[發明專利]一種與大黃魚抗鰻弧菌關聯的SNP位點、其篩選方法和應用在審
| 申請號： | 201911127345.2 | 申請日： | 2019-11-18 |
| 公開（公告）號： | CN110699466A | 公開（公告）日： | 2020-01-17 |
| 發明（設計）人： | 孫明潔;鮑寶龍;龔小玲 | 申請（專利權）人： | 上海海洋大學 |
| 主分類號： | C12Q1/6888 | 分類號： | C12Q1/6888;C12Q1/6806;C12N15/11 |
| 代理公司： | 31227 上海伯瑞杰知識產權代理有限公司 | 代理人： | 周一新 |
| 地址： | 201306 上*** | 國省代碼： | 上海;31 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 大黃魚 弧菌 抗鰻 等位基因突變 分子標記篩選 篩選 反向引物 基因cDNA 遺傳育種 正向引物 反轉錄 位堿基 鰻弧菌 測序 抗菌 可用 條帶 幼魚 魚類 關聯 感染 清晰 應用 | ||
【權利要求書】：
1.一種與大黃魚抗鰻弧菌相關的單核苷酸多態性(SNP)位點，其特征在于，所述SNP位點位于大黃魚如SEQ ID NO:1所示的IL-6R基因cDNA序列上，且其1021位堿基處存在一個G或C的等位基因突變。
2.權利要求1所述與大黃魚抗鰻弧菌相關的SNP位點的篩選方法，其特征在于，包括以下步驟：
(ⅰ)用鰻弧菌感染大黃魚幼魚后，提取其RNA并反轉錄成cDNA，其核苷酸序列如SEQ IDNO:1所示；
(ⅱ)設計如SEQ ID NO:2所述的正向引物和如SEQ ID NO:3所示的反向引物的引物對，以步驟(ⅰ)中cDNA為模板進行PCR擴增反應；
(ⅲ)經瓊脂糖凝膠檢測，對步驟(ⅱ)中目的條帶清晰無雜帶的PCR產物進行測序，篩選得到所述SNP位點。
3.根據權利要求2所述SNP位點的篩選方法，其特征在于，步驟(ⅱ)中，所述PCR擴增反應體系為：濃度均為10uM的所述正向引物和反向引物各1uL、所述cDNA模板1uL和無菌水9.5uL。
4.根據權利要求2所述SNP位點的篩選方法，其特征在于，步驟(ⅱ)中，所述PCR擴增反應的程序依次為：95℃預變性5min、94℃變性30s、64℃退火30s、72℃延伸30s(45個循環)和72℃延伸10min。
5.權利要求1所述與大黃魚抗鰻弧菌相關的SNP位點在抗鰻弧菌大黃魚遺傳育種上的用途。
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