[發明專利]DNA編碼化合物庫構建中On-DNA氨基磷酸酯化合物的合成方法

有效

• 申請號: 201911044823.3
• 申請日: 2019-10-30
• 公開（公告）號: CN110759958B
• 公開（公告）日: 2023-03-14
• 發明（設計）人: 劉煒;鄧偉;孫賽賽;喻春燕;龔平秀;陳琳琳;范梅;吳阿亮;李科;蒯樂天;楊洪芳;彭宣嘉
• 申請（專利權）人: 上海藥明康德新藥開發有限公司
• 主分類號: C07H21/04
• 分類號: C07H21/04;C07H1/00
• 代理公司: 上海浦一知識產權代理有限公司 31211
• 代理人: 鄭權

本發明公開了一種DNA編碼化合物庫中On?DNA氨基磷酸酯化合物的制備方法，將On?DNA疊氮化合物與亞磷酸三酯混合在一定溫度下反應一段時間后得到DNA氨基磷酸酯化合物。本發明反應條件溫和、成本低、操作方便、收率高，適合于多孔板進行的DNA編碼化合物庫的合成，可以讓DNA編碼胺基化合物庫通過該方法蓋帽得到DNA編碼氨基磷酸酯類化合物庫，提供了一種增加DNA編碼氨基化合物庫的多樣性的方法。

技術領域

本發明屬于DNA編碼化合物庫技術領域，具體涉及一種DNA編碼化合物庫中由On-DNA疊氮化合物制得On-DNA氨基磷酸酯化合物的方法。

背景技術

美國Scripps研究院的Sydney Brenner和Richard Lerner教授于1992年提出了DNA編碼化合物庫(DNA Encoded Library，簡稱DEL)的概念(參考文獻：Proc.Natl.Acad.Sci.,1992,89,5381)，該方法通過將一個有機小分子試劑與一段獨特序列的DNA在分子水平進行連接，利用組合化學的“組合-拆分”策略通過兩個至多個循環快速地構建數量巨大的化合物庫，該化合物庫中每一個化合物都由不同有機小分子試劑殘基組成，并由相應的唯一堿基序列的DNA標識，將少量的DNA編碼化合物庫與靶標進行親和篩選，與靶標沒有吸附的庫分子先被洗掉，留下與靶標有吸附的庫分子再洗脫下來，這時得到的庫分子濃度很低，常規手段難以分析和識別，通過DNA獨有的聚合酶鏈式反應(PolymeraseChain Reaction，簡稱PCR)可以把得到的與靶標有吸附的庫分子中的DNA部分進行復制擴增直至得到的DNA量可以被DNA測序儀識別，測序后的數據再通過構建DNA編碼化合物庫時創建的小分子試劑與DNA堿基序列之間的關系表來解碼，進而找到具有潛在活性分子相對應的具體化合物對應的小分子試劑，再通過傳統的有機合成方法把這些小分子試劑組合在一起得到篩選的目標分子，檢測并確認其對靶標的生物活性。

DNA編碼化合物庫的構建方法主要有三種，第一種是以美國Ensemble公司為主利用DNA模板技術得到的DNA導向分子庫(DNA-Templated Chemical Library Synthesis，簡稱DTCL)，第二種是以美國GSK公司，X-Chem公司和國內的成都先導為主利用DNA標記技術得到的DNA記錄分子庫(DNA-Recorded Chemical Library，簡稱DRCL)，第三種是以瑞士Philogen公司為主基于片段的藥物設計(Fragment-based drug discovery，簡稱FBDD)技術得到的編碼自組裝分子庫(Encoded Self-Assembling Chemical Libraries，簡稱ESAC)，目前工業上被大量運用的構建DNA編碼化合物庫的方法主要是第二種，該方法操作簡單，成本更低，能更快速地利用組合化學方法得到含有海量的化合物的DNA編碼化合物庫。

除了DNA起始片段(詳見本公司發明專利：CN108070009A,CN109868268A)外，需要有大量的DNA標簽和可以按照一定順序進行反應的有機小分子試劑。DNA標簽的編碼可以通過一定的計算機程序來獲得(詳見本公司發明專利：CN107958139A)，再通過DNA合成儀得到具體的DNA堿基序列的引物。有機小分子試劑的獲得，可以使用一定的計算機程序來對獲得的試劑清單進行篩選得到(詳見本公司發明專利：CN108959855A)。

DEL庫領域目前最主要的工作之一是DNA上化學反應的開發，簡稱on-DNA化學反應。因為DNA必須在一定的水相中、pH、溫度、金屬離子濃度和無機鹽濃度下才能保持穩定，因此，對DNA損傷小、有較好的回收率和底物適應性廣的on-DNA化學反應，才是大規模應用于DNA編碼化合物庫的合成所需要的。目前公開報道的on-DNA化學反應種類近60種，每種的反應條件少則一種，多則十幾種，可以說，在其他情況一樣的情況下，on-DNA化學反應的種類越多，條件越豐富，在DNA編碼化合物庫的設計時的選擇性才越多，最終DNA編碼化合物庫的合成成功率才越高，得到的DNA編碼化合物庫的多樣性才越豐富。

表1可用于DRCL構建的On-DNA化學反應種類和具體條件