[發明專利]肝細胞癌篩查

在審

• 申請號: 201980014687.5
• 申請日: 2019-07-26
• 公開（公告）號: CN111742063A
• 公開（公告）日: 2020-10-02
• 發明（設計）人: 張鋒;茅矛
• 申請（專利權）人: 思勤有限公司;深圳思勤醫療科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6813;C12Q1/6869
• 代理公司: 北京清亦華知識產權代理事務所(普通合伙) 11201
• 代理人: 宋融冰

本公開內容涉及用于肝細胞癌(HCC)篩查的方法。一方面，本公開內容涉及檢測受試者基因組中乙型肝炎病毒(HBV)病毒性DNA的整合位點的方法。該方法包括從受試者收集核酸樣品；通過將核酸樣品與HBV病毒性DNA探針雜交來富集樣品中包含HBV序列的核酸；對富集的核酸進行測序，從而獲得多個測序讀長；將測序讀長比對到人類基因組和HBV基因組；并且檢測HBV病毒性DNA在人類基因組的整合位點。

優先權要求

本申請要求于2018年7月27日提交的美國臨時專利申請號62/711,209的權益。前述美國臨時專利申請的全部內容通過引用并入本文。

技術領域

本公開內容涉及肝細胞癌篩查的方法。

背景技術

HBV感染是全世界的主要健康問題，特別是在發展中國家。它是導致肝硬化和原發性肝癌(如肝細胞癌；原發性肝細胞癌)最普遍的原因之一。目前，慢性HBV感染影響著全世界數百萬人，是造成病毒性肝炎相關的發病率及死亡率主要因素。在某些人口統計學地區，這一比例甚至更高。

肝細胞癌的早期檢測可為HCC患者提供更好的預后。因此，有必要開發肝細胞癌的篩查方法。

發明內容

本公開內容涉及肝細胞癌篩查的方法。

一方面，本公開內容涉及檢測受試者基因組中乙型肝炎病毒(HBV)病毒性DNA的整合位點的方法。該方法包括從受試者收集核酸樣品；通過將核酸樣品與HBV病毒性DNA探針雜交來富集樣品中包含HBV序列的核酸；對富集的核酸進行測序，從而獲得多個測序讀長；將測序讀長比對到人類基因組和HBV基因組；和檢測HBV病毒性DNA在人類基因組的整合位點。

在一些實施方案中，核酸樣品來自受試者的全血或血漿。

在一些實施方案中，核酸樣品來自包含一個或多個腫瘤細胞的組織樣品。

在一些實施方案中，核酸樣品包括游離DNA(cfDNA)。

在一些實施方案中，核酸樣品包括循環腫瘤DNA(ctDNA)。

在一些實施方案中，HBV病毒性DNA探針通過擴增HBV基因組DNA來制備。

在一些實施方案中，該方法還包括：如果在受試者基因組中檢測到HBV病毒性DNA的一個或多個整合位點，則確定受試者患有肝細胞癌(HCC)。