[發明專利]rRNA捕獲探針及其應用

有效

• 申請號: 201911152414.5
• 申請日: 2019-11-22
• 公開（公告）號: CN110878298B
• 公開（公告）日: 2023-09-15
• 發明（設計）人: 王君文;胡琪;蘇錦玲;高飛
• 申請（專利權）人: 深圳市易基因科技有限公司
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C12Q1/6869
• 代理公司: 深圳市徽正知識產權代理有限公司 44405
• 代理人: 盧杏艷

本發明實施例公開了一種rRNA捕獲探針及其應用方法。其中，所述rRNA捕獲探針選自如下三組探針序列中的一種或者多種：5SrRNA探針序列組包括：SEQ?ID?No.1和SEQ?ID?No.2；16SrRNA探針序列組包括：SEQ?ID?No.3至SEQ?ID?No.24；23SrRNA探針序列組包括：SEQ?ID?No.25至SEQ?ID?No.76。以該捕獲探針為基礎，可以有效去除轉錄產物中90％以上的核糖體RNA序列，克服了原核生物mRNA不含polyA尾巴，無法通過oligo?dT富集分離的技術難題，極大的節省了測序數據量和成本。

技術領域

本發明涉及生物工程技術領域，尤其涉及一種rRNA捕獲探針及其應用。

背景技術

核糖體RNA(rRNA)是細胞內含量最高的一類RNA，占胞內所有RNA總量的80％以上。其與蛋白質結合形成核糖體，在mRNA的序列引導下轉運特定的氨基酸合成蛋白質肽鏈。

在原核生物中，核糖體RNA主要分為5S?rRNA(約120nt)、16S?rRNA(約1540nt)和23S?rRNA(約2900nt)三大類，真核生物主要分為5S?rRNA(約120nt)、5.8S?rRNA(約160nt)、18S?rRNA(約1900nt)和28S(約4700nt)rRNA。

由于核糖體RNA的占比含量極高，在總RNA測序研究其它功能性RNA的表達豐度、修飾狀態等，核糖體RNA將侵占大量的可用數據，如何在檢測前針對不同物種有效的去除核糖體RNA，或精準分離目標類型RNA進行相應檢測，已成為“轉錄組學”研究和“表觀轉錄組學”研究樣本前期制備的核心技術問題。

在實現本發明過程中，發明人發現相關技術存在以下問題：在真核生物中通常會利用oligo?dT磁珠釣取含有poly?A尾巴的總mRNA，然后通過文庫構建進行高通量測序分析細胞或組織mRNA的表達情況。

但原核生物的mRNA含量極低，約占總RNA的2％-5％左右。而且，絕大多數原核生物mRNA都不存在3’端的poly(A)結構。因此，對原核生物的mRNA分離并進行檢測非常困難。

發明內容

針對上述技術問題，本發明實施例提供了一種rRNA捕獲探針及其應用，以解決現有rRNA去除方法中存在的一種或者多種的問題。

本發明實施例的第一方面提供一種藍細菌的rRNA捕獲探針。其中，所述rRNA捕獲探針由如下三組rRNA捕獲探針混合后制成；其中，5SrRNA探針序列組由SEQ?ID?No.1和SEQID?No.2組成；16SrRNA探針序列組由SEQ?IDNo.3至SEQ?ID?No.24組成；23SrRNA探針序列組由SEQ?ID?No.25至SEQ?IDNo.76組成，每條rRNA捕獲探針的長度范圍為30bp-120bp；相鄰的rRNA捕獲探針之間的長度間距小于30bp。

可選地，所述rRNA捕獲探針還包括生物素標記。

本發明實施例的第二方面提供一種全轉錄組測序檢測方法。其中，所述方法包括應用如上所述的rRNA捕獲探針捕獲并去除樣本總RNA中的rRNA。

本發明實施例的第三方面提供了一種RNA修飾的高通量檢測方法。其中，所述方法包括應用如上所述的rRNA捕獲探針捕獲并去除樣本總RNA中的rRNA。

可選地，每種rRNA捕獲探針的摩爾濃度為0.1uM-1uM；所述樣本總RNA的投入量為50ug-10ng，濃度大于等于5ng/uL。

可選地，每種所述rRNA捕獲探針的摩爾濃度為0.5uM。

可選地，所述通過所述rRNA捕獲探針捕獲并去除樣本總RNA中的rRNA，具體包括：

在雜交緩沖體系中，將所述rRNA捕獲探針與所述樣本總RNA進行雜交，形成DNA-RNA雜合鏈；