[發明專利]免疫敏感性預測的生物標志組成物及用途、試劑盒設備存儲介質

在審

• 申請號: 201911038523.4
• 申請日: 2019-10-29
• 公開（公告）號: CN110656179A
• 公開（公告）日: 2020-01-07
• 發明（設計）人: 王維鋒;伍歡;汪儉;張姣玲;王凱
• 申請（專利權）人: 至本醫療科技(上海)有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12M1/00;C12M1/34
• 代理公司: 31243 上海百一領御專利代理事務所(普通合伙)
• 代理人: 王奎宇;馬菁平

1.一種生物標志組成物，用于預測結直腸癌的對象對免疫檢查點抑制劑的敏感性，其特征在于，至少包括：

微衛星狀態以及B2M基因的突變狀態，

其中，所述B2M基因的突變狀態包括如表3所示的8個突變位點中的一個或多個。

2.根據權利要求1所述的生物標志組成物，其特征在于：

其中，所述突變位點為能導致氨基酸為L15Ffs*41和V69Wfs*34改變的突變位點。

3.根據權利要求1所述的生物標志組成物，其特征在于，還包括：

B2M蛋白。

4.根據權利要求1-3任意一項所述的生物標志組成物，其特征在于，還包括：

POLE基因的突變狀態。

5.根據權利要求4所述的生物標志組成物，其特征在于：

其中，所述POLE基因的突變狀態包括位于外顯子9-14中任意一個或多個的突變位點。

6.根據權利要求5所述的生物標志組成物，其特征在于：

其中，所述POLE基因的突變狀態包括位于外顯子9-14中能導致對象的TMB>100muts/Mb的任意一個或多個突變位點。

7.根據權利要求5所述的生物標志組成物，其特征在于：

其中，所述微衛星狀態、B2M基因的突變狀態以及POLE基因的突變狀態根據對來自所述對象的組織樣本測序得到的測序結果中找出的變異信息得到，

所述變異信息包括根據突變判斷規則判斷為真的點突變和判斷為真的插入缺失突變，

所述判斷規則為：

對于點突變，當滿足下述第一條件時，判斷該點突變為真：

該點突變所在位置的測序覆蓋深度>500次，包含該點突變的每個讀長質量值>40，包含該點突變的每個讀長上與該點突變相對應的堿基質量值>21，包含有該點突變的讀長的條數≥5條，包含有該點突變的所有讀長中正向的讀長與反向的讀長比例<1/6，質量合格的組織樣本的變異等位基因頻率/對照樣本的變異等位基因頻率≥20；

當插入缺失突變的序列連續相同的堿基<5時，滿足下述第二條件時，判斷該插入缺失突變為真：

該插入缺失突變所在位置的測序覆蓋深度>600次，包含該插入缺失突變的每個讀長質量值>40，包含該點突變的每個讀長上與該插入缺失突變相對應的堿基質量值>21，包含有該插入缺失突變的讀長的條數≥5條，包含有該插入缺失突變的所有讀長中正向的讀長與反向的讀長比例<1/6，所述組織樣本的變異等位基因頻率/對照樣本的變異等位基因頻率≥20；

當插入缺失突變的序列連續相同的堿基≥5且<7時，除了滿足所述第二條件，且變異等位基因頻率≥10％時，才判斷該插入缺失突變為真；

當插入缺失突變的序列連續相同的堿基≥7時，除了滿足所述第二條件，且變異等位基因頻率≥20％時，才判斷該插入缺失突變為真。

8.根據權利要求1所述的生物標志組成物，其特征在于：

其中，免疫檢查點抑制劑為派姆單抗、納武單抗、阿特珠單抗、Avelumab以及Durvalumab中的任意一種或多種。

9.一種生物標志組成物在制備用于免疫檢查點抑制劑敏感性預測的產品中的用途，其特征在于：

其中，所述生物標志組成物為權利要求1-8任意一項所述的生物標志組成物。

10.一種用于免疫檢查點抑制劑敏感性預測的試劑盒，其特征在于：

所述試劑盒用于檢測用于預測結直腸癌的對象對免疫檢查點抑制劑的敏感性的生物標志組成物，

其中，所述生物標志組成物為權利要求1-8任意一項所述的生物標志組成物。