[發(fā)明專利]靶向測序gDNA對照品及其制備方法

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• 申請?zhí)枺?/td>: 201910864109.2
• 申請日: 2019-09-12
• 公開（公告）號: CN110656175A
• 公開（公告）日: 2020-01-07
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 陳娟
• 申請（專利權(quán)）人: 上海藥明康德醫(yī)學(xué)檢驗所有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6806
• 代理公司: 31211 上海浦一知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司
• 代理人: 戴廣志

本發(fā)明公開一種靶向測序gDNA對照品，其特征在于，包含弱陽性對照、陽性對照，且包含SNP和INDEL兩種突變類型，所述對照品涉及突變基因：TP53、APC、KIT、PTEN；本發(fā)明還公開一種靶向測序gDNA對照品的制備方法，包括步驟：1)檢測突變基因各自的突變位點，找到對應(yīng)陽性細胞系；2)提取所述陽性細胞系的二株細胞系的細胞gDNA，獲得陽性細胞系gDNA樣本；3)對陽性細胞系gDNA樣本、陰性對照DNA樣本進行擴增、建庫、測序，檢測各突變位點的原始突變頻率；4)將所述陽性細胞系gDNA樣本和陰性對照DNA樣本進行DNA混合，形成所述靶向測序gDNA對照品。本發(fā)明減少測序工作量，節(jié)約了測序成本，具有適用范圍廣、節(jié)約成本、高效、可操作性強的優(yōu)點。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及生物測序技術(shù)領(lǐng)域，特別是涉及一種靶向測序gDNA對照品及其制備方法。

背景技術(shù)

目前特定Panel二代測序已大量用于靶向藥物，特別是腫瘤類藥物指導(dǎo)，現(xiàn)有的特定Panel二代測序過程的對照品一般用一個或者二個Coriell DNA標(biāo)準(zhǔn)品代替，陽性對照則需要自己檢測已知樣本獲得突變頻率后再將該已知陽性結(jié)果的樣本作為陽性對照，目前市面上沒有普遍適用的明確突變頻率的對照品產(chǎn)品。因此制備普遍適用的有明確突變頻率的靶向測序gDNA對照品工藝變得尤為重要。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的主要目的在于，提供一種普遍適用的有明確突變頻率的靶向測序gDNA對照品，提高測序效率。

為達前述目的，本發(fā)明提供一種靶向測序gDNA對照品，適用于靶向二代測序，其包含弱陽性對照、陽性對照，且包含SNP和INDEL兩種突變類型，所述對照品涉及突變基因：TP53、APC、KIT、PTEN；

所述TP53的突變位點為p.Val218del，其突變比例為10％，以及p.Pro33Arg，其突變比例為70％；

所述APC的突變位點為p.Asp1571Tyr，其突變比例為70％；

所述KIT的突變位點為P41fs，其突變比例為35％；

所述PTEN的突變位點為M134I，其突變比例為35％，以及R173H，其突變比例為35％。

TP53基因又稱為P53，是一種抑癌基因，該基因編碼一種分子量為53kDa的蛋白質(zhì)。在人的基因里面，TP53是非常重要的抑癌基因，在正常細胞中低表達，在惡性腫瘤中高表達。在所有惡性腫瘤中，50％以上會出現(xiàn)該基因的突變。

APC基因是一種腫瘤抑制基因，涉及調(diào)節(jié)細胞增殖、遷移、粘著及染色體穩(wěn)定等。APC基因編碼的APC蛋白與β連環(huán)蛋白(beta-catenin，一種轉(zhuǎn)錄因子)形成復(fù)合物，導(dǎo)致β連環(huán)蛋白降解。APC基因的突變會導(dǎo)致一系列連鎖反應(yīng)，最終導(dǎo)致細胞分裂的加速，該突變與結(jié)腸腺瘤性息肉，結(jié)/直腸癌，食管癌，胃癌，胰腺癌，肝癌有關(guān)。

KIT：干細胞生長因子受體(c-kit receptor)，也被稱為原癌基因c-kit或酪氨酸蛋白激酶kit或CD117，是一種受體酪氨酸激酶。正常情況下，KIT接收外部特定信息后活化，并傳遞到細胞內(nèi)部，指導(dǎo)細胞有序地生長和增殖。一旦KIT發(fā)生異常，長期處于過度活躍狀態(tài)，持續(xù)傳遞生長增殖的信號，賦予了造血前體細胞增殖或生存優(yōu)勢，從而導(dǎo)致細胞異常增多和腫瘤的發(fā)生。KIT基因突變與胃腸道間質(zhì)瘤，肥大細胞病，急性髓性白血病有關(guān)。

PTEN基因是一種抑癌基因，已被證實在防止許多癌癥發(fā)生和發(fā)展過程中發(fā)揮了不可或缺的作用。當(dāng)PTEN基因丟缺失或突變，惡性細胞可以生長泛濫，促進癌癥發(fā)展。

很多疾病，例如肺癌、結(jié)腸癌、胰腺癌、胃腸道間質(zhì)瘤、肥大細胞病、急性髓性白血病等，靶向測序都會涉及TP53、APC、KIT、PTEN這幾個基因，只要特定Panel二代測序檢測項目中可報告范圍至少包括了以上四個基因突變位點中任一個，即可使用本發(fā)明的靶向測序gDNA對照品。