[發明專利]選擇和監測治療功效的指示物噬菌體及其使用方法

在審

• 申請號: 201980028152.3
• 申請日: 2019-04-24
• 公開（公告）號: CN112313337A
• 公開（公告）日: 2021-02-02
• 發明（設計）人: J·S·吉爾;S·埃里克森;M·M·B·恩古彥;D·L·安德森
• 申請（專利權）人: 美國控股實驗室公司
• 主分類號: C12N15/65
• 分類號: C12N15/65;C12N15/75;C12N7/00;C12Q1/14;C12Q1/70;A61K35/76
• 代理公司: 中國貿促會專利商標事務所有限公司 11038
• 代理人: 李程達

1.一種重組噬菌體，其包含插入到噬菌體基因組的晚期基因區域中的指示基因。

2.權利要求1所述的重組噬菌體，其中所述重組噬菌體特異性感染葡萄球菌屬(Staphylococcus)。

3.權利要求2所述的重組噬菌體，其中所述葡萄球菌屬是金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)。

4.權利要求3所述的重組噬菌體，其中所述金黃色葡萄球菌是耐甲氧西林的。

5.權利要求1所述的重組噬菌體，其中所述指示基因是密碼子優化的并且編碼產生內在信號的可溶性蛋白質產物或在與底物反應時產生信號的可溶性酶。

6.權利要求5所述的重組噬菌體，其進一步包含在密碼子優化的指示基因上游的非翻譯區，其中所述非翻譯區包含噬菌體晚期基因啟動子和核糖體進入位點。

7.一種混合物組合物，其包含至少兩種不同類型的重組噬菌體，其中所述重組噬菌體中的至少一種包含根據權利要求1所述的指示基因。

8.一種制備重組指示物噬菌體的方法，其包括：

選擇特異性感染靶病原菌的野生型噬菌體；

制備包含指示基因的同源重組質粒/載體；

將所述同源重組質粒/載體轉化到靶病原菌；

用選擇的野生型噬菌體感染轉化的靶病原菌，從而使所述質粒/載體和所述噬菌體基因組之間發生同源重組；和

分離重組噬菌體的特定克隆。

9.權利要求8所述的方法，其中制備同源重組質粒/載體包括：

確定選擇的噬菌體的基因組的晚期區域中的天然核苷酸序列；

注釋所述基因組并鑒定所述選擇的噬菌體的主要衣殼蛋白基因；

設計用于所述主要衣殼蛋白基因下游的同源重組的序列，其中所述序列包含密碼子優化的指示基因；和

將設計用于同源重組的所述序列摻入質粒/載體中。

10.權利要求9所述的方法，其中設計序列進一步包括在所述密碼子優化的指示基因的上游插入非翻譯區，所述非翻譯區包含噬菌體晚期基因啟動子和核糖體進入位點。

11.權利要求8所述的方法，其中所述同源重組質粒包含在所述密碼子優化的指示基因上游的非翻譯區，所述非翻譯區包含噬菌體晚期基因啟動子和核糖體進入位點。

12.權利要求8所述的方法，其中所述野生型噬菌體是葡萄球菌屬特異性噬菌體并且所述靶病原菌是葡萄球菌屬。

13.權利要求12所述的方法，其中所述葡萄球菌屬是金黃色葡萄球菌。

14.權利要求13所述的方法，其中所述金黃色葡萄球菌是耐甲氧西林的(MRSA)。

15.權利要求8所述的方法，其中分離重組噬菌體的特定克隆包括用于分離證明指示基因表達的克隆的有限稀釋測定法。

16.一種用于檢測樣品中的葡萄球菌屬的方法，其包括：

將所述樣品與衍生自葡萄球菌屬特異性噬菌體的重組噬菌體孵育，所述重組噬菌體包含插入到噬菌體基因組的晚期基因區域中的指示基因；和

檢測由所述重組噬菌體產生的指示蛋白產物，其中所述指示蛋白產物的陽性檢測指示葡萄球菌屬存在于所述樣品中。

17.權利要求16所述的方法，其中所述葡萄球菌屬是金黃色葡萄球菌。

18.權利要求17所述的方法，其中所述金黃色葡萄球菌是耐甲氧西林的。