8.如權利要求1至7中任一項所述的方法，其中所述查詢染色體區域與所述參考染色體區域是細胞核的。

9.對于分析人類非整倍性是有用的引物對，其中第一引物包含SEQ ID NO：1且第二引物包含SEQ ID NO：2。

10.一種選擇用于檢測人類非整倍性的引物的方法，包括：

鑒定與多個染色體區段對互補的一引物對，所述多個染色體區段對在人類基因組中被3至10,000nt的間插序列間隔，其中所述間插序列分布在至少三條人類染色體上；和

擴增所述染色體區段對及其間插序列以形成擴增子分子的群體，所述擴增子分子在群體中的代表性反映染色體區段及其間插序列在人類基因組中的代表性。