[發明專利]化學平臺輔助鄰近捕獲（CAP-C）

在審

• 申請號: 201980040272.5
• 申請日: 2019-05-08
• 公開（公告）號: CN112384524A
• 公開（公告）日: 2021-02-19
• 發明（設計）人: 何川;游乾承
• 申請（專利權）人: 芝加哥大學
• 主分類號: C07H21/04
• 分類號: C07H21/04;C12N15/00
• 代理公司: 北京柏杉松知識產權代理事務所(普通合伙) 11413
• 代理人: 王春偉;劉繼富

某些實施方案涉及用于捕獲物理鄰近元件的組合物和方法。在某些方面，所述方法包括(a)使靶標與包含可活化的交聯部分的官能化支架或捕獲劑接觸以形成靶標/支架混合物；(b)將靶標/支架混合物暴露于活化因子以活化樹狀高分子的交聯部分并形成交聯的靶標/支架復合物；(c)分離靶標/支架復合物；和(d)識別與支架交聯的靶標的部分。

相關申請的交叉引用

本申請要求享有2018年5月8日提交的美國臨時專利申請第62/668543 號和2018年5月9日提交的美國臨時專利申請第62/668994號的優先權，其全部內容通過引用整體并入本文。

關于聯邦政府資助研究的聲明

本發明是在美國國立衛生研究院授權的R35GM124998、U54CA193419和P01NS097206的政府支持下完成的。政府擁有本發明的一定權利。

背景技術

A.技術領域

本發明總體上涉及生物化學和分子生物學領域。特別地，該組合物和方法涉及用于捕獲在相同物理鄰近度中的各種分子的全部或部分的方法和組合物 (鄰近捕獲)。

B.背景技術

染色質是通過當前捕獲方法所靶向的生物復合物的一個實例。在真核生物中，DNA以緊密無節的染色體形式存在于細胞核中。染色體在細胞核中的組織方式可能影響轉錄、DNA復制和其他核過程(Sexton等人，Cell 160：1049-59， 2015；Pombo and Dillon，Nat.Rev.Mol.Cell Biol.16：245-57，2015)。染色體構象捕獲(3C)方法(例如3C及其高通量派生法(Hi-C))(Dekker等人，Science 295， 1306-11，2002；Zhao等人，Nat.Genet.38，1341-47，2006；Dostie等人，Genome research 16，1299-1309，2006；Lieberman-Aiden等人，Science 326，289-93，2009) 已被廣泛用于研究不同物種和細胞類型中的染色質組織。這些方法及其變體采用甲醛介導的交聯，然后進行原位酶消化和鄰近連接，以推斷基因組基因座之間的空間關系。它們有助于闡明染色質折疊的原理。使用這些技術的研究已證實存在多層基因組組織，例如染色體區域、區室(Lieberman-Aiden等人，Science 326，289-93，2009)、拓撲關聯結構域(TAD)(Dixon等人，Nature 485，376-80， 2012)、亞TAD(Phillips-Cremins等人，Cell 153，1281-95，2013)、絕緣區(Dowen 等人，Cell 159，374-87，2014)和染色質環(Rao等人，Cell 159，1665-80，2014)。