[發明專利]群體遺傳進化圖譜及其構建方法

有效

• 申請號: 201911068002.3
• 申請日: 2019-11-04
• 公開（公告）號: CN110910959B
• 公開（公告）日: 2022-08-30
• 發明（設計）人: 王克劍;劉慶;孫亭亭;王春;焦曉真
• 申請（專利權）人: 中國水稻研究所
• 主分類號: G16B30/10
• 分類號: G16B30/10;G06F16/36
• 代理公司: 北京康信知識產權代理有限責任公司 11240
• 代理人: 路秀麗

1.一種構建群體遺傳進化圖譜的方法，其特征在于，所述方法包括：

選擇重組冷點區域；

利用所述重組冷點區域的SNP位點構建系統進化樹；

對所述系統進化樹進行聚類分析，確定物種之間的演化關系，從而獲得所述群體遺傳進化圖譜；

其中，選擇所述重組冷點區域步驟包括：對每條染色體單獨處理，在每條染色體中隨機選取200個以上滿足質量要求的SNP位點進行連鎖不平衡分析，得到一個或多個連鎖區域，所述重組冷點區域為所述連鎖區域的至少部分區域；

所述連鎖區域包括著絲粒區域，所述著絲粒區域包括：著絲粒位點、所述著絲粒位點的左側翼區及右側翼區，

其中，所述左側翼區和所述右側翼區的位置是根據所述連鎖不平衡分析確定，所述著絲粒位點的位置通過著絲粒特異性的重復序列與參考基因組序列比對確定。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述左側翼區和所述右側翼區分別包括多個區段，所述方法還包括去除SNP位點數量顯著低于其余所述區段中SNP位點數量的區段。

3.根據權利要求2所述的方法，其特征在于，去除SNP位點數量顯著低于其余所述區段中SNP位點數量的區段包括：

將所述左側翼區和所述右側翼區劃分為多個等長度的窗口，各所述區段含有相同或不同數量的所述窗口，若至少一個所述窗口內出現的SNP位點數量顯著低于所有窗口的SNP位點的平均數量，則去除對應的所述區段。

4.根據權利要求3所述的方法，其特征在于，將所述左側翼區和所述右側翼區劃分為多個1～100kb的所述窗口。

5.根據權利要求1至4中任一項所述的方法，其特征在于，所述滿足質量要求的SNP位點指滿足缺失率＜50％且最小等位基因頻率＞5％的SNP位點。

6.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，采用鄰接法構建所述系統進化樹；根據構建的所述系統進化樹，確定直系祖先的來源地。

7.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，在所述聚類分析步驟中，根據分支聚類確定直系祖先的來源地，并通過分析所述系統進化樹中各物種的先后順序，確定所述物種之間的演化關系，從而獲得所述群體遺傳進化圖譜。

8.一種執行權利要求1至7中任一項所述的方法構建的群體遺傳進化圖譜的設備。