[發(fā)明專利]肝細胞癌篩查

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201980014687.5
• 申請日: 2019-07-26
• 公開（公告）號: CN111742063A
• 公開（公告）日: 2020-10-02
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 張鋒;茅矛
• 申請（專利權(quán)）人: 思勤有限公司;深圳思勤醫(yī)療科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6813;C12Q1/6869
• 代理公司: 北京清亦華知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11201
• 代理人: 宋融冰

1.一種檢測受試者基因組中乙型肝炎病毒(HBV)病毒性DNA的整合位點的方法，所述方法包括：

從所述受試者收集核酸樣品；

通過將所述核酸樣品與HBV病毒性DNA探針雜交來富集所述樣品中包含HBV病毒性DNA序列的核酸；

對富集的核酸進行測序，從而獲得多個測序讀長；

將所述測序讀長比對到人類基因組和HBV基因組；和

檢測受試者基因組中HBV病毒性DNA的整合位點。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述核酸樣品來源于所述受試者的全血或血漿。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述核酸樣品來源于包含一個或多個腫瘤細胞的組織樣品。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述核酸樣品包括游離DNA(cfDNA)。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述核酸樣品包括循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述HBV病毒性DNA探針通過擴增或合成HBV基因組DNA來制備。

7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述方法還包括：

如果在所述受試者基因組中檢測到HBV病毒性DNA的一個或多個整合位點，則確定所述受試者患有肝細胞癌(HCC)。

8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其中所述一個或多個整合位點位于選自由以下組成的組的一個或多個原癌基因中：TERT、ABL1(ABL)、ABL2(ABLL,ARG)、AKAP13(HT31,LBC.BRX)、ARAF1、ARHGEF5(TIM)、ATF1、AXL、BCL2、BRAF(BRAF1,RAFB1)、BRCA1、BRCA2(FANCD1)、BRIP1、CBL(CBL2)、CSF1R(CSF-1,FMS,MCSF)、DAPK1(DAPK)、DEK(D6S231E)、DUSP6(MKP3,PYST1)、EGF、EGFR(ERBB,ERBB1)、ERBB3(HER3)、ERG、ETS1、ETS2、EWSR1(EWS,ES,PNE)、FES(FPS)、FGF4(HSTF1,KFGF)、FGFR1、FGFR10P(FOP)、FLCN、FOS(c-fos)、FRAP1、FUS(TLS)、HRAS、GLI1、GLI2、GPC3、HER2(ERBB2,TKR1,NEU)、HGF(SF)、IRF4(LSIRF,MUM1)、JUNB、KIT(SCFR)、KRAS2(RASK2)、LCK、LCO、MAP3K8(TPL2,COT,EST)、MCF2(DBL)、MDM2、MET(HGFR,RCCP2)、MLH型基因、MMD、MOS(MSV)、MRAS(RRAS3)、MSH型基因、MYB(AMV)、MYC、MYCL1(LMYC)、MYCN、NCOA4(ELE1,ARA70,PTC3)、NF1型基因、NMYC、NRAS、NTRK1(TRK,TRKA)、NUP214(CAN,D9S46E)、OVC、TP53(P53)、PALB2、PAX3(HUP2)STAT1、PDGFB(SIS)、PIM基因、PML(MYL)、PMS(PMSL)基因、PPM1D(WIP1)、PTEN(MMAC1)、PVT1、RAF1(CRAF)、RB1(RB)、RET、RRAS2(TC21)、ROS1(ROS,MCF3)、SMAD型基因、SMARCB1(SNF5,INI1)、SMURF1、SRC(AVS)、STAT1、STAT3、STAT5、TDGF1(CRGF)、TGFBR2、THRA(ERBA,EAR7等)、TFG(TRKT3)、TIF1(TRIM24,TIF1A)、TNC(TN,HXB)、TRK、TUSC3、USP6(TRE2)、WNT1(INT1)、WT1和VHL。