[發明專利]一種鑒別香豬與大白豬的結構變異SMC1A基因中SV320分子標記及其檢測技術

在審

• 申請號: 201910819953.3
• 申請日: 2019-08-31
• 公開（公告）號: CN110343772A
• 公開（公告）日: 2019-10-18
• 發明（設計）人: 冉雪琴;王嘉福;李升;李大鵬
• 申請（專利權）人: 貴州大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 貴陽中新專利商標事務所 52100
• 代理人: 劉艷

本發明公開了一種鑒別香豬和大白豬的結構變異SV320，其特征在于：SV320位于豬參考基因組Sscrofa 11.1的chrx：46186712?46187032，SV320缺失基因定為D，正常不缺失的基因定為I。應用本發明所述的檢測技術，檢測樣品的SV320基因型，發現香豬只存在一種基因型，則為DD型，等為基因頻率D為100％，對于大白豬無純合缺失型(DD)，只存在DI和II型，以II型為主。因此可應用結構變異SV320作為分子標記區分大白豬和中國地方豬品種香豬。

技術領域

本發明涉及動物分子生物學檢測領域，具體來說，涉及一種區分香豬和大白豬品種的分子標記和檢測技術。

背景技術

香豬是我國特有的小型豬種，早在20世紀70年代末被發現于貴州省都柳江與廣西接壤區域的山區，主產區位于貴州省從江縣宰便、加鳩兩地。香豬屠宰時，二月齡斷奶的乳豬無乳腥氣味；出欄肥豬宰殺開膛，腹腔無腥臭味，煮熟后豬肉肉香濃郁。1993年，從江香豬被農業部列為國家二級珍貴保護畜種；1995年，在北京召開的“百家中國特產之鄉”大會上，貴州省從江縣被命名為“中國香豬之鄉”；2006年，從江香豬被列入農業部《國家級畜禽遺傳資源保護名錄》(申學林等，2007)。近年來，隨著人們生活水平的提高，人們對肉類的消費理念也在發生轉變，從肉類消費量的增長，轉變成追求肉類的品質，相應地，現代生豬養殖行業從個體戶養殖、轉變成規模化養殖，目前正向特色、優質豬的養殖轉變，因此養殖業對豬品種的關注度日漸提高，特別是具有優良肉質的地方豬種成為學術界關注的焦點。

伴隨著基因組學和功能基因學的快速發展，分子標記及其檢測技術已經發展到了第三代，主要以單核苷酸多態性(Single nucleotide polymorphism，SNP)、表達序列標簽(Expressed sequence Tag，EST)、結構變異(structure variation，SV)為主。結構變異SV通常是指獲得與缺失變異(PAVs，presence/absence variants)和拷貝數變異(CNVs，copynumber variants)，包括大尺度序列的缺失(deletion)、插入(insertion)、復制(duplications)、倒置(inversion)和易位(translocation)等(Xi R,2010)。在基因組中結構變異的數目遠遠小于序列多態，一般SNP的數量在百萬數量級，而結構變異的數量為十萬數量級，二者相差十倍，但結構變異所占的長度總和、影響的基因組序列變化的卻遠遠大于SNP(Conrad,D.F.,2010)，因而，結構變異對基因組和動物性狀的影響的權重可能更大。

我們前期應用二代測序技術，測定6頭香豬的全基因組序列，與我們測定的黔北黑豬重測序結果，以及NCBI數據庫下載的大白豬重測序數據，共3個豬品種的重測序數據之間進行比較分析，進行全基因組SVs檢測，從中發現了結構變異SV320。基因的表達對細胞正常生長和發育具有重要的調控作用，如基因GCIP(Guanylyl cyclase inhibitory protein-like)對細胞周期蛋白cyclinD1的啟動子具有抑制作用，從而抑制周期蛋白的轉錄活性、抑制癌細胞的發生(羅劍，2007)；染色體基因RPL10(Ribosomal protein L10)對細胞的增值和存活具有重要的調控作用，基因沉默導致精子發生異常。X染色體中鋅指蛋白基因失活可能與卵巢早衰發生有關(吳星，2006)。

發明內容

本發明要解決的技術問題是：一種鑒別香豬與大白豬的結構變異SMC1A基因中SV320分子標記及其檢測技術。

本發明的技術方案是：一種鑒別香豬和大白豬的結構變異SV320，位于豬參考基因組Sscrofa11.1的chrx：46186712-46187032位置，結構變異SV320的三種基因型分別命名為DD、DI和II型，其中II為插入型基因型、DD為純合缺失的基因型、DI為雜合缺失的基因型。