[發明專利]一種基于轉錄組序列開發多態性SSR標記的方法

在審

• 申請號: 201910969089.5
• 申請日: 2019-10-12
• 公開（公告）號: CN110669834A
• 公開（公告）日: 2020-01-10
• 發明（設計）人: 鄭興飛;胡中立;游艾青;周黎;徐得澤;費震江;董華林;胡建林;李珍連
• 申請（專利權）人: 湖北省農業科學院糧食作物研究所
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;C12Q1/6895;G16B20/30;G16B25/20
• 代理公司: 11335 北京匯信合知識產權代理有限公司
• 代理人: 王維新

1.一種基于轉錄組序列開發多態性SSR標記的方法，其特征在于：包括以下步驟：

S1、獲得目標物種多個樣本的轉錄組序列；

S2、對每個樣本轉錄組序列，分別檢測潛在的SSR位點信息；

S3、對步驟S2中檢出的SSR位點信息，利用序列篩選程序進行篩選，獲得SSR位點重復基序類型與其相鄰核苷酸序列信息；

S4、對步驟S3中檢出的SSR位點重復基序與其核苷酸序列信息，采用Perl語言編寫程序，從中篩選樣本間多態性SSR候選位點；

S5、對步驟S4中攜帶多態性SSR位點的轉錄組序列集，拼接為無重復的疊連群Uni-contig，依據其側翼保守序列設計引物，進行標記多態性檢測。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于：還包括以下步驟S6：利用獲得的SSR標記引物對，以目標物種的基因組DNA為模板，分別執行PCR擴增，根據擴增結果驗證引物的有效性。

3.根據權利要求1所述的方法，其特征在于：還包括以下步驟S7：對Uni-contig序列，搜索NCBI蛋白質數據庫，依據E-value最小原則判定與SSR位點連鎖的基因功能。

4.根據權利要求1所述的方法，其特征在于：在步驟S1中，首先取目標物種的若干樣本，分別對其轉錄組進行高通量測序獲得Reads，再通過Trinity軟件將測序得到的所有reads進行拼接組裝，最終獲得轉錄組序列。

5.根據權利要求1所述的方法，其特征在于：在步驟S2中，轉錄組序列進行SSR位點搜索，其中，二堿基、三堿基、四堿基、五堿基與六堿基基序重復次數分別至少為6、5、4、4、4次。

6.根據權利要求1所述的方法，其特征在于：在步驟S3中，與SSR位點重復基序相鄰的上、下游核苷酸序列長度設為10bp。

7.根據權利要求6所述的方法，其特征在于：在步驟S4中，依據SSR重復基序與相鄰10bp核苷酸序列一致，判定為相同SSR位點；以重復基序存在變異，判定為多態性SSR候選標記。

8.根據權利要求1所述的方法，其特征在于：在步驟S5中，根據引物在Uni-contig中的跨度區間，準確計算該SSR標記PCR擴增產物長度。