[發明專利]DNA及RNA同時檢測的基因變異位點檢測方法

在審

• 申請號: 201911358465.3
• 申請日: 2019-12-25
• 公開（公告）號: CN110938680A
• 公開（公告）日: 2020-03-31
• 發明（設計）人: 夏秦冬;孫愛娟;喬巖;孫玉龍;王弢
• 申請（專利權）人: 江蘇為真生物醫藥技術股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6858
• 分類號: C12Q1/6858;C12Q1/6806;C12N15/11
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

提供基于PCR擴增的高靈敏度的基因變異位點檢測方法，通過對樣品中包含目標變異位點的DNA和RNA的共擴增實現，通過引物設計方法實現對樣品中DNA和RNA的同時擴增，能夠更充分的利用樣品中基因的變異信息，提高檢測靈敏度。

技術領域

本發明屬于生物技術領域的基因變異檢測領域，具體涉及在一個體系中同時擴增DNA和RNA從而實現變異位點檢測的方法，涉及利用該技術制備的DNA及RNA同時檢測的試劑盒及其應用。

背景技術

隨著技術水平的不斷推進，醫學的發展也趨于循證與嚴謹。治療方法的確定常面臨著個體差異的問題，即藥物和相應的治療方法難以在所有病人身上具有相同效用，同一藥物在不同個體內間的效果差異可達數百倍。醫療機構或醫務人員因主觀或客觀原因，可能難于排除這種差異帶來的影響，而造成耗費醫療資源卻未提高患者診治價值的過度治療。而造成個體差異的主要原因，則是基因及其表達的多樣性。因此針對不同個體進行基因檢測，尤其是疾病及用藥相關的位點的檢測，已收到廣泛認可或寫入治療指南，同時基因突變的檢測也越來越多的被用于疾病的早期篩查。

目前用于基因檢測的樣本，往往只選取DNA或RNA中的一種進行檢測，因為二者在結構及性質上存在著較大的差異，導致從提取到檢測的流程上都會有所區別。對于檢測需要的信息，尤其是突變的信息，一般DNA和RNA都會含有，所以只檢測其中的一種，就會造成另一種中有價值信息的遺漏，但從技術手段上來講，檢測單一的核酸類型確實更容易實現和優化。

在實際的檢測中，分別檢測DNA及RNA意味著更大的樣本需求。同時，疾病早期篩查中涉及一些含量較低的突變或融合檢測，可能意味著檢測難度的提升或是檢出的不穩定。而DNA及RNA在同一體系中的同時檢測為上述的問題提供了可行的解決之道。

發明內容

有鑒于此，本發明的目的之一在于提供一種可以同時擴增DNA及RNA的引物設計方法；本發明的目的之二在于提供一種適用上述引物的擴增體系；本發明的目的之三在于提供一種基于上述引物設計原則及擴增體系研發的產品及其應用。

為實現上述發明目的，本發明提供如下技術方案：

一種基于PCR擴增的高靈敏基因變異位點檢測方法，其特征在于：通過對樣品中包含目標變異位點的DNA和RNA的共擴增實現。

所述檢測方法的檢測體系含有的共擴增引物的設計方法為以下a或b或c：

a：變異位點附近無內含子或距內含子較遠，能在同一外顯子上完成引物設計時，在同一外顯子上完成引物設計；

b：變異位點附近存在內含子，不能在同一外顯子上完成引物設計，且相鄰的內含子長度較短，內含子長度小于約120bp時，在相鄰外顯子上完成引物對的設計，結果是DNA擴增子中包含一段長度較短的內含子，RNA擴增子中不含內含子；

c：變異位點附近存在內含子，不能在同一外顯子上完成引物設計，且相鄰的內含子長度較長，內含子長度大于約120bp時，在變異位點所在外顯子上完成通用上游或通用下游引物的設計，在相鄰內含子上完成DNA擴增所需下游或上游引物的設計，在相鄰外顯子上完成RNA擴增所需下游及上游引物的設計，結果是DNA擴增子包含部分相鄰內含子，RNA擴增子包含部分相鄰外顯子。

本發明的檢測方法的檢測的樣本來源選自動物、植物、細菌、病毒等包含DNA和/或RNA的物質。

優選地，檢測的樣本類型為體液。

更優選地，體液選自：血漿、血清、尿液等。

檢測樣本為體液時，本發明檢測方法的擴增子長度小于約150bp或約140bp或約130bp或約120bp或約90bp。

另一方面，本發明還提供同時擴增DNA及RNA的體系，包括了上述方法設計的同時擴增DNA及RNA的引物對。