[發(fā)明專利]一種與香豬產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的FSTL5基因中SV477標記及其檢測方法

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• 申請日: 2019-08-31
• 公開（公告）號: CN110452996A
• 公開（公告）日: 2019-11-15
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 冉雪琴;王嘉福;牛熙;盧圣菲
• 申請（專利權(quán)）人: 貴州大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 52100 貴陽中新專利商標事務(wù)所
• 代理人: 吳無懼<國際申請>=<國際公布>=<進入

本發(fā)明公開了一種與香豬產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的SV477標記及其檢測方法，其特征在于：SV477結(jié)構(gòu)變異較豬參考基因組(Sscrofa 11.1)缺失477bp，位于類葉酸5基因(Follistatin?like 5，F(xiàn)STL5)內(nèi)含子2中，區(qū)間為chr8：50916421?50916897。對香豬繁殖性狀和結(jié)構(gòu)的關(guān)聯(lián)分析顯示，SV477缺失或正常對其產(chǎn)仔數(shù)有顯著影響，在所有胎次中，II型所對應(yīng)的的產(chǎn)仔數(shù)最高，產(chǎn)仔數(shù)最低的是DD型。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及家畜分子生物學檢測領(lǐng)域，具體來說，涉及一種與香豬產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的FSTL5基因中SV477標記及其檢測方法。

背景技術(shù)

豬是重要的經(jīng)濟動物，豬繁殖性能的高低直接影響到養(yǎng)殖業(yè)的生產(chǎn)效率和經(jīng)濟效益，然而繁殖性狀是一個低遺傳力的數(shù)量性狀，主要包括產(chǎn)仔數(shù)、產(chǎn)活仔數(shù)、初生重、初生窩重、20日齡窩重、斷奶頭數(shù)、斷奶重和斷奶窩重等指標，如何提高母豬繁殖性能是養(yǎng)豬業(yè)健康高效、可持續(xù)發(fā)展的關(guān)鍵，也是當前遺傳育種研究的重點和熱點。

繁殖性狀是由多個基因共同控制的數(shù)量性狀，遺傳力低，受環(huán)境等因素影響較大，常規(guī)的選育方法難以取得較大的進展(李慶崗等，2014)。近年來，隨著分子生物學的快速發(fā)展，DNA標記技術(shù)在育種上的應(yīng)用受到人們重視，通過遺傳標記的方法對繁殖性狀進行選擇成為一個熱門技術(shù)(侯振平等，2006)。運用分子標記輔助選擇需與控制該性狀的基因進行定位，將基因定位于數(shù)量性狀位(Quantitative Trait Locus,QTL)找到相關(guān)的候選基因位點(王愛華等，2002)。因此，從分子水平上找到繁殖性狀調(diào)控基因并將其運用到育種上已成為主流趨勢。目前，分子標記及其檢測技術(shù)已經(jīng)發(fā)展到了第三代，主要以單核苷酸多態(tài)性(Single nucleotide polymorphism，SNP)、表達序列標簽(Expressed sequence Tag，EST)、結(jié)構(gòu)變異(structure variation，SV)為主。

結(jié)構(gòu)變異SV通常是指獲得與缺失變異(PAVs presence/absence variants)和拷貝數(shù)變異(CNVs，copy numbervariants)，包括缺失、插入、串聯(lián)重復(fù)、倒置等，結(jié)構(gòu)變異的片段長度較大，因此比SNP有更多可遺傳核苷酸序列(0.5％-1％：0.1％)(Conrad et al.,2010；Pang et al.,2010)，對基因組和動物性狀的影響的權(quán)重可能更大，是遺傳變異產(chǎn)生的主要原因。

類葉酸5(Follistatin-like 5，F(xiàn)STL5)是卵泡抑素家族的一個成員，編碼生成分泌性糖蛋白。研究顯示，這個家庭的成員中FSTL1和FSTL3在發(fā)育、動態(tài)平衡和先天性疾病中發(fā)揮重要作用，且發(fā)現(xiàn)FSTL5基因在氣味感知方面發(fā)揮作用(Masuda et al.,2014)。FSTL5基因中的1個錯義突變和CNV的發(fā)生可能與產(chǎn)生精神分裂癥的有關(guān)，并提示FSTL5基因可能在精神分裂癥的產(chǎn)生和發(fā)展有關(guān)(GardeLLa et al.,2017)。FSTL5基因可能對肝癌細胞起抑制作用，抑制腫瘤細胞的增殖與促進細胞的凋亡(Zhang et al.,2015)。本發(fā)明所述的結(jié)構(gòu)變異SV477位于FSTL5基因內(nèi)含子2中，缺失片段大小為477bp，與繁殖相關(guān)的QTL性狀為乳頭數(shù)和子宮容量。提示FSTL5基因的結(jié)構(gòu)變化可能與豬的繁殖性狀相關(guān)。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明要解決的技術(shù)問題是：提供一種與香豬產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的FSTL5基因中SV477標記及其檢測方法。

本發(fā)明的技術(shù)方案是：一種與香豬產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的FSTL5基因中SV477標記，是指該結(jié)構(gòu)變異較豬參考基因組(Sscrofa 11.1)缺失477bp，位于類葉酸5基因(Follistatin-like 5，F(xiàn)STL5)內(nèi)含子2中，區(qū)間為chr8：50916421-50916897。將結(jié)構(gòu)變異SV477存在的兩種基因命名為D或I，.三種基因型分別命名為DD、DI和II型，其中II為正常基因型、DD為純合缺失的基因型、DI為雜合缺失的基因型。