[發明專利]使用神經網絡調用倍性狀態的方法和系統

在審

• 申請號: 201980047284.0
• 申請日: 2019-07-16
• 公開（公告）號: CN112639982A
• 公開（公告）日: 2021-04-09
• 發明（設計）人: 阿古斯特·埃吉爾松;喬治·格梅洛斯;斯蒂米爾·西于爾永松
• 申請（專利權）人: 納特拉公司
• 主分類號: G16B20/10
• 分類號: G16B20/10;G16B20/20
• 代理公司: 廣州文冠倪律知識產權代理事務所(普通合伙) 44348
• 代理人: 何錦標;楊婭莉

1.一種用于檢測胎兒染色體的倍性狀態的方法，包含：

從孕婦的生物樣本中分離無細胞DNA，所述生物樣本包含胎兒來源的無細胞DNA與母體來源的無細胞DNA的混合物；

從所分離的無細胞DNA擴增多個單核苷酸變體(SNV)基因座；

對所述擴增產物進行測序，以確定所述多個SNV基因座的基因測序數據或基因陣列數據；以及

通過經由神經網絡傳播所述多個SNV基因座的所述測序數據或所述基因陣列數據來調用所述胎兒染色體的倍性狀態。

2.一種用于癌癥早期檢測的方法，包含：

從疑似患有癌癥的受試者的生物樣本中分離無細胞DNA，所述生物樣本包含腫瘤來源的無細胞DNA與正常組織來源的無細胞DNA的混合物；

從所分離的無細胞DNA擴增多個單核苷酸變體(SNV)基因座；

對所述擴增產物進行測序，以確定所述多個SNV基因座的基因測序數據或基因陣列數據；以及

通過經由神經網絡傳播所述多個SNV基因座的所述測序數據或所述基因陣列數據來調用所述受試者的癌癥狀態。

3.一種用于檢測癌癥復發或轉移的方法，包含：

從癌癥患者的生物樣本中分離無細胞DNA，所述生物樣本包含腫瘤來源的無細胞DNA與正常組織來源的無細胞DNA的混合物；

從所分離的無細胞DNA擴增多個單核苷酸變體(SNV)基因座；

對所述擴增產物進行測序，以確定所述多個SNV基因座的基因測序數據或基因陣列數據；以及

通過經由神經網絡傳播所述多個SNV基因座的所述測序數據或所述基因陣列數據來調用所述受試者的癌癥狀態。

4.一種用于檢測移植排斥的方法，包含：

從移植受者的生物樣本中分離無細胞DNA，所述生物樣本包含供者來源的無細胞DNA與受者來源的無細胞DNA的混合物；

從所分離的無細胞DNA擴增多個單核苷酸變體(SNV)基因座；

對所述擴增產物進行測序，以確定所述多個SNV基因座的基因測序數據或基因陣列數據；以及

通過經由神經傳播所述多個SNV基因座的所述測序數據或所述基因陣列數據來調用所述移植受者的移植排斥狀態。

5.根據權利要求1至4中任一項所述的方法，其中所述神經網絡包含用于調用相應狀態值的一個或多個層，并且所述神經網絡至少部分地由多個權重定義。

6.根據權利要求1至4中任一項所述的方法，其中所述神經網絡通過以下方式獲得：

針對訓練樣本確定多個基因位置的基因測序數據或基因陣列數據；

基于所述基因測序數據或所述基因陣列數據，確定多個基因片段的相應真實性狀態值，每個基因片段各自包含所述多個基因位置中的至少一些；

確定包含用于調用相應狀態值的一個或多個層的神經網絡，所述神經網絡至少部分地由多個權重定義；

迭代地修改所述神經網絡直到滿足退出條件為止，所述修改包含：

確定包含多個例子的一批數據，每個例子對應于所述多個基因片段中的相應基因片段并且包含指示所述相應基因片段中的一個或多個位置的等位基因頻率的數據；

基于所述批的所述多個例子中的一個或多個來生成合成例子，并且將所述合成例子包括在所述批中以生成擴充的一批；

基于所述合成例子來擴充所述真實性狀態值；

經由所述神經網絡傳播所述批數據，以生成包含每個例子的一個或多個相應狀態值的網絡輸出；以及

基于所述網絡輸出來修改所述多個權重中的一個或多個。

7.根據權利要求1至4中任一項所述的方法，其中所述多個SNV基因座包含至少10、或至少20、或至少50、或至少100、或至少200、或至少500、或至少1,000個、或至少2,000、或至少5,000、或至少10,000個SNV基因座。