[發明專利]一種基于云計算的RNA-seq在線報告流程分析方法及系統

在審

• 申請號: 201911192687.2
• 申請日: 2019-11-28
• 公開（公告）號: CN111009289A
• 公開（公告）日: 2020-04-14
• 發明（設計）人: 周煌凱;夏昊強;高川;張羽;陶勇;羅玥;曾川川
• 申請（專利權）人: 廣州基迪奧生物科技有限公司
• 主分類號: G16B30/00
• 分類號: G16B30/00;G16B40/00
• 代理公司: 廣州三環專利商標代理有限公司 44202
• 代理人: 郭浩輝;麥小嬋

1.一種基于云計算的RNA-seq在線報告流程分析方法，包括如下步驟：

步驟S1，提供用戶上傳數據的操作；

步驟S2，根據用戶數據上傳的操作自動鏈接從云服務器中獲取用戶上傳的對應項目的測序原始數據，并提供用戶設置流程分析設置信息；

步驟S3，獲取用戶選擇的測序原始數據以及設置的流程分析設置信息，通過對流程分析設置信息進行解析，根據解析結果生成配置文件和任務執行命令；

步驟S4，基于所述任務執行命令，根據所述配置文件對所述測序數據進行流程分析，得到流程分析結果，并將所述流程分析結果存儲在云端數據庫中。

2.如權利要求1所述的一種基于云計算的RNA-seq在線報告流程分析方法，其特征在于：于步驟S1中，提供用戶對上傳項目測序原始數據文件以及對應序列類型、數據類型的選擇。

3.如權利要求2所述的一種基于云計算的RNA-seq在線報告流程分析方法，其特征在于，步驟S2進一步包括：

步驟S200，提供用戶選擇分析數據類型，根據選擇的數據類型自動從云端服務器關聯用戶上傳的項目數據文件，獲取用戶對需要分析數據的選擇及對數據樣本名稱的命名；

步驟S201，根據需求挑選樣本分組并設定比較方案，生成樣本關系單；

步驟S202，獲取選取的根據上述步驟中建立的樣本關系單，并獲取對其分析參數的設置。

4.如權利要求3所述的一種基于云計算的RNA-seq在線報告流程分析方法，其特征在于:于步驟S202中，所述分析參數設置包括但不限于數據質控標準、建庫方式、參考基因組、差異分析及附加分析內容的參數設置。

5.如權利要求4所述的一種基于云計算的RNA-seq在線報告流程分析方法，其特征在于:所述數據質控參數包括但不限于去除含adapter的reads、去除含N比例大于10％的reads、去除全部都是A堿基的reads、去除低質量reads四個選項；所述建庫方式包括普通去核糖體建庫和鏈特異性建庫兩個選項；所述參考基因組項下可選擇合適的參考基因組，或選擇合適的基因組版本，所述基因組版本包括Ensembl-release43、tair-TAIR10兩個版本；所述差異分析參數包括差異倍數和FDR值的設定。

6.如權利要求5所述的一種基于云計算的RNA-seq在線報告流程分析方法，其特征在于:于步驟S3中，獲取用戶選擇的測序數據、分析參數及分析任務，通過對用戶提交的流程分析設置信息進行解析，得到所述分析參數、分析數據樣本關系單信息，基于解析結果，利用所述分析參數及所述分析數據樣本關系單信息生成所述配置文件和任務執行命令。

7.如權利要求6所述的一種基于云計算的RNA-seq在線報告流程分析方法，其特征在于:于步驟S4中，所述流程分析包括但不限于數據質控、參考基因組比對、表達量定量及差異分析、組或樣本間關系分析以及功能富集分析。

8.如權利要求7所述的一種基于云計算的RNA-seq在線報告流程分析方法，其特征在于，于步驟S1之前，還包括如下步驟：

步驟S0，對用戶身份進行驗證，于驗證通過后進入步驟S1。

9.如權利要求7所述的一種基于云計算的RNA-seq在線報告流程分析方法，其特征在于，優選地，于步驟S4后，還包括如下步驟：

當分析任務完成時，從所述云端數據庫中獲取所述流程分析結果，并將所述流程分析結果以報告的形式進行展示，提供用戶實時查看任務完成狀態。

10.一種基于云計算的RNA-seq在線報告流程分析系統，包括：

數據上傳管理模塊，用于提供用戶上傳數據的操作；

流程分析設置模塊，用于根據用戶數據上傳的操作自動鏈接從云服務器中獲取用戶上傳的對應項目的測序原始數據，并提供用戶設置流程分析設置信息；

請求分析模塊，用于獲取用戶選擇的測序原始數據以及設置的流程分析設置信息，通過對流程分析設置信息進行解析，根據解析結果生成配置文件和任務執行命令；

流程分析模塊，用于基于所述任務執行命令，根據所述配置文件對所述測序數據進行流程分析，得到流程分析的結果，并將所述流程分析結果存儲在所述的云端數據庫中。