[發明專利]一種基于轉錄組序列開發多態性SSR標記的方法在審
| 申請號: | 201910969089.5 | 申請日: | 2019-10-12 |
| 公開(公告)號: | CN110669834A | 公開(公告)日: | 2020-01-10 |
| 發明(設計)人: | 鄭興飛;胡中立;游艾青;周黎;徐得澤;費震江;董華林;胡建林;李珍連 | 申請(專利權)人: | 湖北省農業科學院糧食作物研究所 |
| 主分類號: | C12Q1/6869 | 分類號: | C12Q1/6869;C12Q1/6895;G16B20/30;G16B25/20 |
| 代理公司: | 11335 北京匯信合知識產權代理有限公司 | 代理人: | 王維新 |
| 地址: | 430000 湖北*** | 國省代碼: | 湖北;42 |
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| 摘要: | |||
| 搜索關鍵詞: | 多態性 轉錄組序列 位點 樣本 側翼保守序列 分子標記引物 分子輔助育種 篩選 多態性檢測 相鄰核苷酸 功能基因 功能信息 開發效率 連鎖基因 目標物種 配置要求 設計引物 位點信息 序列信息 有效篩選 重復基序 可預測 潛在的 轉錄組 拼接 開發 攜帶 計算機 檢測 重復 電腦 研究 | ||
1.一種基于轉錄組序列開發多態性SSR標記的方法,其特征在于:包括以下步驟:
S1、獲得目標物種多個樣本的轉錄組序列;
S2、對每個樣本轉錄組序列,分別檢測潛在的SSR位點信息;
S3、對步驟S2中檢出的SSR位點信息,利用序列篩選程序進行篩選,獲得SSR位點重復基序類型與其相鄰核苷酸序列信息;
S4、對步驟S3中檢出的SSR位點重復基序與其核苷酸序列信息,采用Perl語言編寫程序,從中篩選樣本間多態性SSR候選位點;
S5、對步驟S4中攜帶多態性SSR位點的轉錄組序列集,拼接為無重復的疊連群Uni-contig,依據其側翼保守序列設計引物,進行標記多態性檢測。
2.根據權利要求1所述的方法,其特征在于:還包括以下步驟S6:利用獲得的SSR標記引物對,以目標物種的基因組DNA為模板,分別執行PCR擴增,根據擴增結果驗證引物的有效性。
3.根據權利要求1所述的方法,其特征在于:還包括以下步驟S7:對Uni-contig序列,搜索NCBI蛋白質數據庫,依據E-value最小原則判定與SSR位點連鎖的基因功能。
4.根據權利要求1所述的方法,其特征在于:在步驟S1中,首先取目標物種的若干樣本,分別對其轉錄組進行高通量測序獲得Reads,再通過Trinity軟件將測序得到的所有reads進行拼接組裝,最終獲得轉錄組序列。
5.根據權利要求1所述的方法,其特征在于:在步驟S2中,轉錄組序列進行SSR位點搜索,其中,二堿基、三堿基、四堿基、五堿基與六堿基基序重復次數分別至少為6、5、4、4、4次。
6.根據權利要求1所述的方法,其特征在于:在步驟S3中,與SSR位點重復基序相鄰的上、下游核苷酸序列長度設為10bp。
7.根據權利要求6所述的方法,其特征在于:在步驟S4中,依據SSR重復基序與相鄰10bp核苷酸序列一致,判定為相同SSR位點;以重復基序存在變異,判定為多態性SSR候選標記。
8.根據權利要求1所述的方法,其特征在于:在步驟S5中,根據引物在Uni-contig中的跨度區間,準確計算該SSR標記PCR擴增產物長度。
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