[發明專利]用于鑒定棉花品種的InDel分子標記組合及其開發方法和應用

在審

• 申請號: 201910791432.1
• 申請日: 2019-08-26
• 公開（公告）號: CN112430678A
• 公開（公告）日: 2021-03-02
• 發明（設計）人: 陸海燕;林峰;趙涵
• 申請（專利權）人: 江蘇省農業科學院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;G16B15/00;G16B30/00
• 代理公司: 上海大視知識產權代理事務所(特殊普通合伙) 31314
• 代理人: 顧小偉

1.一種用于鑒定棉花品種的InDel分子標記組合，其特征在于，所述的用于鑒定棉花品種的InDel分子標記組合包括53個InDel分子標記，53個所述InDel分子標記分別特異性檢測53個棉花InDel位點InDeljs0001～InDeljs0053。

2.根據權利要求1所述的用于鑒定棉花品種的InDel分子標記組合，其特征在于，每個所述InDel分子標記分別包括一條正向引物和一條反向引物，53個所述InDel分子標記的序列依次如SEQ ID NO:1～SEQ ID NO:106所示。

3.一種用于鑒定棉花品種的InDel分子標記組合的開發方法，其特征在于，所述的用于鑒定棉花品種的InDel分子標記組合的開發方法包括以下步驟：

(1)從NCBI的SRA數據庫下載多份棉花的二代原始序列，對多份所述棉花以最小等位基因頻率＞0.05、基因型缺失率≤20％、哈迪溫伯格平衡顯著性閥值P0.001、多態信息含量0.4以及二態性為條件進行篩選得到候選InDel位點，從所述候選InDel位點中篩選出插入或缺失大于20nt的靶標InDel位點；

(2)根據所述靶標InDel位點和所述靶標InDel位點的側翼序列設計InDel引物組合；

(3)根據所述InDel引物組合，采用InDel實驗對多個棉花品種進行實驗驗證，獲得相應的基因型分型結果；

(4)根據所述基因型分型結果以及所述InDel引物組合在棉花染色體上的分布情況，從中挑選有效的多個目的InDel引物組合，多個所述目的InDel引物組合作為多個InDel分子標記形成用于鑒定棉花品種的InDel分子標記組合。

4.根據權利要求3所述的用于鑒定棉花品種的InDel分子標記組合的開發方法，其特征在于，所述SRA數據庫為PRJNA257154；所述棉花的份數為121份，121份所述棉花分別為Mebane Triumph、Paymaster 54、Paymaster 54B、Malone、Stoneville2B、Trice、86-1、CIR7、CIR10、CIR12、CIR35、Esha 28、J8891、Jimian 1#、Junmian 1#、Lumian 1#、Shiyuan321、Simian 2#、Simian 3#、Sumian 12#、Xinluzao 26#、Xinluzao 1#、Xinluzao 42#、Brazil 011、Brazil 014、Brazil 0101、India 941、MA-6、NV50-70、Tashkent 1、Tashkent2、Tashkent 3、66-241、108？、Punctatum 3、Punctatum 5、Punctatum 12、Punctatum 14、Punctatum 25、Punctatum 24、Punctatum 31、Morrilli 2、Morrilli 38、Morrilli 45、Yucatanense 1、Yucatanense 3、Yucatanense 2、Yucatanense 5A、Yucatanense 6、Richmondi 7、Richmondi 2、Richmondi 3、Marie-galante 7、Marie-galante 17、Marie-galante 36、Marie-galante 62、Marie-galante 71、Latifolium 1、Latifolium 3、Latifolium 13、Latifolium 39、Latifolium 64、Latifolium 161、Latifolium 178、Palmeri 5、Palmeri 2、5904、8763、910、910、Ba3119、CCCP 1243、CCCP B154(91-486)、CCCPB51、CCCP B9102、DJ-07-136、K388、9899-I、BuharaZTW、VIR-29TV、VIR-4TV、Coastland R4-4、Giza 29、Giza 36、Giza 67、Giza 80、Karnak、Menoufi、Pima SJ-1、Pima SJ-2、Pima SJ-4、Seabrook、Yuma、Sudan chongrong mian、Huadonghaidaomian、West of Andes、Changrong 3#、Changrong 5#、H7124、Hai 92-138、Junhai 1#、Shengli 1#、Tuhai 2#、Yunnan 8040-2、Xinhai 3#、Xinhai 5#、Xinhai 10#、Xinhai 13#、Xinhai 16#、Xinhai21#、Xinhai 2#、Xinhai 33#、Tanguis、G.purpurascens、Kaiyuanlianhemumian、Alabolihemumian、Yuanmoulihemumian、G.darwinii、G.mustelinum、G.tomentosum、Thespesia populneoides(Roxb.)Kostel；所述棉花品種的個數為66個，66個所述棉花品種分別為新植5號、新植一號、新植雜2號、鑫秋1號、鑫秋4號、星棉2號、興雜二號、徐棉18、徐雜3號、徐州抗86、鹽1115、銀康1號、銀棉2號、銀棉8號、銀瑞361、銀山1號、銀山2號、銀山4號、銀興棉4號、銀興棉5號、豫寶雜6號、豫超棉1號、豫棉13、豫棉19號、豫棉21號、豫棉22、豫棉668、豫雜0568、豫雜35、豫雜37、鄭農棉4號、鄭育棉2號、鄭雜棉2號、中棉所28、中棉所12、中棉所17、中棉所19、中棉所23、中棉所27、中棉所29、中棉所30、中棉所35、中棉所36、中棉所42、中棉所43、中棉所44、中棉所45、中棉所46、泗棉3號、泗陽3、華惠15、中棉所41、蘇棉22號、中棉所94、中棉所50、蘇機棉211、泗陽119、湘雜棉7號、湘K27、湘XP63、湘K26、思福棉1號、華雜棉H922、綠億棉19、湘雜棉8號、亞華棉19號；所述InDel分子標記的數目為53個，53個所述InDel分子標記分別特異性檢測53個棉花InDel位點InDeljs0001～InDeljs0053。