[發(fā)明專利]用于鑒定棉花品種的InDel分子標(biāo)記組合及其開發(fā)方法和應(yīng)用

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201910791432.1
• 申請日: 2019-08-26
• 公開（公告）號: CN112430678A
• 公開（公告）日: 2021-03-02
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 陸海燕;林峰;趙涵
• 申請（專利權(quán)）人: 江蘇省農(nóng)業(yè)科學(xué)院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;G16B15/00;G16B30/00
• 代理公司: 上海大視知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(特殊普通合伙) 31314
• 代理人: 顧小偉

本發(fā)明提供了一種用于鑒定棉花品種的InDel分子標(biāo)記組合，包括53個InDel分子標(biāo)記，53個InDel分子標(biāo)記分別特異性檢測53個棉花InDel位點InDeljs0001～InDeljs0053。較佳地，每個InDel分子標(biāo)記分別包括一條正向引物和一條反向引物，53個InDel分子標(biāo)記的序列依次如SEQ ID NO:1～SEQ ID NO:106所示。還提供了用于鑒定棉花品種的InDel分子標(biāo)記組合的開發(fā)方法和應(yīng)用。本發(fā)明的用于鑒定棉花品種的InDel分子標(biāo)記組合能夠用于鑒定棉花品種，具有高度穩(wěn)定性、準(zhǔn)確性和低成本的特點，設(shè)計巧妙，鑒定簡便快捷，成本低，不受環(huán)境影響，適于大規(guī)模推廣應(yīng)用。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及生物信息學(xué)及分子標(biāo)記遺傳學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，更具體地，涉及棉花InDel分子標(biāo)記技術(shù)領(lǐng)域，特別是指一種用于鑒定棉花品種的InDel分子標(biāo)記組合及其開發(fā)方法和應(yīng)用。

背景技術(shù)

棉花作為我國主要的經(jīng)濟作物，新品種選育與推廣對人民生活水平的提高和經(jīng)濟的發(fā)展具有重要意義。近年來，我國棉花育種成績顯著，棉花新品種的數(shù)量明顯增加，產(chǎn)量和纖維品質(zhì)也有極大提高，促進了棉花的生產(chǎn)發(fā)展。每年約有許多棉花新品種通過審定，棉花的鑒定工作越來越繁重。通過棉花的表型可以區(qū)分不同材料之間存在的形態(tài)學(xué)差異，但通過田間種植鑒定棉種的真實性和純度的方法不僅受栽培條件影響,而且耗時長，成本高，并且能夠用來鑒定的性狀少，使用分子標(biāo)記能有效地在DNA水平上區(qū)分材料之間的差異。

分子標(biāo)記已逐漸取代了形態(tài)學(xué)、物理化學(xué)、生化技術(shù)等鑒定方法。分子標(biāo)記是以分子多態(tài)性為基礎(chǔ)的一種遺傳標(biāo)記，能穩(wěn)定遺傳，可以反映個體和群體基因組之間某種差異特征。目前許多分子標(biāo)記已用于棉花品種鑒定等研究中，一種理想的分子標(biāo)記應(yīng)具有穩(wěn)定性好、多態(tài)性高、操作簡便、帶型清晰易判別、在基因組上分布均勻及開發(fā)使用成本低等特點。

InDel(insertion-deletion)分子標(biāo)記是堿基的插入/缺失現(xiàn)象，是基于PCR擴增技術(shù)的堿基序列長度多態(tài)性標(biāo)記。大量研究表明，InDel標(biāo)記不僅具有來源廣泛、重復(fù)性好、開發(fā)成本低、結(jié)果準(zhǔn)確等優(yōu)點，而且基因型判別簡單并快速。InDel分子標(biāo)記已經(jīng)被認(rèn)定為一個重要的分子標(biāo)記來源，并成功應(yīng)用于水稻、玉米等作物的遺傳研究和品種鑒定中。但是利用InDel分子標(biāo)記在解析棉花的遺傳組成差異、棉花品種鑒定和純度檢測等方面的報道較少。二代測序數(shù)據(jù)提供了豐富的InDel變異位點，為開發(fā)InDel分子標(biāo)記提供了便利。通過生物信息學(xué)手段對測序數(shù)據(jù)進行篩選、過濾，和對多態(tài)性的評價，能夠挖掘有效的InDel分子標(biāo)記。

因此，希望提供一種棉花InDel分子標(biāo)記組合，其能夠用于鑒定棉花品種，具有高度穩(wěn)定性、準(zhǔn)確性和低成本的特點。

發(fā)明內(nèi)容

為了克服上述現(xiàn)有技術(shù)中的缺點，本發(fā)明的一個目的在于提供一種用于鑒定棉花品種的InDel分子標(biāo)記組合，其能夠用于鑒定棉花品種，具有高度穩(wěn)定性、準(zhǔn)確性和低成本的特點，適于大規(guī)模推廣應(yīng)用。

本發(fā)明的另一目的在于提供一種用于鑒定棉花品種的InDel分子標(biāo)記組合，其設(shè)計巧妙，鑒定簡便快捷，成本低，不受環(huán)境影響，適于大規(guī)模推廣應(yīng)用。

本發(fā)明的另一目的在于提供一種用于鑒定棉花品種的InDel分子標(biāo)記組合的開發(fā)方法，由其開發(fā)的棉花InDel分子標(biāo)記組合能夠用于鑒定棉花品種，具有高度穩(wěn)定性、準(zhǔn)確性和低成本的特點，適于大規(guī)模推廣應(yīng)用。

本發(fā)明的另一目的在于提供一種用于鑒定棉花品種的InDel分子標(biāo)記組合的開發(fā)方法，其設(shè)計巧妙，操作簡便快捷，成本低，不受環(huán)境影響，適于大規(guī)模推廣應(yīng)用。

本發(fā)明的另一目的在于提供一種用于鑒定棉花品種的InDel分子標(biāo)記組合在鑒定棉花品種中的應(yīng)用，從而能夠鑒定棉花品種，具有高度穩(wěn)定性、準(zhǔn)確性和低成本的特點，適于大規(guī)模推廣應(yīng)用。

本發(fā)明的另一目的在于提供一種用于鑒定棉花品種的InDel分子標(biāo)記組合在鑒定棉花品種中的應(yīng)用，其設(shè)計巧妙，鑒定簡便快捷，成本低，不受環(huán)境影響，適于大規(guī)模推廣應(yīng)用。