[發明專利]靶向測序gDNA對照品及其制備方法在審
| 申請號： | 201910864109.2 | 申請日： | 2019-09-12 |
| 公開（公告）號： | CN110656175A | 公開（公告）日： | 2020-01-07 |
| 發明（設計）人： | 陳娟 | 申請（專利權）人： | 上海藥明康德醫學檢驗所有限公司 |
| 主分類號： | C12Q1/6886 | 分類號： | C12Q1/6886;C12Q1/6806 |
| 代理公司： | 31211 上海浦一知識產權代理有限公司 | 代理人： | 戴廣志 |
| 地址： | 200131 上海市浦東新區*** | 國省代碼： | 上海;31 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 測序 陽性細胞系 樣本 對照品 靶向 陰性對照DNA 突變基因 突變位點 突變類型 突變頻率 陽性對照 弱陽性 檢測 節約 建庫 擴增 制備 工作量 細胞 | ||
1.一種靶向測序gDNA對照品，其特征在于，包含弱陽性對照、陽性對照，且包含SNP和INDEL兩種突變類型，所述對照品涉及突變基因：TP53、APC、KIT、PTEN；
所述TP53的突變位點為p.Val218del，其突變比例為10％，以及p.Pro33Arg，其突變比例為70％；
所述APC的突變位點為p.Asp1571Tyr，其突變比例為70％；
所述KIT的突變位點為P41fs，其突變比例為35％；
所述PTEN的突變位點為M134I，其突變比例為35％，以及R173H，其突變比例為35％。
2.一種靶向測序gDNA對照品的制備方法，其特征在于，包括步驟：
1)檢測TP53、APC、KIT、PTEN突變基因各自的突變位點，找到含有所述突變位點的陽性細胞系；
2)提取1)中所述陽性細胞系的二株細胞系的細胞gDNA，獲得陽性細胞系gDNA樣本；
3)對陽性細胞系gDNA樣本、陰性對照DNA樣本進行擴增、建庫、測序，檢測各突變位點的原始突變頻率；
4)將所述陽性細胞系gDNA樣本和陰性對照DNA樣本進行DNA混合，形成所述靶向測序gDNA對照品。
3.根據權利要求2所述的方法，其特征在于，步驟1)中通過NGS方法檢測基因的突變位點。
4.根據權利要求2所述的方法，其特征在于，步驟2)中使用Qiagen核酸提取試劑盒提取陽性細胞系細胞gDNA。
5.根據權利要求2所述的方法，其特征在于，步驟3)、4)所述陰性DNA樣本為CoriellDNA NA12878。
6.根據權利要求2所述的方法，其特征在于，步驟3)中使用AmpliSeq擴增試劑盒進行擴增。
7.根據權利要求2所述的方法，其特征在于，步驟3)中使用TruSeq DNA建庫試劑盒進行建庫。
8.根據權利要求2所述的方法，其特征在于，步驟3)中使用MiSeq測序平臺進行測序。
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