[發明專利]一種基于云計算的RNA-seq在線報告流程分析方法及系統

在審

• 申請號: 201911192687.2
• 申請日: 2019-11-28
• 公開（公告）號: CN111009289A
• 公開（公告）日: 2020-04-14
• 發明（設計）人: 周煌凱;夏昊強;高川;張羽;陶勇;羅玥;曾川川
• 申請（專利權）人: 廣州基迪奧生物科技有限公司
• 主分類號: G16B30/00
• 分類號: G16B30/00;G16B40/00
• 代理公司: 廣州三環專利商標代理有限公司 44202
• 代理人: 郭浩輝;麥小嬋

本發明公開了一種基于云計算的RNA?seq在線報告流程分析方法及系統，該方法包括：步驟S1，提供用戶上傳數據的操作；步驟S2，根據用戶數據上傳的操作自動鏈接從云服務器中獲取用戶上傳的對應項目的測序原始數據，并提供用戶設置流程分析設置信息；步驟S3，獲取用戶選擇的測序原始數據以及設置的流程分析設置信息，通過對流程分析設置信息解析，根據解析結果生成配置文件和任務執行命令；步驟S4，基于任務執行命令，根據配置文件對測序數據進行流程分析，得到流程分析結果，本發明可實現幫助用戶從原始數據開始進行分析的目的，使得用戶無需花費大量時間學習代碼即可快速進行RNA?seq流程分析及后續的個性化分析。

技術領域

本發明涉及生物信息分析技術領域，特別是涉及一種基于云計算的RNA-seq在線報告流程分析方法及系統。

背景技術

自人類基因組計劃完成以來，基因測序成本以“超摩爾定律”的速度不斷下降?；驕y序在人類中應用越來越廣泛，涵蓋了DNA水平的全基因組測序、外顯子測序等，RNA水平的RNA-Seq、環狀RNA測序等和微生物水平的宏基因組測序、Meta 16S測序等。隨著新一代高通量測序技術的飛速發展，以高通量測序技術為基礎的RNA-seq測序技術已經成為研究RNA的重要技術被廣泛使用，可以檢測基因的表達水平，而且也能對大量樣品同時測序獲得樣品之間的表達差異等,應用于基礎研究、臨床研究和藥物研發等領域。

然而，基因測序所生成的原始數據并不能反映任何有價值的信息，必須通過專業人員進行分析和解讀，如何從海量測序數據中挖掘出有價值的核心信息，才是目前科研人員面臨的關鍵問題。目前，絕大多數高通量測序如RNA-Seq測序等的生物信息分析結果都是以靜態結題報告的形式呈現出來，數據展示不便于實時解析和關鍵數據挖掘。

公開號為CN 109584962 A的中國專利申請公開了一種RNA-seq在線分析報告系統及其生成方法，其基于基因表達量的數據展開分析的，當科研人員對分析結果不滿意或想進行修改時，可以在系統上根據個人需求進行圖形修改、字體修改和圖形下載等操作，可以很好地克服上述技術存在的不足，然而，該系統尚不支持從原始數據開始分析，因此，為了全面滿足用戶需求，急需一種能夠從原始數據開始分析的RNA-seq測序技術。

發明內容

為克服上述現有技術存在的不足，本發明之目的在于提供一種基于云計算的RNA-seq在線報告流程分析方法及系統，以實現幫助用戶從原始數據開始進行分析的目的，使得用戶無需花費大量時間學習代碼即可快速進行RNA-seq流程分析及后續的個性化分析。

為達上述及其它目的，本發明提出一種基于云計算的RNA-seq在線報告流程分析方法，包括如下步驟：

步驟S1，提供用戶上傳數據的操作；

步驟S2，根據用戶數據上傳的操作自動鏈接從云服務器中獲取用戶上傳的對應項目的測序原始數據，并提供用戶設置流程分析設置信息；

步驟S3，獲取用戶選擇的測序原始數據以及設置的流程分析設置信息，通過對流程分析設置信息進行解析，根據解析結果生成配置文件和任務執行命令；

步驟S4，基于所述任務執行命令，根據所述配置文件對所述測序數據進行流程分析，得到流程分析結果，并將所述流程分析結果存儲在云端數據庫中。

優選地，于步驟S1中，提供用戶對上傳項目測序原始數據文件以及對應序列類型、數據類型的選擇。

優選地，步驟S2進一步包括：

步驟S200，提供用戶選擇分析數據類型，根據選擇的數據類型自動從云端服務器關聯用戶上傳的項目數據文件，獲取用戶對需要分析數據的選擇及對數據樣本名稱的命名；

步驟S201，根據需求挑選樣本分組并設定比較方案，生成樣本關系單；